По пути к столице болотниковцы громили дворянские гнезда, делили имущество. В городах над «изменниками» – дворянами учиняли всенародные судилища. Набатный звон созывал все население на площадь к «раскату» – самой высокой городской башне. Осужденного выводили наверх и после оглашения его имени и вины спрашивали народ, как с ним поступить. Народ либо прощал жертву, либо требовал смертной казни. И тогда дворянина сбрасывали с башни в ров.

Насилия, сопровождавшие выступления масс, внушали страх дворянам, участвовавшим в восстании. Отряд служилых людей Истомы Пашкова, нанеся поражение Воротынскому, имел возможность идти от Ельца прямым путем на Тулу и Москву. Но он предпочитал вести свою особую войну, отдельно от Болотникова. От Ельца Пашков направился на север, затем свернул к Ряжску и ушел на Рязанщину. В Рязани Прокофий Ляпунов успел собрать вокруг себя значительные силы. Младший рязанский воевода Григорий Сунбулов, находившийся с отрядом служилых людей в районе Тулы, объявил о своем присоединении к повстанцам. Он вернулся в родной город и объединился с Ляпуновым.

Восставшим дворянам была чужда тяга к социальным переменам. Своей главной целью они считали свержение царя-боярина и возвращение к власти законного государя. Дворянские предводители Пашков, Ляпунов, Сунбулов щадили попавших в плен помещиков – сторонников Василия Шуйского. Их без дальних слов отсылали в Путивль, где появления «Дмитрия» ждали со дня на день.

Пробыв некоторое время на Рязанщине, Истома Пашков занял Коломну, а затем вместе с Ляпуновым начал решительное наступление на Москву. Царь Василий выслал навстречу ему все свои полки во главе с боярами Мстиславским, Воротынским, Голицыными. На помощь к боярам поспешил Михаил Скопин, ранее действовавший против Болотникова. Царским воеводам недоставало единодушия. Их разъединяло тайное соперничество. Мстиславский и Голицын в душе не расстались с мечтами о троне и без всякого воодушевления защищали дело Шуйских. Среди дворян многие помнили о благодеяниях только что свергнутого царя и не питали особых симпатий к новому государю. Среди нараставшей смуты неокрепшая власть Шуйского колебалась, как тростник на ветру.

Рать Мстиславского обладала численным превосходством. Тем не менее она не выдержала столкновения с повстанческой армией. Пашков и Ляпунов атаковали царских воевод на коломенской дороге в селе Троицком и обратили их в бегство. Было захвачено в плен несколько тысяч царских дворян и ратников. Их наказали кнутом и распустили по домам.

28 октября 1606 года Пашков утвердился в селе Коломенском у стен столицы. После 1 ноября с ним соединился Болотников. Численность повстанческой армии возросла до 20 тысяч человек. В лагере восставших сразу возник раздор. Истома Пашков добился наибольших военных успехов и потому надеялся сохранить за собой руководство армией. Однако Болотников предъявил патент «большого воеводы», полученный им от самого «Дмитрия». Писаные бумаги сами по себе, однако, не имели решающего значения. Вождем повстанческой армии мог стать лишь тот, кого поддерживали вооруженные массы. К Михайлову дню (8 ноября) Пашков покинул Коломенское и с отрядом в пятьсот дворян ушел в Котлы.

Шуйский потерял армию, и его падения ждали со дня на день. Восстание в южных уездах лишило столицу дешевого хлеба. Народ роптал. «Государь не люб боярам и всей земле, – толковали люди, – между боярами и землей рознь великая, а у царя нет ни казны, ни служилых людей». Бояре втайне помышляли о том, чтобы «ссадить» Шуйского. Пашков считал возможным договориться с ними и требовал лишь выдачи братьев Шуйских как главных зачинщиков мятежа против законного царя. Повстанцы делали ставку на переворот в столице. Они могли рассчитывать здесь на поддержку «меньших» людей. Совсем недавно Москву сотрясали народные выступления. Однако в критические ноябрьские дни власть имущим удалось удержать низы от восстания. Проявив обычную изворотливость, Шуйский нашел выход из, казалось бы, безвыходного положения. Он отобрал преданных ему посадских людей и послал их в качестве представителей Москвы в стан восставших. Представители посада обещали сдать город без боя при условии, что повстанцы покажут им спасшегося «Дмитрия». Болотников отнесся к их словам с излишней доверчивостью. Вместо решительных действий он слал гонцов в Путивль и настойчиво просил ускорить возвращение «Дмитрия» в Россию. Никакого Дмитрия не было и в помине, и обращения Болотникова звучали как глас вопиющего в пустыне.

Бояре перехитрили народ. Они выиграли время и дождались подхода подкреплений. Депутация, прибывшая в лагерь восставших, использовала момент, чтобы разведать силы болотниковцев и завязать тайные переговоры с дворянами, чувствовавшими себя неуютно в стане восставшего народа. Такие выдающиеся вожди дворян, как Ляпунов, при всей их ненависти к Шуйскому стали подумывать о примирении с ним. Обстоятельства властно толкали их на этот путь. Церковь помогала царю воздействовать на колеблющихся. Патриарх Гермоген стращал «лучших людей» тем, что «шпыни» побьют их и разделят между собой их имущество, их жен и детей. Принимая во внимание огромный авторитет Ляпунова, Шуйский решил пожаловать ему чин думного дворянина, хотя члены семьи Ляпуновых никогда не заседали в Боярской думе. Таким путем Шуйскому удалось привлечь Прокофия на свою сторону.

В середине ноября Болотников попытался штурмовать Москву с юга. Бояре знали о направлении атаки и приготовились к отпору. В разгар боя Ляпунов с пятью сотнями конных рязанских дворян перешел на сторону царских воевод. Повстанцам пришлось отступить.

Под знаменами Болотникова собрались десятки тысяч вооруженных повстанцев. Приток сил в его лагерь не прекращался ни на один день. Волны мятежа залили огромные пространства от западных границ до Среднего и Нижнего Поволжья. Однако именно в момент наивысшего подъема выявились слабые стороны движения. Повстанцы так и не смогли овладеть Москвой.

Через полторы недели после неудачного боя Болотников выслал отряд в Красное Село, чтобы в дальнейшем полностью окружить Москву. Но дворяне, находившиеся в лагере восставших, успели предупредить об этом Шуйского, и тот воспользовался разъединением сил повстанческой армии. Болотников вступил в бой с воеводами, но был отброшен к Коломенскому.

В конце ноября в Москву прибыл отряд смоленских дворян. Теперь правительство располагало достаточными силами, чтобы решиться на генеральное сражение. Все наличные силы царь подчинил двадцатилетнему племяннику Скопину, в верности которого не сомневался. 2 декабря 1606 года Скопин вступил в бой с повстанцами на поле возле деревни Котлы. Истома Пашков со служилыми людьми в разгар сечи повернул оружие против болотниковцев. Скопин воспользовался замешательством и довершил разгром Болотникова. Повстанцы отступили к Коломенскому и стали укреплять лагерь. Они не считали свое дело проигранным. Царские воеводы подвезли артиллерию из Москвы и три дня обстреливали болотниковцев в Коломенском. На четвертый день они заняли село. Но Болотников вырвался из кольца и с горсткой воинов ушел в Калугу. Поражение основных сил в Коломенском решило судьбу казаков, осажденных в их таборах в Заборье. Казаки вынуждены были сложить оружие. Царь Василий жестоко расправился с пленными холопами. Каждую ночь их сотнями отводили к Москве-реке, били дубинками по голове и спускали под лед.