Несколько месяцев, с октября 1805 года вплоть до января 1806 года, посольство Ю. Головкина провело на границе в спорах с цинскими пограничными властями по протокольным вопросам. Пройдя через эти препоны, Головкин и его посольство прибыли в Ургу. Русский посол категорически отказался исполнить унизительный церемониальный обряд «коутоу» (три коленопреклонения и девять челобитий) и через месяц вернулся в Кяхту. Миссия была сорвана, хотя русский Сенат впоследствии полностью одобрил поведение русского посла. Летом 1806 года он был отозван из Сибири в Петербург. В секретном письме министра иностранных дел А.Я. Будберга Сибирскому генерал-губернатору И.Б. Пестелю в связи с отзывом Головкина сообщалось: «Я заключу сие письмо повторением, что государь император ничего так не желает, как сохранить дружественное согласие с двором китайским».

После возвращения посольства Ю. А. Головкина из Сибири русское правительство надолго отложило вопрос о Приамурье. Оно было занято главным образом бурными, судьбоносными событиями, происходившими в Европе и связанными с именем Наполеона.

Вопрос о разграничении в Приамурье стоял в стороне и в системе внешнеполитических приоритетов Цинской империи. Фактически этот регион был своеобразной нейтральной зоной между двумя империями. По сообщению генерал-майора К.К. Венцеля, командующего русскими войсками Восточной Сибири, цинские власти имели «весьма ограниченные сведения об этих местах, чем подтверждают прежде носившиеся слухи, что со стороны тамошнего управления обращается весьма слабое внимание на эту часть края, где если и появляются иногда незначительные китайские чиновники, то большею частью для каких-нибудь своих выгод».

Отношения между русскими и цинскими караулами и заставами, несшими службу по охране пограничной линии между двумя империями в начале XIX века, были в целом нормальными. В основном китайская пограничная охрана занималась пресечением попыток местных жителей из числа некитайских народов перейти на российские земли и вступить в российское подданство. Пограничные караулы двух сторон встречались вместе, дружески общались в неформальной обстановке.

По донесению командующего Сибирской линией Г. Глазенапа министру иностранных дел Н.П. Румянцеву от июня 1808 года, китайские пограничные чиновники в знак дружеского расположения к русским пограничникам разрешали даже «пропущать наших казаков для рыбной ловли и внутрь китайской территории».

В ответ на это донесение российский министр иностранных дел, после соответствующего доклада императору, поддержал приказание Г. Глазенапа воздерживаться от принятия приглашений китайцев. Н.П. Румянцев писал:

«В числе доказательств доброго расположения к нам китайского правительства, конечно, служить может приглашение, сделанное их чиновниками казачьему уряднику приходить к ним и за границу для рыбной ловли. Но его величество совершенно изволил одобрить запрещение, сделанное вашим превосходительством, пользоваться дружеским приглашением китайцев. Тем паче, что такие переходы взаимно запрещены трактатами, существующими между Российскою и Китайскою империями. И хотя остаются иногда без дельных замечаний по соседственной дружбе пограничных начальников, но могут быть поводом к неприятным притязаниям, как тому нередко уже были примеры».

Предупреждения русского правительства о строгом соблюдении пограничных договоренностей с Китаем не были лишены основания. В то самое время, когда посольская миссия Ю.А. Головкина подвергалась унизительным бюрократическим проволочкам на границе Цинской империи и в Урге, китайские пограничные караулы были приведены в состояние повышенной готовности.

В донесении императору Юн Яню 10 февраля 1806 года ургинские пограничные правители Юндендорж и Фухай и командующий чахарским корпусом Восьмизнаменных войск Фэркэнгэ докладывали: «В недавно изданном поучительном указе императора сказано: Невозможно предугадать, какие необдуманные и вздорные поступки от стыда и злобы могут совершить русские после того, как их возвратят обратно. Поэтому повелеваю Юндендоржу и прочим отправить секретные распоряжения “всем караулам, находящимся на границе, а также по пути следования (возвращающегося посольства) о соблюдении повышенного внимания и осторожности и т.д.

Во исполнение указа императора мы, ваши ничтожные слуги, посовещались и пришли к заключению, что, хотя русские, действительно, не смогут затеять какое-либо дело, однако необходимо принять секретные меры предосторожности… Осенью мы, ваши ничтожные слуги, еще раз произведем проверку караулов, при этом чиновникам и солдатам будет дано указание по-прежнему поддерживать с русскими дружеские отношения».

Подобные меры предосторожности на границе, принятые китайцами во время пребывания в Урге посольства Ю. Головкина, сохраняли свою актуальность и впоследствии. Так, в октябре 1806 года Юндендорж и Фухай доложили императору Юн Яню о посылке двух групп «хороших и толковых» чиновников для проверки всех 47 пограничных караулов. Этим чиновникам было приказано «как можно тщательнее произвести проверку караулов. И даже если вне караулов русские ведут себя по отношению к нам весьма почтительно и мирно и ничего не затевают, повсеместно довести до сведения караульных офицеров и чиновников следующий приказ: по-прежнему поддерживая с русскими дружеские отношения, принять секретные меры предосторожности, вести себя осмотрительно во время отыскания следов (пропавшего скота), охраны рек, а также при исполнении любого другого казенного дела».

Таким образом, общее состояние отношений между Россией и Китаем вдоль линии границы характеризовалось формально дружественным характером, хотя по существу эти отношения носили на себе общий отпечаток недоверия, что было характерно для всего комплекса военно-политических отношений двух империй.

К середине XIX века военно-политическая обстановка на Дальнем Востоке резко изменилась, что не могло не отразиться на развитии российско-китайских отношений.

Первая «опиумная» война 1829—1842 гг. Англии против Китая завершилась подписанием неравноправного Нанкинского договора. Эта война, выявившая полнейшую политическую и военную слабость Цинской империи, означала, что в качестве активных игроков на внешнеполитической арене Дальнего Востока появились западные державы. В этих условиях нерешенность Амурского вопроса в отношениях между Россией и Китаем была чревата большими и опасными осложнениями.

Очевидная необходимость для России решения вопроса об Амуре ставила в повестку дня изучение и исследование этого отдаленного края. Целый ряд экспедиций русских мореходов, ученых и исследователей в районе Приморья и Приамурья в первой половине XIX века не только способствовали «открытию» новых земель, но и привели к созданию определенных «мифов» и предубеждений. В частности, было установлено, что Амур не судоходен, а Сахалин — это полуостров. Такого рода «открытия» способствовали тому, что достаточно долго на высшем политическом уровне господствовала точка зрения о нецелесообразности присоединения Амура к России в принципе.

Этот взгляд, основанный на результатах исследований Лаперуза и Крузенштерна, отстаивали канцлер К.В. Нессельроде, военный министр А.И. Чернышев, директор Азиатского департамента МИД Л.Г. Сенявин и др. Генерал-губернатор Западной Сибири князь A.M. Горчаков считал, что «Амур для России лишнее, что неизмеримые дебри от Якутска до Камчатки и к Охотскому побережью являют собой границу, не требующую охранения, и, что важнее, отстраняют жителей Сибири от непосредственного прикосновения к иностранцам, которое легко могло бы обратиться в дело пагубной пропаганды и в путь существенного вспомоществования беспорядку».