В осуждении церкви гнев Савонаролы достигал высшего накала. «Папы и прелаты осуждают гордыню и амбиции, в то время как сами погрязли в этих грехах. Они проповедуют целомудрие, а сами держат любовниц… Они прикованы любовью к земным вещам и больше не заботятся о душе». Они сделали церковь «домом дурной славы… проституткой, сидящей на троне Соломона и призывающей прохожих. Тот, кто может платить, входит и делает то, что пожелает, но того, кто хочет добра, вышвыривают. О продажная церковь, ты показала свои злоупотребления всему миру, и твое ядовитое дыхание поднимается к небесам».

То, что в речах его была какая-то правда, Рим не взволновало: он давно привык к суровым фанатикам, однако Савонарола стал политически опасен. Он приветствовал Карла VIII: «как я давно предсказывал», король послан нам Богом, он излечит Италию и реформирует церковь. Выступление в поддержку французов оказалось губительным для провидца, поскольку делало его угрозой новым правителям Флоренции, да и папа обратил на него неблагосклонное внимание. Флорентийские власти требовали разобраться с фанатиком, но Александр VI не хотел народных волнений и принял меры, только когда Савонарола во весь голос потребовал созвать собор, дабы на нем сместить папу за симонию.

Поначалу Александр VI попытался утихомирить Савонаролу без шума, попросту запретив ему проповедовать, но речи, в которых звучал голос Бога, так просто не заглушить. Савонарола нарушил папский запрет на том основании, что Александр VI — преступник и не может называться «святейшим отцом», он уже более не христианин. Он неверный, еретик, а потому и не папа. Александр VI отлучил фанатика от церкви, но Савонарола и тут не послушался, а отслужил мессу. Александр приказал флорентийским властям самим заткнуть проповеднику рот, пригрозив в случае ослушания отлучить от церкви весь город. Чтобы установить истинность учения Савонаролы, был назначен суд Божий — испытание огнем. Однако испытание не состоялось — и настроение толпы обратилось против проповедника. Флорентийские власти заточили Савонаролу в тюрьму и пытками добивались у него признания в том, что все его пророчества — обман и ересь. Не добившись ничего, светские власти приговорили его к смерти. Под улюлюканье толпы в 1498 году Савонарола был повешен, а тело его сожжено. Гром стих, но враждебность к церковной иерархии осталась.

Тему подхватили странствующие проповедники, отшельники и монахи. Некоторые из них были фанатиками, некоторые сумасшедшими, но все испытывали отвращение к церкви, и это соответствовало настроениям народа. Всякий, кто брал на себя миссию проповедовать реформу, был уверен, что слушатели найдутся. Это был не новый феномен, а вид развлечения для простого народа, один из немногих, какие у него имелись. Проповедники из мирян и странствующие монахи издавна ходили из города в город, привлекая целые толпы. Люди часами внимательно слушали их на площадях, ибо в церкви столько народа не помещалось. Говорят, в 1448 году пятнадцать тысяч человек пришли послушать знаменитого францисканца Роберто да Лечче. В Перудже он обратился к народу с четырехчасовой проповедью. Проповеди обличали пороки того времени, призывали людей не грешить, стараться, по возможности, вести праведную жизнь. К проповедникам прислушивались, их речи обычно заканчивались массовым «обращением» и подарками оратору. Любимым пророчеством этого века был приход «ангельского папы», который начнет реформу, а за ней — как обещал Савонарола — настанет лучший мир. Группа примерно из двадцати флорентийских рабочих выбрала собственного «папу», который сказал своим приверженцам, что пока нет реформы, на исповедь ходить бесполезно, потому что в церкви нет достойных священников. Его слова распространились как знак наступления больших перемен.

