Именно издание богослужебных книг принесло Плантену богатство. Вдохновленный решениями собора Филипп II не только заказал сорок тысяч экземпляров нового издания церковного служебника, но и согласился на предложение Плантена выпустить принципиально новое «научное» издание Библии. В 1568 году под бдительным присмотром королевского представителя Ариаса Монтано работа началась. Заняла она одиннадцать лет и имела последствия, намного более серьезные, нежели переиздание Библии. «Научный» подход заключался в создании справочного аппарата, например приложений о деньгах и монетах, упомянутых в писании, генеалогии пророков, медицине в Иудее, арамейских мерах и весах, словарях и грамматике библейских языков, а также флоре, фауне и географии Святой Земли.

Карта мира Герарда Меркатора 1569 года, одна из самых знаменитых карт в истории географии. На ней впервые были отмечены меридианы и параллели, что облегчало прокладку курса мореплавателям. Примечательно, как Меркатор представлял себе «северо-западный проход» между Атлантикой и Тихим океаном (вверху слева)

Для этой работы Плантен набрал целый штат экспертов, которые по окончании работы, набравшись книгоиздательского опыта, стали основоположниками самостоятельных научных дисциплин. Этот побочный эффект в конечном итоге привел к научной революции, которая началась, когда сподвижники Плантена стали применять полученные знания и опыт к анализу греческих и латинских текстов по ботанике, медицине и картографии.

Что же касается индекса запрещенных книг, то, по иронии судьбы, одной из первых в списке значилась работа, написанная по поручению самой же католической церкви. Дело было вот в чем. В силу того, что в то время была принята аристотелевская модель устройства мироздания, согласно которой в центре Вселенной находится Земля, дни Пасхи (которые определяются с учетом взаимного расположения Солнца и Луны) были рассчитаны неверно. А поскольку соблюдение церковных праздников являлось необходимым условием спасения души, ошибку надлежало исправить. Церковь поручила это польскому астроному Николаю Копернику. Однако по теории Коперника выходило, что Земля, как и другие планеты, вращалась вокруг Солнца. Это было недопустимо с библейской точки зрения, поэтому книга Коперника, вышедшая в 1523 году, попала под запрет.

В 1610 году еще большую сумятицу в ряды теологов внес итальянский математик Галилео Галилей. Он зарисовал то, что разглядел через волшебную подзорную трубу, придуманную в 1608 году скромным голландским мастером Хансом Липперсгеем (и отвергнутую его патроном принцем Нассау Морисом, которому для военных целей нужен был бинокль). В 1609 году телескопы уже изготавливали в Лондоне и Париже. Узнав об этом, Галилей сделал свой телескоп и начал заниматься поистине крамольными делами. К примеру, он разглядел горы на Луне и пятна на Солнце (церковь в те времена утверждала, что небесные тела суть гладкие сферы). Хуже того, он увидел спутники, вращающиеся вокруг Юпитера (тогда как считалось, что все на свете вращается вокруг Земли). В конце концов он усугубил свое злодеяние тем, что пронаблюдал прохождение Венеры на фоне Солнца, а это явление подтверждало гелиоцентричность Солнечной системы. Труд Галилея, озаглавленный «Звездный вестник», произвел сенсацию.

В 1611 году Галилей приехал в Рим, чтобы продемонстрировать ордену иезуитов свои изыскания. Он был принят благосклонно, и вскоре Римский колледж (научная штаб-квартира ордена) стал центром астрономических исследований. Тем не менее идеи Галилея шли вразрез с церковной доктриной. По совету иезуитов Рим временно приостанавливает выход его новой книги «Диалог о двух системах мира» под тем предлогом, что церковные догматы нужно привести в соответствие с новыми открытиями. Однако Галилей был непреклонен и издал книгу, проигнорировав мнение церкви. За свое упрямство он поплатился пожизненным домашним заточением и запретом на публикации.

Парадоксально, но человеком, который усовершенствовал телескоп и увидел намного больше Галилея, был иезуит по имени Кристоф Шайнер, преподававший математику и иврит в университете Ингольштадта. Он также наблюдал пятна на Солнце и полагал, что это маленькие планеты. В отличие от телескопа Галилея, который был всего фут в длину, имел одну вогнутую и одну выпуклую линзу и довольно слабое увеличение (в окуляре помещалась половина диска Луны), прибор Шайнера был совершеннее. Шайнер использовал сильную выпуклую линзу в окуляре и более слабую на конце трубы. Фокусное расстояние телескопа составляло шестьдесят сантиметров, он давал четкое, хотя и перевернутое изображение. По мере увеличения фокусного расстояния усиливалось оптическое увеличение телескопа — практически до бесконечности. В результате появились приборы длиной до пятидесяти метров, подвешенные на блоках и канатах. Несмотря на то что такие махины колыхались от малейшего дуновения ветра, именно они в XVII веке позволили астрономам увидеть лýны и кольца Сатурна, «каналы» на Марсе (их обнаружил Шайнер) и пояса Юпитера. Один французский астроном планировал даже построить телескоп длиной в триста метров, чтобы искать на поверхности Луны животных.

Новые телескопы сделали безопаснее морские путешествия. Астрономы (например, француз Кассини) зафиксировали точное положение спутников Юпитера в определенные часы и внесли уточнения в навигационные звездные таблицы. В путешествии такие таблицы служили для определения положения тел на небосводе в определенное время, которое затем сопоставляли с положением этих же светил в это же время в исходной точке. Разница в данных показывала, как далеко на запад или восток продвинулось судно. Для таких наблюдений была крайне важна точность — поскольку Земля оборачивается вокруг оси со скоростью пятнадцать морских миль в минуту, погрешность всего в одну угловую минуту означала ошибку величиной в эти самые пятнадцать миль. В условиях плохой видимости в море корабль мог запросто промахнуться мимо цели.

Еще больше осложнила дело экспедиция французов в район Кайенны в экваториальной области Южной Америки. Астрономы заметили, что там маятник их напольных часов колеблется с меньшей амплитудой, чем в родном Париже. Ученые сделали вывод, что вес маятника на экваторе меньше, а если это было действительно так, значит Земля — не является идеальной сферой, поскольку на идеальной сфере сила тяжести должна быть постоянной в любой точке. Изменившееся поведение маятника и его меньший вес они объясняли теорией, согласно которой поверхность планеты опиралась на колонны, сходящиеся к центру, в районе экватора эти колонны были менее плотными и создавали меньшее притяжение. А чем меньше плотность колонн, тем они выше. Это значило, что диаметр Земли на экваторе больше, чем на полюсах.

Сторонники традиционных представлений о правильной форме Земли не могли принять такой аргументации, и закипели споры. Ньютон и англичане придерживались теории, что Земля имеет форму сплюснутого у полюсов сфероида, французские же ученые не разделяли этого мнения. Вопрос имел не только академический интерес — если представления о Земле, как о правильной сфере, ошибочны, то ошибочны и карты, а следовательно, навигация по таким картам не точна и даже опасна. Масла в огонь подлил случай, когда по пути из Гибралтара из-за неточных карт в тумане у островов Силли разбились все корабли адмирала Клаудсли Шовелла. Тогда погибли две тысячи человек, включая самого адмирала.