Основным рабочим органом Ставки по стратегическому планированию и руководству вооруженной борьбой стал Генштаб.

24 июня на генерала Василевского и начальника Разведывательного управления генерала Голикова была возложена подготовка проектов правительственных сообщений о событиях на фронтах для Советского информационного бюро, созданного в соответствии с постановлением СНК СССР и ЦК ВКП(б). Кроме того, с конца июня Александру Михайловичу приходилось во исполнение приказаний наркома обороны, начальника Генштаба и его заместителей подписывать директивы Генштаба различного содержания.[112]

30 июня в Генштабе произошла новая перетасовка кадров. Первый заместитель начальника Генштаба генерал Н. Ф. Ватутин был назначен начальником штаба Северо-Западного фронта, а начальник Оперативного управления генерал Г. К. Маландин — начальником штаба Западного фронта. Его сменил генерал-лейтенант В. М. Злобин. Все это сказывалось на качестве работы Генштаба. «В июньские и июльские дни 1941 года мне, как первому заместителю начальника Оперативного управления, приходилось не раз за сутки бывать у нового начальника Оперативного управления В. М. Злобина, — вспоминал Василевский. — Я его хорошо знал по учебе в Академии Генерального штаба и по совместной поездке в Германию в 1940 году. Это был очень способный, подготовленный, опытный и трудолюбивый, судя по прежней и последующей работе, командир, отличный штабист и хороший товарищ, пользовавшийся авторитетом в коллективе наркомата. Но когда я докладывал ему сведения, получаемые с фронта, и проекты предложений по ним от себя и работников управления, меня каждый раз поражало его спокойствие, казавшееся равнодушием ко всему происходящему».[113]

На фронтах события развивались следующим образом. С 23 июня войска Северо-Западного, Западного и Юго-Западного фронта приступили к проведению контрударов в целях разгрома вклинившихся группировок врага и перенесения военных действий за пределы СССР. Но наспех организованные контрудары в районах Шяуляя, Даугавпилса, Гродно, Луцка и Бродов, при господстве в воздухе авиации противника, лишь незначительно задержали его наступление на некоторых участках. Положение усугубляла потеря управления войсками на ряде направлений Ставкой, командующими фронтами и армиями. В результате приграничные сражения закончились крупным поражением войск Северо-Западного (его армии оказались расчлененными) и Западного (главные силы были окружены западнее Минска и в основном уничтожены) фронтов. Большие потери понес и Юго-Западный фронт, войска которого были вынуждены отойти на рубеж старой государственной границы СССР. Только Северный и Южный фронты сохранили большую часть своих основных сил.

Быстротечность военных действий, резкие изменения обстановки на громадном по протяженности фронте требовали оперативного, решительного и строго централизованного руководства. С этой целью по постановлению ГКО от 10 июля Ставка Главного командования преобразуется в Ставку Верховного командования. В ее состав вошли: Сталин, Молотов, маршалы Тимошенко, Буденный, Ворошилов, Шапошников и генерал армии Жуков. Персональные функции членов Ставки юридически не были определены. Однако решающее слово принадлежало Сталину — Генеральному секретарю ЦК ВКП(б), Председателю ГКО и СНК СССР. Снова принимается половинчатое решение. Одновременно создаются Главные командования Северо-Западного (маршал Ворошилов), Западного (маршал Тимошенко) и Юго-Западного (маршал Буденный) направлений. 19 июля Сталин был назначен наркомом обороны.

22 июля вражеские самолеты осуществили первый налет на Москву. В подвале здания Генштаба было оборудовано бомбоубежище, но оно оказалось совершенно неприспособленным для работы сотрудников Генштаба. Поэтому было принято решение на ночь Генштабу перебираться в помещение станции метро «Белорусская», где на одной половине перрона были оборудованы командный пункт и узел связи. Другая половина перрона, отгороженная от первой только фанерной перегородкой, с наступлением сумерек заполнялась жителями Москвы, в основном женщинами и детьми. Работать в таких условиях было, конечно, не очень удобно, а самое главное — при ежедневных сборах и переездах терялось драгоценное время, нарушался рабочий ритм. Вскоре сотрудники Генштаба перебрались в здание на улице Кирова, а затем в их распоряжение была передана и станция метро «Кировская». Поезда здесь уже не останавливались. Перрон, на котором расположились сотрудники Генштаба, был отгорожен от путей высокой фанерной стеной. В одном его углу — узел связи, в другом — кабинет Сталина, рядом место для начальника Генштаба, а в середине — шеренги столиков для сотрудников Генштаба.

В условиях развернувшихся сражений, особенно в связи с неблагоприятно сложившейся обстановкой на фронтах и вынужденным переходом войск Красной Армии к стратегической обороне, объем и содержание работы Генштаба чрезвычайно возросли и усложнились. Необходимо было либо вводить новые структурные подразделения в Генеральном штабе, либо передавать эти функции другим органам. Поэтому пошли по второму пути.

28 июля Государственный Комитет Обороны принял постановление № 300, которое определяло организационную структуру и задачи Генштаба, место и роль его начальника в общей системе военного руководства.[114]Он наделялся правом подписывать вместе с председателем Ставки приказы и директивы Ставки или отдавать распоряжения по ее указанию. Как заместитель наркома обороны и член Ставки, начальник Генштаба объединял и координировал деятельность управлений наркоматов обороны и ВМФ, готовил заключение о соответствии решениям Ставки намечаемых ими оперативных и организационных мероприятий. В целях освобождения Генштаба от решения задач, не влиявших непосредственно на руководство военными действиями фронтов, из его состава были исключены пять управлений (организационное, мобилизационное, укомплектования войск, военных сообщений и автодорожное).[115]

Реорганизация Генштаба совпала с неожиданным для Василевского изменением его служебного положения. Оно напрямую было связано с отставкой генерала армии Жукова. 29 июля он, докладывая Сталину о сложившейся обстановке, предложил с целью спасения войск Юго-Западного фронта отвести их за Днепр и сдать Киев. Это предложение вызвало у Сталина ярость. Как можно додуматься сдать Киев! В свою очередь, Жуков тоже вспылил и попросил освободить его от обязанностей начальника Генштаба и послать на фронт. Эта просьба была оформлена постановлением № 325с. Жукова отправили командовать Резервным фронтом, а заместителя наркома обороны маршала Шапошникова поставили начальником Генштаба. Комментируя это решение, Василевский отмечал: «Во главе всего штабного аппарата встал тот, кто в те месяцы мог, пожалуй, лучше, чем кто-либо, обеспечить бесперебойное и организованное его функционирование».[116]