На всех Генералитетских землях католицизм был официально запрещен, и после окончательной аннексии Республикой Бейлевика в 1648 г. был вынужден отступить в тень. Отныне его обряды совершались лишь в частных домах и временных помещениях, хотя в сельской местности, где реформатская Церковь не имела сторонников, кроме солдат и немногих представителей Генералитета, «сокрытие» носило немногим более чем поверхностный характер. В крупных городах существовали более значительные реформатские меньшинства. Но хотя Генералитет принял некоторые меры по распространению вероучения нидерландской реформатской Церкви и родственной ей Валлонской Церкви, он проводил политику нетерпимости по отношению к протестантским диссентерским Церквям и евреям. Евреи получили разрешение селиться в Статс-Брабанте только с конца XVIII в.

В Хертогенбосе католические молитвенные собрания обычно проходили беспрепятственно, за исключением случайных вмешательств, когда реформатский raad считал их чрезмерно большими или вызывающими. Чиновников, пытавшихся помешать собранию в частном доме в октябре 1673 г., прогнала разъяренная толпа. Даже несмотря на это, положение католиков в Хертогенбосе или Бреде заметно отличалось от ситуации в Маастрихте. Проблема заключалась не только в деятельности слишком рьяных или более умеренных священников: знаменитая католическая школа в Хертогенбосе была закрыта и заменена другой, имевшей воинствующе реформатский характер; среднее образование для других конфессий по большей части прекратилось. В жизни города глубоко укоренилась нетерпимость. Лютеране в конечном итоге получили свободу отправления культа в 1686 г. Но их община сохраняла сильную немецкую окраску до самого конца XVIII в.

Вопрос лютеранства в Генералитетских землях имел особое значение, учитывая большое количество солдат в гарнизонах и близость лютеранских государств. Raad Хертогенбоса всячески стремился (хотя и без особых успехов) привлекать в 1680-х гг. гугенотских иммигрантов, но никогда не пытался усилить протестантское присутствие с помощью иммигрантов-лютеран. Только Бреда, город, находившийся во владении династии Нассау, продолжала следовать традиции терпимости к лютеранству, восходившей к эпохе Вильгельма Молчаливого. После отвоевания города у испанцев в 1637 г. Фредерик-Хендрик заново учредил лютеранскую общину, которая впоследствии проявила определенную жизненную силу. Но в целом Генералитет придерживался политики нетерпимости, отражавшей страх перед лютеранами как потенциальными соперниками реформатской Церкви. В Берген-оп-Зоме лютеране не имели возможности открыто организовать свою общину до 1698 г. В Граве лютеранская конгрегация отсутствовала до XVIII в. В Вестерволде лютеране находились под запретом до 1687 г., когда Вильгельм III позволил им построить церковь рядом с Винсхотеном, где город Гронинген пытался помешать им приобрести «точку опоры», при условии, что они откажутся от колокольного звона и других признаков «официальной религии» и не будут создавать помех реформатской Церкви.

Постоянным предметом заботы провинциальных и городских властей в Нидерландской Республике было сохранение внутреннего единства и стабильности официальной Церкви, поскольку, если бы реформатская Церковь погрузилась в пучину смуты, как это произошло во время Двенадцатилетнего перемирия, то и все государство было бы охвачено распрями, а общество оказалось в состоянии внутренней войны.

В этом отношении между двумя крупными партиями-фракциями, «оранжистами» и партией Штатов было больше сходства, чем различий.

Соперничавшие блоки в Нидерландской Республике, естественно, не напоминали современные партии. Это были неформальные группировки, в одном случае больше, в другом меньше тяготевшие к штатгальтеру и его двору, имевшие различные взгляды на Союз и характер Генералитета. В то же время они представляли собой структуры, построенные на отношениях патронажа и клиентелы, в центре внимания которых находились контроль и распределение официальных должностей и власти на местах. Обе партии-фракции защищали официальную Церковь, расходясь во мнениях только в отношении степени влияния, предоставленной Церкви в государственной, социальной и образовательной сферах, и степени религиозной терпимости к диссентерским Церквям.

В крупных голландских городах власть к 1640-м гг. в основном находилась в руках «арминианских» регентов или партии-фракции Штатов. Но это не означает, что те, кто выступал за ортодоксальный кальвинизм, не имели перспективы снова одержать верх. Воззрения регентов не обязательно совпадали с настроениями населения. Падение Олденбарневелта в 1618 г. произошло в значительной мере из-за сильной народной поддержки, оказанной контрремонстрантам в Амстердаме, Харлеме, Лейдене и Утрехте. После 1650 г. ортодоксальные кальвинисты также могли рассчитывать на существенную поддержку со стороны реформатских общин. Упорство властей Лейдена, последнего крупного голландского города, по-прежнему разгонявшего в 1660-х гг. ремонстрантские молитвенные собрания, не так уж сильно контрастировало с нидерландскими реалиями, как это может показаться. Когда ремонстранты начали проводить в 1662 г. Лейдене молитвенные собрания, бросив вызов vroedschap'у, в городе прошли демонстрации детей — воспитанников сиротских приютов, рассадника воинствующего кальвинизма. Когда ремонстранты подали в 1664 г. петицию о веротерпимости, vroedschap отказался удовлетворить ее на том основании, что в Лейдене ремонстранты вызовут волнения и беспорядки. В ходе волнений в Роттердаме в 1672 г. главное требование негодующих горожан заключалось в том, что ректор и учителя городской латинской школы должны быть верными прихожанами реформатской Церкви. Угроза народного гнева постоянно нависала над головами сторонников смягчения церковной политики.

Во время штатгальтерства Вильгельма II среди ортодоксальных кальвинистов уже давала знать о себе тенденция к сближению с оранжистами и более либеральными проповедниками со стороны партии Штатов. Но до сих пор теологическая поляризация внутри официальной Церкви, способная усилить разногласия, отсутствовала. Раскол между ремонстрантами и контрремонстрантами был еще достаточно жив в памяти, и представители обеих сторон были решительно настроены не допустить любых признаков возрождения такой распри. Тем не менее, медленно, но неумолимо трения в правительственных кругах в 1650-х гг. переплетались с новым теологическим расколом в официальной Церкви. С одной стороны находились стойкие кальвинисты, опиравшиеся на Нидерландское исповедание, с несгибаемым Гисбертом Воэцием, деканом Утрехтского университета, в качестве своего главного глашатая; с другой — либертинское течение в нидерландской реформатской теологии, последователи Йоханна Кокцеюса (1603-69 гг.), который с 1650 г. был профессором теологии в Лейденском университете и одним из самых влиятельных кальвинистских теологов XVII в. в нидерландских и немецких землях. Кокцеюс, убежденный противник фундаментализма и догматизма, был специалистом в области ближневосточных языков и филологии, и считал, что текст Священного Писания был сложным, и его не всегда следовало понимать буквально, и что его значение могли понять должным образом только квалифицированные филологи. В частности, он доказывал в своем оказавшем большое влияние труде «Summa Doctrinae de Foedere et Testamento Dei» (1648 r.), что сущность Завета между Богом и избранным им народом следует истолковывать, исходя из менявшегося духовного контекста, в рамках которого происходила его (Завета) эволюция.