В середине июля 1794 года Пишегрю соединился в районе Брюсселя с Самбро-Мааской армией Журдана, только что одержавшей знаменитую победу при Флерюсе (26 июня 1794 года). Вместе они развернули наступление в восточном и северо-восточном направлениях. Под их ударами англо-голландская армия (герцог Йоркский) отступила в Голландию, а австрийская (принц Кобургский) — к Маастрихту.

В связи с изменившейся обстановкой и переходом инициативы к французам Пишегрю получил приказ овладеть Голландией. Наступление Северной армии продолжало развиваться успешно. Ряд фламандских крепостей, в том числе Нимвеген (Неймеген), после короткого сопротивления капитулировал. Голландия вступила в тайные переговоры с французами и отделила свои войска от англичан. Все это, а также неожиданно ударившие сильные морозы, сковавшие льдом многочисленные реки и каналы, еще более способствовали быстрому покорению Голландии. 10 января 1795 года войска Пишегрю перешли реку Ваал. Остатки английских и голландских войск (23 тыс. человек; генерал Л. Вальмоден) повсюду отступали. Штатгальтер (правитель) Голландии оставил свою страну и бежал в Англию. Брошенная на произвол судьбы голландская армия капитулировала. Французская кавалерия захватила голландский флот, оказавшийся запертым в скованных льдом гаванях. Голландия была завоевана. Конвент объявил Пишегрю «спасителем Отечества». Прибывшему в Париж победителю был устроен торжественный прием. Молодой полководец победоносной революционной армии находился в зените своей славы.

Государственный переворот 9 термидора (27—28 июля 1794 года) положил конец якобинской диктатуре. Друзья и покровители Пишегрю — вожди якобинцев во главе с Робеспьером — были свергнуты и погибли на гильотине. Над Пишегрю летом 1794 года сгустились тучи, его репутация ортодоксального якобинца и человека, близкого к верхушке правящей партии, только что отстраненной от власти, была хорошо известна. В этот период он подвергался большой опасности. Но боевые заслуги и покорность новым властям сохранили ему жизнь и свободу. Однако от командования Северной армией после завершения Голландского похода Пишегрю все же был отстранен.

Отозванный в Париж, он вскоре получил назначение на должность командующего Национальной гвардией. Находясь на этом посту, Пишегрю подавил Жерминальское восстание (1—2 апреля 1795 года) санкюлотов (городская беднота) в Париже. Тем самым он делом доказал свою преданность новому режиму — пришедшим к власти термидорианцам, — и вскоре был назначен командующим Рейнско-Мозельской армией. Затем Пишегрю возглавил главное командование над тремя основными армиями Республики. Кроме его Рейнско-Мозельской, в эту группу армий входили Северная (генерал Ж. Моро) и Самбро-Мааская (генерал Ж. Журдан) армии. Всего под его командованием тогда находилось 250 тыс. человек, что свидетельствовало о полном доверии к нему правительства.

Слава Пишегрю к осени 1795 года достигла своего апогея. Впервые за годы революции в руках одного генерала сосредоточивалась такая огромная власть.

Но к этому времени у Пишегрю были уже другие планы. В августе 1795 года к нему явился агент Бурбонов некий Фош-Борель. Он имел поручение склонить молодого генерала к измене Республике и переходу на сторону роялистов. Понимая всю сложность своей миссии, роялистский эмиссар действовал очень осторожно, исподволь. Он знал — нет никаких гарантий, что его тут же не арестуют и немедленно не расстреляют как вражеского агента. Но, к удивлению посланца Бурбонов, он через некоторое время был принят генералом и выслушан довольно благосклонно. В результате Пишегрю согласился вступить в тайную связь с принцем Л. Конде (командир корпуса французских эмигрантов, сражавшихся против Французской республики на стороне ее врагов) с целью снова возвести Бурбонов на французский трон. Следствием предательства Пишегрю явилось то, что почти всю вторую половину кампании 1795 года он практически бездействовал. Осада Люксембурга и Майнца велась вяло. В сентябре 1795 года по приказу из Парижа Пишегрю вынужден был перейти реку Майн, чтобы поддержать наступление Журдана, но действовал по-прежнему пассивно. В результате французы потерпели поражение под Гандшусгеймом (близ Дюссельдорфа) и были вынуждены начать отступление из Германии. Австрийцы деблокировали крепость Майнц и в свою очередь осадили Мангейм. Вскоре эта крепость сдалась. Кампания 1795 года в Германии была проиграна французами.

