В августе 1939 года, как докладывал агентурный аппарат, организационно-мобилизационная работа в приграничных военных округах велась очень слабо. Отмечалась низкая боевая готовность ряда подразделений войск Белорусского военного округа, о чем неоднократно ставились в известность и правительство, и нарком обороны Ворошилов, а также начальники самостоятельных подразделений органов госбезопасности.

Это послужило причиной для увольнения командующего войсками Белорусского военного округа И. Ковалева и назначения на эту должность К. Тимошенко, возглавлявшего в то время Киевский военный округ. (Впоследствии он показал себя собранным, волевым организатором взаимодействия различных родов войск в ходе операции в Польше, в связи с чем был назначен командующим войсками в финской войне, а затем возглавил Наркомат обороны.) Видя явные промахи Ворошилова как наркома обороны и главнокомандующего, Сталин, вероятно, хотел расставить на ключевых должностях в Наркомате обороны людей, имеющих опыт руководства боевыми действиями в новых условиях.

Нельзя не сказать о крупных недостатках и организационной неразберихе в ходе польской кампании и при вводе войск в Прибалтику, о чем руководству страны было известно. Военная контрразведка регулярно направляла важные сообщения о неблагополучной обстановке в Военно-Воздушных Силах Красной Армии, что выражалось в слабой организации взаимодействия различных родов войск и ВВС, плохом состоянии ПВО, особенно в приграничных военных округах, которые развернуты были во фронты.

Сейчас известно, что приказ о подготовке к выдвижению войск на территорию Восточной Польши и Западной Белоруссии последовал сразу же после первых дней нападения Германии на Польшу, однако кроме командования пограничных войск никто из руководителей разведки и контрразведки НКВД об этом не был проинформирован. Мобилизация офицеров запаса по линии госбезопасности и дополнительный набор из среды военных и партактива на службу в органы НКВД рассматривались нами лишь как проведение обычных учебных сборов и расширение штатов в связи с обострением международной обстановки. Знаменательно, однако, что учебные сборы по линии запаса НКВД были использованы для последующего комплектования разведывательных и контрразведывательных оперативных групп в процессе продвижения наших войск на Запад.

Особого внимания заслуживает и то обстоятельство, что в условиях начавшейся войны из чекистского и общевоинского запаса, а иногда прямо из заключения на службу вернулись уволенные в результате чисток 1937–1938 годов опытные оперативные кадры. Это ныне широко известные А. Коротков, В. Фишер, Р. Абель, Е. Зарубина, Г. Хейфиц, К. Кукин, Ф. Парпаров и другие. Вместе с присоединившимися к ним из заключения и запаса Я. Серебрянским, И. Каминским, Н. Белкиным, М. Яриковым, П. Зубовым они также передали свой богатейший опыт молодым кадрам, включившимся в разведывательную работу после окончания Школы особого назначения. Таким образом, советская разведка выполнила свои задачи в годы войны, несмотря на тяжелейшие потери в период массовых репрессий.

В это время резко возросла роль территориальных органов безопасности в ориентировании правительства относительно событий, происходивших в Западной Белоруссии и Прибалтике. Органы НКВД Белоруссии и Украины, Транспортное управление докладывали о реальной обстановке на сопредельной территории, о продвижении немецких войск, о реакции в Польше в связи с поражением ее войск на основных фронтах. Наше выступление против поляков было неизбежным, поскольку мы должны были встретиться с немецкими войсками на рубежах, определенных соглашением, и преградить им путь к вторжению на западные территории Белоруссии и Украины. Нами учитывалось то обстоятельство, что «Карпатская Украина» разыгрывалась немцами и французами накануне войны как козырная карта против СССР. Поэтому нельзя было допустить, чтобы немецкие войска оккупировали территорию, где могла быть провозглашена независимая Западно-Украинская республика.

И наконец, еще одно обстоятельство. События в Польше показали исключительную важность взаимодействия территориальных органов безопасности и военного командования. В 1939 году впервые ориентировки Генштаба и Разведупра стали направляться в органы НКВД, в частности, развернутые сообщения о положении в Латвии, Литве с указанием характеристик войсковых частей, которые могут противодействовать движению Красной Армии и сотрудничать с немецкими военными властями.

Директива НКВД о задачах работы в «освобождаемых районах Западной Украины и Белоруссии» обязывала все операции органов НКВД ставить в зависимость от действий военного командования. Речь шла о взаимодействии разведывательных и контрразведывательных органов прежде всего с военным командованием Красной Армии. Наши же самостоятельные задачи были направлены на то, чтобы выявить и задержать участников, стоящих на оперативном учете, контрреволюционных белогвардейских формирований, таких, как Братство русской правды, Российский общевойсковой союз, поскольку эти организации продолжали оставаться базой для антисоветской работы и шпионажа на отошедших к Советскому Союзу территориях.

В канун 1940 года перед нами встал вопрос нового комплектования кадров органов госбезопасности. Было принято специальное постановление правительства, согласно которому на службу в органы привлекались лица из коренных национальных меньшинств, проживавших на освобожденных нами территориях Польши, Украины, Румынии. Разумеется, имелись в виду те, кто прошел тщательную проверку. Лучшей рекомендацией была работа в подполье, в комсомоле, взаимодействие с подпольными партийными организациями. Среди чекистов призыва 1940 года был и прошедший школу подпольной работы в Румынии, ставший потом партизаном и разведчиком-нелегалом, Герой Российской Федерации Ю. Колесников.

Директива также гласила, чтобы мы ни в коем случае без крайней необходимости, за исключением участников в беспорядках и уголовных преступлениях, не задерживали немецкое население, проживающее как в Западной Украине, так и в Польше. Ряд немецких офицеров, попавших в плен к полякам, были освобождены и переданы нами Германии.

Происходящие события на западных рубежах СССР кардинально изменили оперативную обстановку и условия нашей деятельности. Чем дальше вместе с войсками мы продвигались на Запад, тем ощутимее становилось непосредственное соприкосновение с вероятным противником. Нами уже были установлены посещения руководителями немецкой разведки — абвера — Прибалтики. Немцы исходили из того, что присутствие частей Красной Армии в Прибалтике, в Белоруссии и в Восточной Польше с 1939 года в полосе, которая им знакома, создавало очень большие возможности для изучения Красной Армии, ее организации, структуры, средств связи, уровня боеготовности войск. В этом они опирались на националистические и военизированные организации Прибалтики.

Неоднократный приезды туда шефов абвера Канариса и Пикенброка еще более активизировал широкую агентурную сеть. Тем не менее, в Прибалтийских странах мы располагали неплохими возможностями для выявления деятельности немецкой разведки, поскольку их основные разведывательные центры были нам известны. В сентябре 1939 года нашим службам удалось проникнуть в немецкую агентурную сеть на территорий Западной Украины.