Поскольку война за Якса была справедливой, она получила глубокую поддержку в сердцах населения и армии. Кроме того, цинское правительство применило стратегический курс «сначала ритуал, потом военная сила», который предусматривал: «накопить достаточно военного провианта, вечно охранять границы на Хэйлунцзяне, давить постоянно, создавая трудности для противника». В результате царская Россия дважды оказывалась на грани безвыходности в отношении Якса. Однако правительство царской России в то время из-за своей политики территориальной экспансии и угнетения народов оказалось в очень трудном положении внутри страны и за рубежом. Армия и материальные ресурсы Сибири были крайне скудны, они не могли оказать какой-либо эффективной помощи русскому гарнизону в Якса. Поэтому русский царь в сентябре 25-го года правления Канси (1686 г.) послал в Пекин миссию Венюкова. С одной стороны, пуская пыль в глаза, посылался большой отряд войск для помощи гарнизону Якса, с другой стороны, Венюков должен был уговорить цинское правительство приостановить блокаду Якса и заявить, что русский царь послал посла Головина в Пекин для проведения переговоров по пограничному размежеванию.

На самом деле последовательная позиция цинского правительства заключалась в том, чтобы посредством переговоров «размежевать границу, чтобы каждая сторона не перешла за свои пределы, чтобы местное население обеих пограничных территорий могло осесть там и не потерять намерения жить в вечной дружбе». И, несмотря на очередное вероломство царского правительства, Якса вновь была возвращена в руки цинских войск. Стоило только русскому правительству проявить желание пойти на переговоры, как цинское правительство сразу же приветствовало этот шаг. Канси немедленно открыто объявил: «Русский царь принял требования ритуала, обратился с просьбой снять блокаду Якса. Мы проявляем великодушие и не намерены устраивать в городе кровавую резню. В соответствии с этим приказом Сабсу должен вывести солдат из Якса, собрать всех в одном месте, собрать вместе боевые корабли. Кроме того, объявляется, что все лоча должны покинуть город, не должны безрассудно обороняться и должны действовать по указаниям русского посланника». Помимо этого, в Якса был послан конный отряд дворцовой стражи, чтобы передать приказ императора. Сабсу, получив зимой императорский приказ, немедленно приступил к его выполнению, предложив русскому гарнизону продовольствие и выразив намерение послать своих врачей для лечения больных. Затем он по собственной инициативе отвел свои войска на 20 ли от города, позволив русским войскам свободно выйти из города и установить контакт с русскими войсками из Нерчинска.

12 июля 26-го года правления Канси (1687 г.) монгольский тушету хан доложил Цинскому двору, что посланный для ведения переговоров русский посланник уже достиг подвластных ему земель. Канси немедленно приказал: «Сабсу должен возглавить отряд воинов и, воспользовавшись тем, что холода еще не наступили, двинуться в район Хэйлунцзян — Мэргэнь, отремонтировать и привести в порядок вооружение, дать отдых лошадям и дожидаться прихода зимы. В отношении важных пунктов по-прежнему вести тщательную разведку. Кроме того, о намерении русского посланника просить о мире и о выводе войск должны узнать лоча в самом Якса». Сабсу, получив приказ, начал действовать. Без всяких условий он снял блокаду Якса, создав благоприятные условия для проведения пограничных переговоров между Китаем и Россией. В результате этого было провозглашено окончание более чем двухлетней войны отпора у Якса.

7 сентября 1689 г. в результате длительных усилий китайской стороны, непрерывного преодоления препятствий и помех, чинимых русской стороной, китайско-русский «Нерчинский договор» был наконец-то официально подписан. Договор состоял в общей сложности из 6 статей и устанавливал размежевание двух сторон на восточном участке границы от Станового хребта до моря и рек Горбица и Аргунь. Договор юридически устанавливал, что весь обширный район бассейнов рек Хэйлунцзян и Уссури является китайской территорией. Одновременно царская Россия, воспользовавшись «Нерчинским договором», уступленный китайской стороной район к востоку от Байкала до Нерчинска включила в состав своей территории. Кроме того, бассейн реки Удихэ, который естественным образом должен был принадлежать Китаю, был определен как ожидающий своего размежевания. Помимо того, Россия получила множество серьезных торговых выгод.

Факты свидетельствуют, что царская Россия — агрессор, Китай — жертва агрессии. Китайско-русский «Нерчинский договор» торжественно заключен в результате равноправных переговоров. Китай в тех исторических условиях не мог не пойти на серьезные уступки, а царская Россия из этого извлекла для себя серьезные выгоды.

Что касается китайской стороны, то победа в военном отпоре у Якса в конечном счете привела к тому, что царская Россия-агрессор вернула Китаю часть захваченных ею земель, прекратила попытки царской России войти в сговор с главарями джунгарских бунтовщиков, что привело к установлению мира на границах Северо-Востока, заложило основы для нормализации взаимоотношений двух государств, что не может не вызывать радости.

В войне за Якса цинская армия смогла достичь победы прежде всего потому, что война носила справедливый характер и была горячо и активно поддержана местным населением пограничных районов. Во-вторых, потому что цинская армия еще до начала военных действий сумела провести достаточно всестороннюю подготовку. В-третьих, потому что в деле руководства военными действиями цинская армия использовала тактику, которая заключалась в следующем: сначала организовать внешнее кольцо окружения; затем, выдвигаясь по суше и по воде, окружить с трех сторон, с одной стороны отрезать все коммуникации, не допустив подхода к нему помощи извне. Это привело к тому, что армия агрессора оказалась в Якса в полной изоляции, что позволило нанести по агрессору решающий удар, добившись победы в войне».

Активная политика России на Дальнем Востоке в начале XIX века настоятельно требовала решения вопроса о пограничном размежевании с Цинским Китаем. Нерешенность этого вопроса препятствовала дальнейшему освоению Приамурья и развитию этого края. По мере расширения российско-китайской торговли и дальнейшего освоения русскими Приморья, Камчатки, Северной Америки вопрос о судоходстве по Амуру становился все более актуальным.

В начале 1805 года в Китай была снаряжена большая миссия во главе с сенатором графом Ю.А. Головкиным. Чрезвычайный и полномочный русский посланник должен был поставить перед цинской стороной целый ряд вопросов, связанных с развитием русско-китайской торговли. В полученных от Сената инструкциях Головкину поручалось «всеми средствами убедить китайское правительство, чтобы оное позволяло проходить по реке Амуру ежегодно хотя нескольким судам нашим». Взамен Головкин мог обещать цинской стороне любые льготы в торговле, но не в сфере территориального размежевания. В инструкции указывалось, что в связи со сложной ситуацией в Европе России затруднительно «отделить к китайской границе хотя небольшой корпус войск», и потому «разграничение легко может быть учинено к крайнему вреду интересов наших».