Вообще были образованы три независимые структуры: Главное управление контрразведки СМЕРШ Народного комиссариата обороны СССР, которое возглавил В. С. Абакумов; Управление контрразведки СМЕРШ Народного комиссариата Военно-морского флота СССР под руководством П. А. Гладкова; Отдел контрразведки (ОКР) СМЕРШ НКВД СССР, начальником которого стал С. П. Юхимович.

Основной задачей службы контрразведки являлась борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях Красной армии и ВМФ, а также в тылу. Эта работа была направлена как на профессиональных немецких разведчиков и диверсантов, прошедших длительную подготовку, так и на завербованных агентов.

Напомню, что в первые недели войны в немецкий плен попало огромное количество советских военнослужащих, из числа которых подбирались люди, соглашавшиеся на сотрудничество с вермахтом. Затем они направлялись в советский тыл прежде всего для сбора разведывательной информации.

Однако готовность военнопленных поступить на службу к вермахту была обусловлена отнюдь не ненавистью к товарищу Сталину, как сегодня можно прочитать у ряда исторических публицистов. Большинство красноармейцев попадали в плен в силу трагически сложившихся обстоятельств, когда в результате стремительного продвижения германских войск в окружении оказывались целые армии. Поэтому говорить о том, что все они сдавались из-за желания противостоять советскому строю, будет по меньшей мере преувеличением.

Достаточно большая часть таких агентов давали согласие на вербовку лишь для того, чтобы вернуться на родину, сдаться и таким образом спастись.

Все лица, возвращающиеся из плена, проходили обязательную проверку, так называемую фильтрацию, которую с 1941 года осуществляли особые отделы НКВД, а после образования органов контрразведки – СМЕРШ.

О том, как это происходило, рассказывает доктор юридических наук, начальник управления регистрации архивных фондов ФСБ России В. С. Христофоров:

Нельзя не отметить, что во многом благодаря современной литературе вокруг СМЕРШа создан ореол страшного репрессивного органа, безжалостно расправлявшегося с людьми, ни в чем не повинными, в том числе с мирным населением Германии в конце войны. Однако на самом деле никакого отношения к подобным преследованиям главное управление контрразведки не имело.

Также вопреки распространенному мнению органы СМЕРШ хотя и работали в лагерях военнопленных, не могли приговорить кого-либо к тюремному заключению или расстрелу, поскольку не обладали судебными полномочиями. Все военнопленные находились в распоряжении НКВД, приговоры выносил военный трибунал или особое совещание при НКВД.

В рамках органов СМЕРШ никогда не создавались заградотряды, а тем более работники контрразведки их не возглавляли. В начале войны заградительные мероприятия осуществлялись войсками НКВД, а в 1942 году заградотряды формировались при каждой армии в целях поддержания порядка во время боев.

Зато известно, что контрразведчики принимали участие в боевых действиях, в том числе в сложнейших обстоятельствах брали на себя командование армейскими подразделениями и во многих случаях проявили настоящий героизм на полях сражений.

Что касается методов работы с военнопленными, известно, что советская агентура внедрялась в их среду и путем общения и прослушивания разговоров выясняла какие-то сведения, которые могли бы указать на то, что человек выдает себя за кого-то другого, чтобы избежать наказания.

Например, общеизвестно, что удавалось достаточно легко и быстро определить солдат и офицеров войск СС. Ведь у них была традиция наносить себе татуировки с порядковыми эсэсовскими номерами. И даже если на теле человека были какие-то следы после удаления таких «знаков отличия», контрразведчик мог совершенно четко определить, кто находится перед ним – мобилизованный солдат вермахта или сотрудник СС.

Говоря о работе с мирными гражданами, нужно отметить, что во всех директивных указаниях подчеркивалась необходимость уважительного отношения к местному населению. Ведь в руководстве страны все прекрасно понимали, что простые люди невиновны в тех деяниях, которые творили Гитлер и нацистская власть. Здесь вспомним знаменитые слова Сталина: «Гитлеры приходят и уходят, а немецкий народ остается».

Довольно сложным остается вопрос о том, к какому именно времени органам контрразведки удалось полностью ликвидировать всю нацистскую агентуру на территории Советского Союза. Историки справедливо отмечают, что у кого-то из агентов германской разведки наверняка получилось избежать наказания. Тем не менее поиск немецких агентов велся достаточно длительное время. Соответствующие мероприятия проводились, естественно, и в рамках розыска нацистских преступников. И в этом отношении главной задачей было разобраться с каждым преступником персонально.

В 1944–1945 годах на территории Советского Союза прошло восемь показательных процессов, в том числе знаменитые краснодарский, смоленский и рижский процессы. Подготовку материалов к ним вела именно контрразведка СМЕРШ.