С 1949 года Шило работал заместителем директора по науке, а затем директором ВНИИ-1. В 1960-м он возглавил новорождённый СВКНИИ.

«Шило вывел наш институт из недр ВНИИ-1, который после этого стал прикладным институтом, а СВКНИИ занялся фундаментальными исследованиями. Главное у нас, конечно, геология. Но институт создавался как комплексный – это была одна из „фишек“ Николая Алексеевича. Здесь были химия, биология, науки о жизни… Он считал (и я с ним полностью согласен), что в таких удалённых от центра регионах, как наш, необходимы научные учреждения комплексного плана. В силу малочисленности населения, малого количества научных учреждений нельзя заниматься только одним, нужно брать всё», – рассказывает член-корреспондент РАН Николай Горячев, возглавлявший СВКНИИ в 2004–2017 годах.

Шило стал академиком АН СССР, Героем Соцтруда. Институтом руководил до 1985 года, причём в 1978–1985 годах одновременно возглавлял президиум Дальневосточного научного центра АН СССР (ныне ДВО РАН), базирующегося во Владивостоке. Руководителем он считался жёстким. Из воспоминаний доктора технических наук Виктора Перчука: «Характер у него был не ангельский. Да и откуда мог его характер быть мягким, если всю свою жизнь после окончания института он, будучи геологом, провёл в Магаданской области и в самом Магадане во времена расцвета ГУЛАГа. Говорили, что у себя в институте, когда ему секретарь докладывала об очередном посетителе, он отвечал ей: „Введите!“». Герман Павлов, геолог и спортсмен, создатель музея СВКНИИ, вспоминал о Шило: «Прошёл суровую школу Дальстроя, но… по трупам не ходил, хотя и либералом его назвать было трудно».

При этом Шило писал и публиковал стихи:

Или:

За четыре дня до своего ухода в отставку, 27 декабря 1999 года, президент Борис Ельцин объявил академику Шило, на тот момент числившемуся в советниках РАН, благодарность за «большой вклад в развитие отечественной науки, многолетний добросовестный труд». Сам Шило за два года до ухода из жизни сказал в интервью журналу «Наука и жизнь»: «Когда я вглядываюсь в современный мир, возникший после поражения в холодной войне и исчезновения Советского Союза, мне на память приходят три бога из индийской мифологии: Брама – творец, Вишну – охранитель, Шива – разрушитель. Это три проявления конечной реальности, всегда пребывавшие в согласии. Теперь же они перессорились – равновесие потеряло устойчивость, наступил хаос. И моя единственная надежда состоит в том, что если система в философско-кибернетическом смысле характеризуется нелинейностью, то через хаос она приобретёт новое равновесие, но уже в другой ситуации, и в иной среде она будет характеризоваться иными параметрами».

Недолго покрутившись в Москве, Куваев, как он позже вспоминал, «самостоятельно додумался до апробированного поколениями вывода, что главное – это работа, вернее, степень её интересности. Всё остальное – сопутствующие явления…» Уже осенью 1961 года он посылает заявление на имя директора СВКНИИ Шило: «Прошу дать предварительное решение вопроса о возможности зачисления меня в число сотрудников руководимого Вами института. В настоящее время я нахожусь в отпуске, полученном мною от Северо-Восточного геологического управления. Отпуск получен с выездом в центральные районы страны и с последующим увольнением. Прибыть для работы в институте могу в конце декабря – начале января месяца. Желательным профилем работы является гравиметрия, в течение последнего года я работал в качестве старшего специалиста СВГУ по гравиметрии. Необходимые документы прилагаю».

До конца непонятно, собирался ли он вообще надолго задерживаться в столице. Датировки писем и других документов кое-где противоречивы, но ясно одно: уволившись из СВГУ и поехав в Москву, Куваев почти сразу же начинает зондировать почву на предмет возвращения в Магадан. Ответ пришёл на московский главпочтамт телеграммой до востребования (постоянным адресом вечный бродяга обзаведётся гораздо позже, но и потом, когда он будет жить под Москвой, многие по привычке будут писать ему до востребования) за подписью и.о. директора института: «СВКНИИ предлагает вам работу специальности должности младшего научного сотрудника тчк Выезжайте проезд общих основаниях Фирсов».

Приехал он в Магадан на несколько месяцев позже, чем планировал вначале. Приказ № 76 по СВКНИИ от 2 июля 1962 года:

«Назначить тов. Куваева Олега Михайловича, прибывшего по приглашению Института, на должность и.о. младшего научного сотрудника геофизической лаборатории с 1 июля с.г., с окладом 170 руб. в месяц. И.о. директора института Л. В. Фирсов».

Позже Куваева, как полагалось по правилам академической демократии, на учёном совете избрали младшим научным сотрудником. В трудовом договоре от 1 июля 1962 года, подписанном Фирсовым и Куваевым, последний обязуется проработать пять лет, «честно и добросовестно выполнять порученную работу». Приличный по тем временам оклад, через каждые 12 месяцев – выплата надбавки в размере 10 % от месячного заработка без учёта районного коэффициента и вознаграждения за выслугу лет, с увеличением в дальнейшем заработка на 10 % за каждые 12 месяцев работы. Тогда приглашаемым, переводимым или направляемым на Крайний Север лицам оплачивали проезд (включая членов семьи), выдавали единовременное пособие. Плюс льготы, дополнительные 18 дней к отпуску. На весь период действия трудового договора за работником сохранялась жилплощадь в том городе, откуда он приехал, – действовала схема «двойной прописки». Эти и другие преференции давали результат: люди ехали на восток и север.

Куваев попал в геофизическую лабораторию, которую возглавлял Виль Якупов, знакомый ему по работе в СВГУ. О значимости геофизического направления для института говорит хотя бы тот факт, что в СВКНИИ было два зама по науке: один основной, второй по геофизике (Андрей Николаевский). Вот как Куваев вспоминал своё прибытие в институт: «Учреждение, приславшее телеграмму, недавно лишь организовалось, коридоры пахли свежей краской, полного штата сотрудников не было, а кто был, те с весны разбежались по экспедициям, и потому в коридорах было тихо, прохладно и пусто. Верховную власть осуществлял заместитель директора по научной части, чрезвычайно острого ума мужчина, который делил время между этой верховной властью и дебрями абсолютного возраста Земли. Ничто другое его вроде бы не интересовало».

«Институт был молодой, малоостепенённый. Кандидатов были единицы, была мотивация работать, жизнь бурлила», – рассказывает Николай Горячев.

Кандидат географических наук Анатолий Ложкин, в 2016 году отметивший восьмидесятилетие, – один из старейших сотрудников СВКНИИ. В институте он работает со дня основания. Именно Анатолий Ложкин считается «отцом» знаменитого мамонтёнка Димы, пролежавшего в мерзлоте сорок одну тысячу лет и найденного на реке Киргилях в 1977 году. Анатолий Владимирович был первым учёным, познакомившимся с мамонтёнком. Позже он отправил находку, названную в честь обнаружившего её бульдозериста Дмитрия Логачёва, «на материк». В куваевские времена Ложкин был учёным секретарём. Он рассказывает: «Шило тогда брал молодых, у всех глаза горели. Каждый болел своей работой. Я занимался радиоуглеродным методом – мог вскочить ночью, побежать в институт… Олег попал в очень благоприятную, доброжелательную обстановку».