В январе 1957 г. Жигарева переводят начальником Главного управления ГВФ. Но и там он продолжал делать то же самое. И тогда Главного маршала авиации (1955 г.) назначают во главе Военной командной академии ПВО в Калинине, подальше от столицы. Это и была его последняя должность в армии.

Сергей Александрович Худяков (Ханферянц Арменак Артёмович) в начале Великой Отечественной — начальник штаба ВВС Западного фронта. В феврале 1942 г. его назначают командующим ВВС этого фронта, а в мае — начальником штаба ВВС Красной Армии. Однако в этой должности ему работать долго не пришлось. Уже в июле 1942 г. по просьбе военного совета Западного фронта его назначают командующим 1-й воздушной армией.

Вот что вспоминает о Худякове в своей книге Л.А. Дубровин: «Задачу комдиву и мне лично ставил командующий 1-й воздушной армией генерал С.А. Худяков, прибывший в этот день в соединение. О нём я был наслышан как о талантливом военачальнике. Среднего роста, черноволосый, смуглый, с чёрными проницательными глазами, Сергей Александрович производил впечатление человека решительного, самостоятельного в суждениях. В то же время ему не чужда была шутка, способность подзадорить человека, просто рассмешить. Уточнив все детали предстоящего вылета, он заметил:

— Знаю ваших соколов как смелых и дружных ребят, умеющих постоять друг за друга в бою. Это очень ценное и очень нужное качество пилотов — крепкая, как сталь, боевая мужская дружба. — Генерал задумался, словно что-то вспомнив, потом продолжил со своим кавказским акцентом: — Бытует у восточных народов такая притча. Спросил однажды внук у седобородого старца: "Есть ли что на свете дороже золота?" — "Есть, — слышит в ответ. — Дружба". — "А бывает ли что крепче железа?" — снова спрашивает внук. — "Дружба". — "Ну а что сильнее самой смерти?" — "Дружба…"

Потом генерал Худяков обратился ко мне:

— Согласны вы с мудрым старцем, товарищ Дубровин?

— Согласен, товарищ генерал, и с вашего разрешения беру притчу на вооружение, — в тон командующему армией ответил я».

«Тов. Худяков оперативно грамотный, смелый, энергичный, инициативный и требовательный командующий, — говорилось в боевой характеристике на молодого военачальника. — Умело и организованно провёл все наступательные операции фронта, правильно организовал взаимодействие ВВС с наземными войсками. При проведении армейских и фронтовых операций находился на главном направлении, откуда и руководил боевой деятельностью ВВС».

С мая 1943 г. Сергей Александрович — снова начальник штаба и заместитель командующего ВВС Красной Армии.

О том, почему он трижды возглавлял штаб ВВС, вспоминал Главный маршал авиации Новиков: «Первый его уход из штаба ВВС состоялся до моего назначения командующим. Второй раз срочно потребовался, как выразился Верховный, "толковый и настоящий командарм" на 1-ю воздушную армию. Пришлось отрядить Худякова. Ну а в третий раз, перед началом войны с Японией, он сам попросил настоящего дела и был назначен командующим 12-й воздушной армией».

В 1944-м Худяков координировал боевые действия авиации Воронежского и Степного фронтов в Курской битве, битве за Днепр. Именно тогда, Сталин выразил недовольство действиями начальника штаба ВВС.

Главный маршал авиации А.А. Новиков:

«13 февраля 1944 года меня среди ночи вызвали в Кремль. В кабинете у Сталина находился командующий бронетанковыми и механизированными войсками Красной Армии генерал-полковник Яков Николаевич Федоренко. Верховный, сидя на диване, о чём-то беседовал с ним. Увидев меня, Сталин в знак приветствия приподнял правую руку, встал, прошёлся вдоль стола, обернулся и, глядя мне в глаза, спросил:

— Скажите, товарищ Новиков, можно ли остановить танки авиацией?

В другой обстановке я мог бы хорошенько подумать, уточнить аспекты возникшей проблемы, посоветоваться со специалистами, но это "в другой обстановке" и в беседе с другим человеком. А Верховный когда вот так — в лоб спрашивал, то ждал короткого ответа: "да" или "нет".

— Товарищ Сталин, остановить танки авиацией можно!

— Тогда завтра же утром летите к Ватутину, — проговорил Верховный. — А то на весь мир растрезвонили, что окружили Корсунь-Шевченковскую группировку, а до сих пор разделаться с ней не можем…

В голове у меня с бешеной скоростью закаруселили мысли. Значит, на участке 1-го Украинского фронта резко осложнилась обстановка, значит, начальник штаба ВВС генерал-полковник авиации Сергей Александрович Худяков, отправленный в район сражения для координации действий авиации, что-то не так делает.

Как бы отгадав мои мысли, Сталин, выбивая из трубки пепел, негромко, но твёрдо сказал:

— Кстати, Худяков мне там не нужен. Уберите его. Сколько раз приходилось слышать от Верховного его жестокое "такой-то мне не нужен, уберите…"

Обычно возражать никто не осмеливался. Не было случая, чтобы и я пытался изменить решение Сталина, но сегодня шла речь о моём начальнике штаба.

— Худяков хорошо работает, товарищ Сталин, я считаю своим долгом…

— Там он мне не нужен! — сурово посмотрел на меня Сталин. — Летите к Ватутину сами и останавливайте танки».

И ещё о Худякове: «Человек впечатлительный, он очень переживал, когда я посоветовал ему лететь в Москву и там постараться поменьше попадаться на глаза Верховному».

С июня 1945 г. С.А. Худяков — командующий 12-й воздушной армией на Дальнем Востоке. С 9 августа армия в составе Забайкальского фронта под командованием Худякова участвовала в Хингано-Мукденской операции по разгрому Квантунской армии.

Основные усилия командующий сосредоточил на поддержке наступления войск фронта в солуньском и хайларском направлениях, нанося массированные удары по аэродромам противника и ж.д. Солон (Солунь), Хайлар и др.

Часть сил армии Худяков направил на доставку горючего и других грузов для 6-й гвардейской танковой армии, действовавшей в отрыве от основных сил фронта. Под командованием С.А. Худякова соединения армии совместно с авиацией ТОФ участвовали в высадке десантов в гг. Чанчунь, Шэньян (Мукден), Тупляо, в порты Далянь (Дальний) и Люйшунь (Порт-Артур).

14 декабря 1945 г. Худякова арестовали без санкции прокурора. На следствии он долго не признавал себя виновным и лишь 19 февраля 1946 года подписал протокол допроса, в котором признался в шпионской связи с англичанами, в службе в дашнакском отряде и в злоупотреблении служебным положением.

Только в марте 46-го было оформлено постановление на арест Худякова, а обвинение было предъявлено 22 августа.

Дело же маршала авиации (1944 г.) было рассмотрено Военной коллегией Верховного Суда СССР только спустя четыре года — 18 апреля 1950 г. Она признала его виновным в том, «что он, состоя на военной службе в красногвардейском отряде в городе Баку, в 1918 году был завербован английским офицером Вильсоном для шпионской работы. По заданию последнего Худяков дезертировал из красногвардейского отряда и вступил в дашнакский отряд меньшевистско-эсеровского правительства (отряд нёс патрульную службу в городе Баку и конвоировал политических заключённых).