Странное поведение недавнего пылкого революционера и боевого генерала, придерживавшегося до сих пор только наступательной стратегии и всегда неудержимо рвавшегося вперед, вызвало серьезные подозрения в Париже. В начале 1796 года Пишегрю был смещен с должности. В командование Рейнско-Мозельской армией вступил генерал Ж. Моро. Пишегрю был предложена должность посла в Швеции, но он от нее отказался и удалился в свое эльзасское поместье, откуда еще активнее, чем прежде, продолжал сношения с Конде.

В мае 1797 года Пишегрю был избран членом Совета пятисот (нижняя палата французского парламента), а затем стал его председателем. Его избрание на этот пост обеспечило роялистское большинство нижней палаты. Это явилось открытым вызовом исполнительной власти — всем было хорошо известно, что отставной генерал не скрывал своего враждебного отношения к Директории.

Опираясь на своих сторонников в парламенте и Париже, Пишегрю приступил к подготовке государственного переворота с целью свержения Директории, ликвидации в стране республиканской формы правления и реставрации монархии. Его замысел основывался на том, что в столице тогда находилось большое количество хорошо вооруженных роялистов. Кроме того, немало сторонников реставрации Бурбонов имелось и среди офицеров парижского гарнизона, включая его начальника генерала Ж. Мену. К концу лета 1797 года Пишегрю чувствовал себя хозяином положения уже настолько, что мог позволить себе разговаривать с правительством языком угроз. «Ваш Люксембургский дворец — это не Бастилия. Стоит мне сесть на лошадь, — в запальчивости заявил он одному из членов Директории, — и через четверть часа все будет кончено!» Однако осуществить свой план Пишегрю не удалось. От командующего Итальянской армией генерала Наполеона Бонапарта в Париж поступили документы, захваченные у роялистского агента графа д’Антрега. В них содержались неопровержимые доказательства существования тайной связи между Пишегрю и Бурбонами. Этот компромат, изобличающий Пишегрю в государственной измене, явился для него убийственным. Все сомнения Директории относительно деятельности председателя Совета пятисот рассеялись, она решила действовать и нанесла удар первой. В результате событий 18 фрюктидора (4 сентября 1797 года) заговор роялистов был сорван, Пишегрю и многие из его сообщников арестованы, а затем без суда и следствия сосланы в Кайенну (Французская Гвиана).

В 1798 году Пишегрю с большим трудом удалось бежать из ссылки в соседнюю Нидерландскую Гвиану (Суринам) и оттуда уехать в Англию. Хорошо принятый английским правительством, он вскоре был отправлен с секретной миссией в Пруссию и Швейцарию. Однако все его усилия в пользу Бурбонов успеха не имели. Пишегрю возвратился в Англию и жил там до 1803 года. В начале 1804 года (по другим данным — в конце 1803 года) он тайно прибыл в Париж, чтобы вместе с Ж. Кадудалем (один из руководителей вандейцев) организовать заговор с целью убийства первого консула Французской республики генерала Наполеона Бонапарта. Уже 13 февраля 1804 года французской жандармерии стало известно о том, что Пишегрю находится в столице. За ним началась настоящая охота. Несмотря на то, что он менял явки каждый день, ускользнуть от жандармов ему не удалось. Его выдал один из «верных друзей» за вознаграждение в 100 тыс. экю.