Посадское население Нижнего Новгорода не поддержало восстания. Город имел первоклассные укрепления. Кузьма Минин, можно полагать, принимал деятельное участие в обороне города вместе с другими посадскими людьми. Ему и его семье пришлось пережить осадное время. Продолжалось оно не слишком долго. Как только Болотников потерпел поражение под Москвой, отряды повстанцев отхлынули от стен Нижнего.

Источники не сохранили никаких фактов из биографии Пожарского, относящихся ко времени воцарения Шуйского. Можно лишь заключить, что смена династии положила конец и без того более чем скромным успехам князя Дмитрия. Царь Василий и не подумал вернуть Марию Пожарскую ко двору.

Подобно самозванцу, Шуйский щедро жаловал дворянам придворные чины, чтобы надежнее привязать их к трону. В прежнее время в стольниках служило не более трех десятков людей. Попав в их число, Пожарский оказался в окружении знати. На службе у царя Василия числилось более 120 стольников. Тут были не одни аристократы, но и малознатные дворяне вроде Полевых, Измайловых, Мещерских. В сохранившемся списке стольников 1606–1607 годов имя Пожарского отсутствует. Поскольку конец списка утрачен, можно предположить, что князь Дмитрий попал в самый конец списка. По традиции стольников записывали в перечне в строгом соответствии с их «породой» и местническим положением. При Борисе Годунове получение почетной дворцовой должности открыло перед Пожарским блестящие перспективы. При Шуйском ему пришлось проститься с былыми надеждами.

Полоса неудач и унижений Пожарского совпала по времени с подъемом гражданской войны в России. Многие сверстники князя Дмитрия отличились в войне с Болотниковым и были щедро награждены Шуйским. Пожарский не принадлежал к их числу.

Восставшее население Северщины в течение года ждало «исхода» доброго царя из Польши. Путивль, Стародуб и другие города не раз посылали за кордон людей на поиски Дмитрия. Нужен был царь, и он появился.

В мае 1607 года жители Стародуба могли видеть на улице трех пришельцев. Тот, кто был одет побогаче, именовал себя Андреем Нагим, родственником московского государя. Его сопровождали двое русских людей – Григорий Кашинец и Алешка Рукин, московский подьячий. Прибывшие сообщили стародубцам захватывающую новость. Они будто бы пришли с рубежа от самого Дмитрия, и государя следует ждать со дня на день. Время шло, а обещанный царь все не появлялся. Из осажденной Тулы Болотников прислал в Стародуб расторопного казачьего атамана Ивана Заруцкого. Скоро повстанцам надоело ждать, и они взяли к пытке Алешку Рукина. На пытке подьячий повинился в обмане и объявил о том, что истинный царь давно уже находится в Стародубе и, опасаясь происков своих врагов, именует себя Нагим. Пьеса была разыграна как по нотам, и голоса сомневавшихся потонули в общем энтузиазме. 12 июня Стародуб присягнул на верность Лжедмитрию II.

Со всех сторон под знамена нового самозванца стали собираться стрельцы, казаки, посадский люд. Повстанцы искали помощь за рубежом. На их призывы откликнулись белорусы и украинцы. В Белоруссии некто пан Меховецкий успел навербовать в «царское» войско несколько тысяч человек. Большой отряд запорожских казаков присоединился к Лжедмитрию II уже после выступления его в поход поблизости от Карачева. Города, к которым подходило войско, приветствовали долгожданного «Дмитрия». Самозванец повсюду раструбил о том, что идет на выручку Болотникову к осажденной Туле. До Тулы было рукой подать. Передовые повстанческие отряды заняли Епифань на ближних подступах к осажденной крепости. Но гарнизон Тулы, оказавшись в отчаянном положении, не смог дождаться подкреплений. Заняв Тулу, царь Василий без промедления отпраздновал окончание военной кампании и распустил уставшее войско по домам. Он недооценил стойкость восставших. Царские воеводы ничего не могли поделать с Калугой, которую оборонял крупный отряд болотниковцев. Тогда Шуйский велел выпустить из тюрем и вооружить казаков, взятых в плен под стенами Москвы. Командовать ими царь поручил атаману Юрию Беззубцеву, одному из главных сподвижников Болотникова. Беззубцев должен был не мешкая идти к Калуге и склонить гарнизон крепости к сдаче. Шуйский не мог быть спокоен, пока болотниковцы удерживали в своих руках Калугу. Но он слишком плохо рассчитал свои действия. Едва лишь приставы привели четырехтысячный казачий отряд под Калугу, в осадном лагере возникла смута. Бояре не могли добиться повиновения от вчерашних повстанцев. Дело дошло до вооруженных стычек между казаками и дворянами. Бросив артиллерию, воеводы бежали в Москву. Казаки передали пушки защитникам Калуги, а сами ушли на запад на соединение с «Дмитрием».