Скандальность семейных дел Борджиа достигла нового размаха. Решив, что в его интересах будет брачный союз с королевской семьей Неаполя, Александр VI аннулировал брак своей дочери Лукреции с Джованни Сфорца, чтобы выдать ее за неаполитанского наследника Альфонсо. Возмущенный муж яростно отвергал утверждение о том, что консуммация не состоялась, он публично сопротивлялся разводу, однако под тяжким политическим и финансовым давлением, которое оказывал на него папа, вынужден был покориться и даже вернул жене ее приданое. Лукрецию выдали замуж за нового мужа-красавца, которого она, судя по всему, искренно любила, но оскорбление, нанесенное Сфорца, и нарушение святости брака еще сильнее подорвали репутацию Александра VI. Джованни Сфорца к тому же заявил, что Александр VI испытывает непотребную страсть к собственной дочери. Подтвердить это было трудно из-за очень скоро заключенного второго брака Лукреции, но эта история помогла распространению еще более зловещих слухов, окружавших Александра VI, правдоподобия им к тому же добавляли пороки сына папы, Чезаре.

В тот год, когда Лукреция снова вышла замуж, старшего сына папы Хуана, герцога Гандии, обнаружили утром в Тибре, на его трупе остались следы девяти ударов кинжала. У Хуана было много врагов, поскольку отец подарил ему немалую долю папской собственности. Убийцу так и не нашли. Тайна оставалась неразгаданной, люди шептались, и все больше подозрений падало на Чезаре. Они основывались на желании последнего сделаться фаворитом отца, ходили слухи и об инцесте брата и сестры. В булькающей похлебке римских слухов от семьи Борджиа могли ждать чего угодно (хотя историки впоследствии признали Чезаре невиновным в убийстве брата).

Александр VI был оглушен горем, а возможно, и напуган смертью сына, его охватили угрызения совести, и он погрузился в неожиданный, редкий для него самоанализ. «Самая большая опасность для любого папы, — сказал он кардиналам, — в том, что, окруженный льстецами, он никогда не слышит правды о собственной персоне и заканчивает тем, что не хочет ее слышать». Это было неслыханное высказывание для автократа. Испытывая моральный кризис, папа признал, что удар, от которого он пострадал, был карой Господней за его грехи и теперь он намерен изменить свою жизнь и провести реформу церкви. «Мы начнем с того, что реформируем себя, а потом охватим реформой всю церковь — сверху и до самого низа, пока работа не будет завершена». Он тотчас назначил комиссию из нескольких самых уважаемых кардиналов и поручил им написать программу, но, дальше сокращения множественных бенефиций дело не пошло. Предложенные меры требовали от кардиналов урезания их доходов, уменьшения численности придворных — не более восьмидесяти (из которых, по меньшей мере, двенадцать должны быть священниками) и сокращения конного эскорта до тридцати всадников. За столом они должны были довольствоваться одним вареным и одним жареным мясным блюдом, свободное время следовало проводить за чтением Священного писания, а от музыкантов и актеров надлежало отказаться. Кардиналам не дозволялось принимать участие в турнирах и карнавалах, посещать светские спектакли и нанимать мальчиков-пажей. Вероятно, предложение о том, что в течение десяти дней после публикации буллы о реформе надо будет отказаться от всех любовниц, заставило святейшего отца иначе взглянуть на программу комиссии. А рекомендации о созыве собора для осуществления реформ оказалось достаточно, чтобы вернуть папу в прежнее состояние ума. Предполагаемая булла — «In apostolicae sedis specula» — так и не была издана, и вопрос о реформе отпал.

В 1499 году, уже при новом короле Людовике XII, вернулись французы и заявили о претензиях на Милан по праву герцогов Орлеанских. За этим стоял еще один священник, архиепископ Руанский, старший советник короля. Он и сам хотел стать папой и верил, что, дав французам контроль над Миланом, повысит свои ставки на понтификат. Роль Александра VI в новом вторжении была чрезвычайно циничной. Людовик XII хотел аннулировать свой брак с печальной хромоногой женой Жанной, сестрой Карла VIII, жениться на Анне Бретонской, вдове Карла VIII, и присоединить ее герцогство к французской короне.