2-й морской транспортный эшелон перевез на одиннадцати пароходах часть 196-й пехотной дивизии из Готенхафена в Осло. Из этого медленно двигавшегося конвоя вечером 10 апреля в проливе Каттегат английской подводной лодкой были потоплены пароходы «Фриденау» (5200 брутто-регистровых тонн), «Вигберт» (3600 брутто-регистровых тонн) и катер 1507.

Всего восемь морских транспортных эшелонов были предусмотрены во временной последовательности друг за другом, причем после возвращения снова использовались те же самые пароходы. Со следующими морскими транспортными эшелонами начиная с 12 апреля были подтянуты из Гамбурга – Киля части дивизий, уже переброшенных в Норвегию на военных кораблях 1-го морского транспортного эшелона или авиатранспортом. 4-й морской транспортный эшелон переправил из Готенхафена остатки 196-й дивизии, части корпуса и тыловые службы. Следовавшие для первой высадки медленные транспорты, перевозившие войска, понесли восприимчивые потери, так что теперь должны были использоваться быстрые транспортные средства, в частности плавучие базы и торпедные катера. Первый такой транспорт прибыл 14 апреля в 17 часов в Осло. Следующие транспорты с войсками шли из Дании на быстроходных катерах и других плоскодонных транспортных средствах, защищенных против подводных лодок.

Тем не менее транспортировка материалов могла осуществляться только торговыми пароходами. Из 12 пароходов 3-го морского транспортного эшелона (72 575 брутто-регистровых тонн), с которым 181-я дивизия была переведена из Гамбурга в Осло, пароход «Флорида» был торпедирован во второй половине дня 14 апреля у шведского западного побережья и затонул. С 3-м морским транспортным эшелоном шел танкер «Фридрих Бреме» (10 397 брутто-регистровых тонн) с 30 железнодорожными цистернами авиационного топлива. Наконец, в ходе транспортировки 2-й горнострелковой дивизии были торпедированы пароходы «Кастилло» и «Буэнос-Айрес». В то время как «Кастилло» удалось взять на буксир, «Буэнос-Айрес» затонул восточнее Скагена, потери составили 30 человек и 220 лошадей. Днем позже пароход «Клэр Стиннес» также был поврежден торпедой в Бьёрн-фьорде. Шведский пароход «Монарх» (3100 брутто-регистровых тонн) был конфискован в Бергене и в начале мая находился с немецкой призовой командой на пути из Ставангера в Германию, когда его остановила британская подводная лодка. После того как личный состав покинул судно, подводная лодка торпедой потопила пароход.

С начала операции в Норвегии (9 апреля) по 15 июня 1940 года на 270 кораблях (1 180 006 брутто-регистровых тонн) в целом было выполнено 530 рейсов. Потери составили 21 корабль (111 700 брутто-регистровых тонн), то есть примерно 10 %, людские потери – около 2000 человек, то есть почти 2 % переправленных войск.

После того как десантному эшелону не удалось осуществить снабжение соединений, высадившихся в Нарвике и Тронхейме, обеспечение потребностей армии транспортными пароходами не могло конкурировать с английским противодействием. Уже 10 апреля был отдан приказ оснастить стоявшие в портах приписки подводные лодки U-26, U-29, U-43 под транспорты в Нарвик. Они вышли 12–16 апреля с 40–50 тоннами боеприпасов для пехоты и зенитных пушек и прочим имуществом для армии, тем не менее из-за небезопасного положения у Нарвика изменили направление на Тронхейм и разгрузились там. На обратном пути U-26 из английского конвоя потопила пароход снабжения. 27 апреля три другие лодки U-32, U-A, U-101 вышли с 130 тоннами авиационного бензина и авиабомбами в Тронхейм. Чтобы лодки могли выполнять боевые задачи, военно-морское командование отказалось от дальнейшего применения субмарин в качестве транспортных средств. В мае три лодки были предоставлены еще раз, чтобы снабдить авангард 2-й горнострелковой дивизии, продвигающейся в Бодё, и все же группа XXI в конце мая снова освободила эти лодки. В целом во время операции в Норвегии подводные лодки выполнили восемь транспортных операций.

