Многочисленные аресты, депортации и мобилизация значительно усилили антисоветские настроения у населения островов. Некоторые, чтобы избежать репрессий или мобилизации, прятались в лесах и стали питательной средой для немецкой разведки. Через засланных на острова разведчиков немцы поощряли вооруженные антисоветские выступления и с помощью населения осуществляли разведывательную деятельность. В отчете [154] генерала Елисеева перечислены факты действия мелких диверсионных групп: «25 июня на полуострове Сырве была разгромлена банда – захвачен ее главарь с ручным пулеметом. 27 июня был ранен ножом лейтенант, у нападавшего отобран телефонный аппарат. 1 июля обстреляна машина в районе бухты Тагалахт. 2 июля в районе поста СНиС № 55 обнаружен вельбот и следы 8 человек, ушедших в лес. 7 июля наблюдались почтовые голуби по направлению к городу Курессаари, ночью оборвана связь с Люманда, побиты стекла у актива. 25 июля обстрел советского дозора в районе Карузе. 1 августа обстрел нашего дозора двумя всадниками там же. 2 августа обстрел поста в Руде. 13 августа завал дороги между аэродромами Когула и Асте. 14 августа обстрел из пулемета поста ОХР в Трииге». Антисоветское подполье нападало на сторонников советской власти, сжигало их дома. В Ратла ночью был убит секретарь Пярсамааского волисполкома Арсений Кунгла. Под влиянием немецких побед в лес сбежали милиционеры, охранявшие отделение Госбанка [155] .

Для противодействия активности враждебных элементов на острове были проведены следующие мероприятия.

1. В начале июля отобраны велосипеды у населения.

2. 30 июня из войск, эвакуированных из Курляндии, организована рота самокатчиков для борьбы с диверсионными группами и парашютистами.

3. С 14 августа на ночь высылались конные дозоры по дорогам в районах Кярно, Пайкюле, Кайдло, Асте.

4. Усилена работа среди населения местных партийных и советских организаций и воинских частей.

Гарнизон острова Хийумаа в этот период активных действий против антисоветских сил не имел.

Значительное внимание немецкая разведка уделяла стратегическим аэродромам Когула и Асте, с которых осуществлялась бомбардировка Берлина. Начальник особого отдела БОБР старший политрук М. П. Павловский в мемуарах описывает арест эстонской антисоветской группы и задержание затем немецкого разведчика с рацией [156] .

Для борьбы с антисоветским подпольем и немецкими диверсионно-разведывательными группами на островах из сотрудников милиции, партийно-советского актива, комсомольцев и лояльных советской власти граждан создавались истребительные части и подразделения НКВД. Бойцы таких батальонов освобождались от производства и находились на казарменном положении.

На Сааремаа был создан 12-й сааремааский истребительный батальон НКВД. На командные должности в нем были назначены командиры из 10-го пограничного отряда. Так как большого количества коммунистов и комсомольцев, а также крупных промышленных предприятий на островах не было, часть его бойцов была направлена в батальон не добровольно, а по мобилизации. Эстонский историк Энгель Пююа пишет: «За политическую работу в батальоне отвечал первый секретарь Сааремааского Комитета КП (б) Э Александр Муй, за хозяйственные дела председатель Сааремааского исполкома Йохан Эллам и ставил задачи батальону начальник местной госбезопасности Василий Рийс. Сааремааский истребительный батальон, сравнивая с другими такими, отличался с тем, что большинство его состава были мобилизованные или назначенные в батальон волостными партийными секретарями или председателями волостных исполкомов» [157] . Военным комиссаром батальона был назначен второй секретарь Сааремааского укома КП (б) Э Александр Кууль, позднее он был заменен политруком-пограничником Тесленко [158] . Бойцы этого батальона в числе первых приняли боевое крещение. Уже в конце июня ему было приказано прочесать район Виртсу – Лихула и соединиться с таким же батальоном из Таллина [159] .

Такой же батальон формировался в Хаапсалу из партийно-советского актива и добровольцев Ляенэмааского уезда, в который входили острова Хийумаа и Вормси. Уже 2 июля этот батальон выезжал на выполнение боевого задания в Пярнуский уезд. Во время боев под Марьямаа он оборонял Хаапсалу с юга. В дальнейших боях оборонявшийся на приморском направлении 91-й стрб основными силами отошел к Палдиски. Истребительный батальон к 20 августа с подразделениями ВНОС занял оборону на юго-восточной окраине Хаапсалу [160] .

При эвакуации КБФ из Таллина в конце августа около 400 мобилизованных эстонцев из северной Эстонии были отправлены на Сааремаа [161] . К ним были присоединены мобилизованные в конце августа на острове. Все они были включены в состав 1-го эстонского местного стрелкового батальона, где с ними проводились занятия по начальной военной подготовке. Командиром батальона был назначен бывший комендант Лиепаи, капитан 2-го ранга Ковтун. Первым военным комиссаром батальона был Голубев, затем он был заменен эстонцем. Начальником штаба батальона был латыш Каусов [162] .

В целом основная масса населения островов нейтрально относилась к обеим противоборствующим сторонам: советской и немецкой. Количество сторонников обеих сторон было примерно одинаковым. Отношение местного населения к советским войскам можно оценить как недружелюбный нейтралитет. Внутриполитическое положение на островах можно охарактеризовать как вялотекущее состояние гражданской войны.

В Начальном периоде войны вооруженные силы Германии последовательно с юго-запада на восток окружали острова. Уже в июне немецкая 291-я пд захватила Лиепаю и весь Курляндский полуостров. Части Ирбенского сектора БО, БОРЗ ПрибВМБ, находящиеся в Венстпилсе, оставили свои позиции вместе с 114-м сп 67-й сд. На северном берегу Курляндии оставались 40-я и 46-я береговые батареи и подразделения 35-го инженерного батальона. Старшим командиром среди них был командир 10-го оажддн Ирбенского сектора береговой обороны майор Крайнев. После его неоднократных запросов командующий КБФ приказал уничтожить батареи, а коменданту БОРЗ выслать к маяку Микельбака за личным составом транспорт «Кретинга» и буксир. Только 28 июня под прикрытием двух самолетов 15-й оаэ произошла переправа советских подразделений. Согласно оперативной сводке № 9 коменданта БОРЗ от 30 июня: «Из прибывшего батальона Крайнова сформирована стрелковая рота (на велосипедах) в количестве 224 чел. 30.06 заняла позицию в районе Вальяла (ныне Виливалла – Авт .) (Эзель) с задачей взаимодействия с 46 и 79 СП, уничтожения воздушного десанта, диверсионных групп в районе дислокации и в центральной части о. Эзель (ныне Сааремаа. – Авт .)» [163] .

В начале июля оперативная обстановка вокруг Моонзундских островов резко ухудшилась. Командующий войсками Северо-Западного фронта принял решение после поражения фронта в приграничном сражении оставить Эстонию. Войска фронта отводились на линию укрепленных районов по бывшей советско-эстонской и советско-латвийской границе. Судьба ГлВМБ КБФ и ПрибВМБ не учитывалась. Однако уже на следующий день после этого решения, 2 июля, Ставка Верховного Командования отменила это решение. Генерал-полковник Ф. И. Кузнецов был снят с должности командующего войсками фронта. Вместо него с должности командующего войсками 8-й армии был назначен генерал-майор П. П. Собенников. На его место с должности 2-го заместителя командующего войсками Юго-Западного фронта был назначен генерал-лейтенант Ф. С. Иванов.