В результате были потоплены грузовой пароход «Барта» тоннажем 2324 брт, три вспомогательных судна и три портовые баржи. Получили повреждения крейсер «Киров», тральщик ТЩ-206, подводная лодка Щ-302 и канонерская лодка «Пионер». В 17.15 на «Кирове» осколками бомб были ранены контр-адмирал В. П. Дрозд и командир артиллерийской боевой части корабля капитан-лейтенант А. А. Клименко. От близких разрывов местами смялась верхняя палуба, корпус получил пробоины. Но крейсер продолжал вести огонь по берегу, в том числе и в темное время суток.

В ходе массированных бомбардировок досталось и самому Кронштадту. Были разрушены водопроводная сеть и линии электропередач, взлетели на воздух склады с боеприпасами и другим флотским имуществом. В Морской госпиталь попало несколько крупных фугасных бомб, и в результате западное крыло главного корпуса обрушилось. На территории Морского завода упали 16 фугасных бомб, и взрывы разрушили механический цех. На Артиллерийском ремонтном заводе пострадали мастерские телемеханики, гидроакустики, оптических приборов, приборов управления артогнем и радиоаппаратуры. Также были уничтожены нефтебаки, насосная станция дока и шесть жилых домов.

Погибли в общей сложности 135 человек, еще 95 получили ранения и контузии. По воспоминаниям контр-адмирала Пантелеева, такое большое число жертв объяснялось плохой работой службы МПВО: «Во время налетов на перекрестках улиц стояли толпы зевак и смотрели, как падают бомбы».

До поздней ночи в Кронштадте полыхали пожары, слышались стоны раненых, по гавани в поисках уцелевших матросов шныряли катера. Подводя итоги дня, командование Балтийского флота могло с облегчением констатировать, что, несмотря на потери, главные силы – линкоры «Марат» и «Октябрьская революция», а также легкие крейсера все же остались в строю. Но главные испытания, как оказалось, были еще впереди.

В 05.15 22 сентября над Кронштадтом прошел самолет-разведчик Люфтваффе, зафиксировавший результаты вчерашних налетов. Утро на базе прошло в напряжении, которое чувствовалось повсюду, во всех ее уголках: в казематах петровских фортов, в жилых домах, на заводах, причалах, маяках, позициях зенитных батарей и, конечно, в первую очередь на многочисленных кораблях. Подводные лодки снова залегли на дно, часть кораблей сменили позиции. Среди обшарпанных корпусов линкоров, крейсеров и эсминцев шныряли буксиры и вспомогательные суда. В небо всматривались десятки наблюдателей с биноклями и стереотрубами. Но до полудня и после все было спокойно. У людей появилась надежда, что налетов в этот день уже не будет.

Однако около 15.00 с юга послышался гул приближающихся самолетов. При этом никаких сообщений с радиолокационных станций на сей раз не поступило. Наблюдатели же насчитали 70 бомбардировщиков. Фактически над Финским заливом шли 38 Ju-88A из KG77 в сопровождении истребителей из JG54. Зайдя со стороны солнца, они несколькими волнами с пикирования атаковали стоянки судов и портовые сооружения.

Из-за отсутствия электроэнергии сигнал «Воздушная тревога» на этот раз подавался весьма архаичным способом, как в средние века, а именно ударами колоколов Морского собора. И снова силы ПВО оказались не в состоянии помешать немцам. Для стрельбы по пикирующим самолетам применялись лишь морские 45-мм зенитные пушки, имевшие малую скорострельность. Хотя, по мнению самих пилотов Люфтваффе, участников налетов на Кронштадт, зенитный огонь и был очень сильным, велся он слишком беспорядочно, а расчеты и замеры выполнялись с грубыми ошибками. Бешено выпускавшиеся в небо снаряды рвались далеко за хвостами стремительно приближавшихся «Юнкерсов».

Затем ближе к ночи последовал еще один налет. В результате этих двух авиаударов были потоплены два вспомогательных судна, а еще несколько, в том числе плавбаза «Смольный», получили тяжелые повреждения. Одна 250-кг бомба взорвалась в доке «Памяти трех эсминцев», в пяти метрах за кормой стоявшего там эсминца «Грозящий», и к уже имевшимся повреждениям корабля добавились новые. Особенно тяжело во время бомбежки пришлось расчетам зенитных орудий. Например, на крейсере «Киров» ранения различной тяжести получили десятки матросов.

Атаке бомбардировщиков подвергся и Малый рейд, где стояли тральщики ТЩ-206, ТЩ-203 и ТЩ-205. Их командиры вовремя заметили пикирующие самолеты и начали маневры уклонения. В итоге им удалось избежать прямых попаданий, однако ТЩ-206 все же пострадал от близких разрывов. Корпус был буквально изрешечен осколками, позднее матросы насчитали в нем до 300 пробоин! Получили ранения многие члены экипажа, в том числе командир тральщика капитан 3-го ранга Резванцев.

При бомбежке также сильно пострадали корпусной цех Морского завода и два дока. Однако под конец дня зенитчикам все же удалось поразить малокалиберным снарядом Ju-88A-4 W.Nr.2153 из 4-й эскадрильи KG77, находившийся в тот момент на высоте 4000 метров. Был убит штурман фельдфебель Шлахтер (E. Schlachter), но поврежденный «Юнкерс» все же смог благополучно вернуться на аэродром Сиверская.

Командование ВВС КБФ поднимало в воздух все свои немногочисленные исправные истребители. Затем их пилоты смело заявили о том, что в тот день в ходе отражения налетов на Кронштадт они уничтожили восемь бомбардировщиков, но кого и где они сбили, так и осталось тайной. Забегая несколько вперед, можно сказать, что всего по состоянию на 1 октября 1941 г. в составе авиации флота числились 78 истребителей, из которых в исправном состоянии были только 57, а в ВВС Ленинградского фронта – 45 истребителей, из них 30 исправных. Истребительные полки продолжали нести тяжелые потери, причем невзирая на то, что в них начали поступать машины новых типов. Так, например, 2-я эскадрилья 5-го ИАП ВВС КБФ только в течение шестнадцати дней, с 8 по 23 сентября, потеряла 11 ЛаГГ-3, погибли, пропали без вести и выбыли из строя по ранению восемь летчиков, а полки 7-го ИАК ПВО в течение месяца лишились 39 «ЛаГГов».

С наступлением темноты на базе начались восстановительные работы, периодически озвучивавшиеся взрывами бомб, имевших взрыватели с замедленным действием. Тем временем немцы готовились к новым налетам на Кронштадт. Настроение у всех было приподнятое. Наступление Вермахта в целом развивалось успешно, по всему фронту русские части отходили на восток. Казалось, что еще пара ударов – и война закончится.

Еще до начала налетов на Кронштадт было ясно, что потопить или надолго вывести из строя такие крупные корабли, как линкоры, используя фугасные бомбы общего назначения, крайне затруднительно. Для этого требовалось большое число прямых попаданий, что при наличии плотного зенитного огня могло повлечь значительные потери в атакующих авиагруппах. В то же время было известно, что «Марат» и «Октябрьская революция» имели неудовлетворительное, по требованиям того времени, горизонтальное бронирование. Толщина верхней броневой палубы составляла 37 мм, а нижней броневой палубы – 25 мм. Они пробивались бронебойными снарядами калибром выше 305-мм и бронебойными бомбами массой от 1000 кг. При этом попадание вызывало появление большого числа осколков, прошивавших корабль вплоть до днища. В случае атаки с воздуха следовало прицеливаться в палубу вокруг башен главного калибра, где любое попадание могло спровоцировать взрыв артиллерийских погребов.