В перевозке войск и материалов в Норвегию участвовали транспортные соединения военной авиации. В период с 9 по 30 апреля 1940 года на 582 транспортных самолетах было выполнено 3018 полетов, при этом переправлены части 21 батальона, 9 штабов и нескольких горнострелковых батарей. Это была самая большая производительность авиатранспорта из когда-либо достигнутых в военной истории.

Для охранения конвоев и кораблей требовались соединения тральщиков, сторожевые катера, охотники за подводными лодками. Морские маршруты перевозок охранялись во взаимодействии с соединениями береговой авиации и таким образом были созданы предпосылки для снабжения сражающихся в Норвегии войск. Постановка минных заграждений у Скагена и сетевого заграждения у Зееландсрев, постановка мин в узком проливе Малого и Большого Бельта, охрана заграждений и проходов в них происходила в жесткой борьбе, с использованием малых средств морской войны, при этом обе стороны несли потери. Были потоплены четыре английские, одна французская и одна польская подводные лодки; английская подводная лодка «Сил» утром 5 мая после минной пробоины потеряла способность к погружению, ее атаковал немецкий самолет и отбуксировал сторожевой катер. В ночь с 23 на 24 апреля три французских эсминца класса «Фантаск» проникли для постановки мин в Скагеррак, тем не менее, после короткого боевого соприкосновения с 7-й флотилией берегового охранения, они повернули на запад. Артиллерийский учебный корабль «Бруммер» был торпедирован 14 апреля в 21 час в проливе Каттегат английской подводной лодкой и затонул, после того как откололась носовая часть. Из-за столкновения с минным заградителем «Пруссия» торпедный катер «Леопард» пропал 30 апреля в Скагерраке. В целом во время операции в Норвегии были потоплены 15 легких военных и вспомогательных кораблей вооруженных сил охранения. Некоторое количество других кораблей и катеров было повреждено.

Чтобы противодействовать ожидаемому натиску англичан, необходимо было по возможности быстро задействовать обнаруженные в Дании и Норвегии береговые батареи, организовать одну для всего прибрежного фронтового района службу охранения и службу информации, назначить управление порта и обеспечить отправку морского транспорта. К тому же была создана командная должность для адмирала, откомандированного в Норвегию, и ее занял адмирал Бём в Осло. Ему подчинялись командующий норвежским южным побережьем (контр-адмирал Шенк в Кристиансанне), командующий норвежским западным побережьем (вице-адмирал фон Шрёдер в Бергене) и командующий побережьем в Дании (вице-адмирал Мевис в Копенгагене) со своими штабами и подчиненными комендантами портов и т. д. В мае для района Тронхейм – Нарвик была заново создана служебная инстанция командующего норвежским северным побережьем. Для захвата норвежских береговых батарей при высадке на берег были доставлены для Нарвика – одна, для Тронхейма, Бергена и Кристиансанна – по две и для Осло – три роты морской артиллерии и для каждой из этих гаваней, а также для Ставангера по одному морскому взводу связи. В течение следующих недель другие береговые батареи были доставлены из Германии в Норвегию. Попытки английских эсминцев проникнуть в Тронхейм-фьорд 11, 19 и 26 апреля были пресечены береговой обороной. В июне 1940 года в Норвегии была создана сильная береговая оборона, которая благодаря современным зенитным и береговым батареям была значительно расширена по сравнению с трофейным норвежским вооружением. Эта обширная береговая артиллерия, торпедные батареи, минные и сетевые заграждения позволяли теперь эффективно отражать неожиданные удары англичан по основным норвежским гаваням. В начале июня 1940 года Тронхейм был пригоден для использования как временная немецкая военно-морская база.