В трудный час неудач самозванец показал себя человеком малодушным и ничтожным. Весть о падении Тулы привела его к убеждению, что все пропало и надо поскорее уносить ноги из России. Из Болхова самозванец бежал к Путивлю. Отступление привело к быстрому распаду армии. Запорожские казаки ушли за кордон. В своем паническом бегстве Лжедмитрий II достиг Комарицкой волости, но тут его задержали наемные войска, прибывшие из-за рубежа.

На большой дороге в Комарицкой волости Лжедмитрий II встретил пана Тышкевича, а затем пана Валявского, набравших на «царскую службу» 1800 человек пехоты и конницы. Вскоре к самозванцу вернулись ушедшие было казаки. Ободренный царек вторично напал на Брянск, потерпел неудачу и отступил на зимовку в Орел. Правительство Шуйского не смогло выделить достаточно сил для разгрома «стародубского вора». В Москве не оценили своевременно угрозы, исходившей от нового самозванца.

В течение зимы силы Лжедмитрия II значительно возросли. Толпами и поодиночке к нему со всех концов страны пробирались повстанцы из разбитых армий Болотникова. Волны мятежа, отхлынув от центра, вновь затопили юго-западные окраины государства. Местные служилые люди, помещики, поначалу поддерживавшие «вора», скоро уразумели, куда дует ветер, и, наспех пристроив семьи, тайком пробирались к царю Василию. Вскоре в Москве собралось более тысячи дворян из северских городов. Чтобы покончить с дворянской изменой, самозванец пустил в ход меры, подсказанные ему болотниковцами. Он объявил о конфискации поместий у дворян, бежавших в Москву, и обратился с особым воззванием к холопам и крепостным «изменников». Пусть они идут в лагерь истинного Дмитрия, пусть они присягнут на верность ему и служат с оружием в руках, тогда, вещал самозванец, он пожалует им поместья их господ, а если в поместьях остались помещицы или их дочки, холопы могут жениться на них.

Призывы Лжедмитрия II возымели действие. В селах «рабы» стали чинить насилие над дворянами, побивали и гнали их приказчиков, делили имущество. Дьяки самозванца выдали грамоты на владение конфискованными поместьями некоторым рыльским и курским крестьянам.

Никто не знал, кем был новый самозванец. Правительство Шуйского именовало его стародубским вором. Люди, принадлежавшие к окружению Лжедмитрия II, считали, что по происхождению своему он был «московитом», но долго жил в Белоруссии. Самозванец умел читать и писать по-русски и по-польски. Современников поражала его редкая осведомленность в делах Лжедмитрия I. Иезуиты объясняли ее тем, что он служил писцом при особе первого самозванца, а после его гибели бежал в Литву. По словам иезуитов, писца звали Богданом и в его жилах текла иудейская кровь. Русские власти со временем официально подтвердили версию о еврейском происхождении Лжедмитрия II. Любопытные подробности сообщили о «воре» его советники. Князь Дмитрий Мосальский под пыткой показал: «Который-де вор называется царем Дмитрием, и тот-де вор с Москвы с Арбату от Знамения Пречистыя из-за конюшен попов сын Митка, а отпущал-де его с Москвы князь Василий Мосальский за пять ден до расстригина убийства». Мосальские принадлежали к ближайшему окружению нового самозванца. Но им не довелось наблюдать начало его карьеры. Познакомившись с ним в Тушине, они заподозрили, что новый самозванец происходил из духовного чина. Московские летописцы придерживались того же мнения. Они называли «вора» поповским сыном на том основании, что он «круг церковной весь знал». Самое удачное следствие о самозванце произвел безвестный белорусский священник, живший в окрестностях Могилева и наблюдавший его первые шаги.