Работы по возведению крепости шли «с крайним поспешанием», поскольку Петр постоянно опасался возвращения шведов. И действительно, их отряды появлялись каждое лето. В 1703 году, когда не прошло и месяца с тех пор, как Петр занял дельту Невы, с севера подступил шведский отряд в 4000 человек и встал лагерем у реки Сестры. 7 июля 7-тысячный русский отряд под командованием самого Петра, состоявший из четырех драгунских и двух пехотных полков, выступил против шведов, разбил их и вынудил отступить. Петр постоянно находился под вражеским огнем, и наблюдавший это Паткуль был вынужден напомнить своему высокому покровителю, что «он тоже смертен, и одна мушкетная пуля может вывести из строя всю армию и ввергнуть страну в пучину опасности». Тем же летом шведский адмирал Нуммерс держал на якоре в устье Невы девять кораблей, блокируя выход в море и поджидая случая подняться вверх по реке и помешать строительству русских укреплений. Петр тем временем вернулся на верфи на Ладожском озере, чтобы ускорить строительство кораблей. В результате на рейде новой невской твердыни появилось множество судов, в том числе и фрегат «Штандарт». Не имея достаточных сил, чтобы бросить вызов более мощной эскадре Нуммерса, корабли не выходили в море, пока холода не вынудили Нуммерса увести свой флот. Тогда Петр на «Штандарте» вышел в Финский залив.

Наступил исторический момент – первое плавание русского царя на русском корабле по Балтийскому морю. Хотя свинцовые воды залива уже покрывались тонким ледком, Петра это не остановило. Когда он, выйдя из устья Невы, плыл на запад, по правую руку виднелись скалистые берега Карелии, исчезая из виду у Выборга, слева стелились невысокие округлые холмы Ингрии, тянувшиеся, убегая за горизонт на запад до самой Нарвы. Прямо по курсу, всего в пятнадцати милях от устья, показался остров, который русские назовут Котлин и где впоследствии вырастет крепость и морская база Кронштадт. Обогнув остров, Петр собственноручно замерил глубину и установил, что море у северного берега слишком мелко для судоходства. Но к югу от острова пролегал фарватер, который вел прямо к устью Невы. Чтобы защитить этот фарватер, в качестве форпоста оборонительных сооружений, которые возводились на острове, Петр приказал возвести форт прямо на отмели у кромки фарватера. Это была тяжелая работа: деревянные клети, заполненные камнями, по льду доставляли на место и там по весне, когда лед таял, опускали под воду, создавал таким образом фундамент. В мае небольшой форт, оснащенный четырнадцатью пушками, вырос прямо из моря.

Опорный пункт Петра на Балтийском море с самого начала был задуман как торговый порт и военно-морская база. По царскому указу Головин писал в Лондон Матвееву, чтобы тот зазывал торговые суда посетить новый порт. Первый корабль, принадлежавший голландскому купцу, вошел в Неву в ноябре 1703 года, когда новому русскому порту едва минуло шесть месяцев. Услышав о прибытии корабля, Петр лично отправился встретить его и провести вверх по течению. Велико было удивление капитана, когда он узнал, кто был его лоцманом; Петру же было приятно узнать, что груз корабля – вино и соль – принадлежал его старому знакомцу, Корнелису Калфу из Саардама. Капитан получил 500 золотых, и в его честь Меншиков устроил банкет. В память об этом радостном событии корабль был переименован в «Санкт-Петербург» и навсегда освобожден от пошлин и таможенных сборов. Подобные привилегии были обещаны и следующим двум судам, которые прибудут в новый порт, и в скором времени за обещанной наградой явились капитаны двух суден – голландского и английского. В дальнейшем Петр делал все возможное, чтобы привлечь в Петербург иностранных купцов. Он снизил пошлину так, что она составляла менее половины сборов, взимавшихся шведами в подконтрольных им балтийских портах. Он обещал поставлять русские товары в Англию по очень низким ценам при условии, что англичане будут вывозить их из Петербурга, а не Архангельска. Впоследствии ему приходилось употреблять царскую власть для того, чтобы отвести большой поток русской торговли от проторенного арктического пути и направить его через новые порты на Балтике.

Чтобы упрочить свое положение на отвоеванных землях, Петр не жалел сил на строительство судов на верфях Ладожского озера. 23 сентября 1704 года он писал Меншикову: «Здесь все зело исправно. Коли Бог даст, три фрегата, четыре шенявы, да галиот послезавтра на воду спустим». Но Ладога была коварна и неспокойна, и новые суда получали течь, а то вовсе оказывались выброшенными на берег у южной оконечности озера возле Шлиссельбурга, где берет начало Нева. Чтобы избежать опасного плавания по Ладоге, Петр решил перенести главные верфи в Петербург. В ноябре 1704 года он заложил верфь на левом берегу Невы, по диагонали от Петропавловской крепости, чуть ниже ее по течению. Поначалу Адмиралтейство представляло собой обычную верфь, построенную в форме прямоугольника. Окруженное с трех сторон деревянными амбарами и сараями, которые служили мастерскими, кузницами, избами для рабочих и кладовыми для канатов, парусов, пушек и корабельного леса, Адмиралтейство оставалось открытым со стороны Невы. Посередине – там, где впоследствии разместился главный штаб Российского флота, возвышался деревянный шпиль, увенчанный флюгером в форме кораблика[27].

Под сенью этого шпиля, на пространстве, окруженном амбарами и сараями, закладывались петровские корабли. Объемистые корпуса сооружались у самого берега, затем их спускали на воду и буксировали к причалам для доводки. Чтобы защитить Адмиралтейство от возможного нападения шведов, его обнесли земляными валами со рвами и бастионами. Таким образом, город получил вторую твердыню, почти столь же могучую, как Петропавловская крепость.

В дальнейшем шведы не прекращали тревожить новый город вылазками как с моря, так и с суши. В 1705 году русские вбили длинные бревна в дно фарватера у острова Котлин и соединили их канатами, закрыв путь флоту противника. Завидев на горизонте переплетения мачт и канатов, шведы принимали их за мачты внушительного русского флота и после безрезультатного обстрела с дальней дистанции отходили. В 1706 году Петр, совершая плавание в открытом заливе, заметил приближение шведской эскадры. Он тут же повернул к берегу и условным сигналом – орудийными выстрелами – известил вице-адмирала Крюйса, голландского моряка, который командовал русским флотом. Крюйс, однако, не поверил сигналу и признал свою ошибку лишь тогда, когда увидел шведские корабли собственными глазами. Некоторое время спустя Петр со смехом припомнил этот случай. Докладывая о положении на флоте, Крюйс жаловался Петру на невежество и недисциплинированность офицеров: «Его величество в морском деле искусен и ведает, каково важно во всем превосходную субординацию иметь». Петр отвечал ласково: «Вице-адмирал сам повинен в том, что в морских офицерах недостает уменья, понеже почти всех их сам на службу и взял… Что ж до моего уменья, кумплимент сей вовсе незаслужен. Когда случилось мне намедни углядеть с яхты свейские корабли и, согласно морскому обычаю, пушечною пальбою число оных означить, сие почтено было за потеху, что зову пальбою чарку испити. Когда и сам я к вице-адмиралу на борт поднялся, оный верить мне ни про что не хотел, покуда его матросы неприятеля с мачты не высмотрели. Оттого разумею, что надобно меня в умелых не числить, а коли нет, то сие шутки более не шутить».