К концу 90-х годов Группа «Кинэкс» стала основным экспортером сургутской нефти («По данным инвестиционной компании Hermitage Capital Management, фирма Тимченко не только экспортировала 60 % нефтепродуктов «Сургута», но и начала прибирать к рукам основной источник дохода нефтекомпании – экспорт самой нефти. В 2000 году доля «Нафта-Москвы» в экспорте «Сургута» сократилась почти в полтора раза, а доля «Кинэкса» более чем в полтора раза выросла – до 15 %. К концу 2001-го она достигла 18 %.

[…] По данным Hermitage Capital Management, ссылающейся на статистику ГТК, «Кинэксу» нефть доставалась по удивительно низким ценам. В 2002 году разница между среднемировой ценой на российскую нефть и ценой, уплаченной «Сургуту» посредником, составила более $5 за баррель, то есть более $35 за тонну. […] В результате такой работы с посредниками, по подсчетам Hermitage, «Сургут» за четыре года начиная с 1999-го потерял $1 млрд прибыли» (Мария Игнатова. Сургутский пасьянс. Глава «Сургутнефтегаза» Владимир Богданов отдал посредникам $1 млрд. Зато сохранил власть над компанией стоимостью $27 млрд.// «Русский Forbes», № 1, апрель 2004).

В 1998 году зарегистрировал в Швейцарии компанию Gunvor Services SA (Женева, Рю дю Рон, д. 63; гендиректор Торбьерн Торнквист).

В июне 1999 году ОАО «Кинэкс» была заменена в списке учредителей ООО «НПК» компанией ООО «Карелия плайвуд».

В феврале 1999 года ЗАО «Кинэкс» вместе с Ассоциацией взаимодействия территорий Северо-Запада, Страховой компанией «Альма» и шестью частными лицами учредило Международный фонд спортивного движения инвалидов и ветеранов «Эллада», руководителем которого стал Масарский Марк Вульфович (один из учредителей – частных лиц).

С 2001 года – владелец 25 % акций ЗАО «Кинэкс-инвест». В 2001 году принадлежавшие «Кинэкс-инвест» акции банка «Россия» были поделены между четырьмя его совладельцами».

В 2002 году на о. Тортола (Британские Виргинские острова) была зарегистрирована офшорная компания Gunvor International Ltd. Швейцарский Gunvor стал контролироваться через эту компанию, в число владельцев и менеджеров Тимченко не включил Малова и Каткова («…руководят ею Торбьерн Торнквист, три швейцарских адвоката и проживающий в Таллине Сергей Барашев. У Gunvor International три филиала и куча аффилированных фирм. […] В России нет ни одной крупной нефтяной компании, которая бы не работала через Gunvor или IPP» – «Русский Newsweek», 15 января 2007).

По утверждению Т. Торнкиста, у Gunvor’a было три совладельца: Тимченко, Торнквист и некий «частный бизнесмен, никак не связанный с политикой». Торнквисту и Тимченко «принадлежат равные доли, третий акционер получил миноритарную долю в 2005 году в обмен на финансовую поддержку» («Ведомости», 15 мая 2008). «Новая газета» убедительно предположила, что третьим совладельцем являлся Петр Колбин.

В марте 2003 года вместе с П. Колбиным основал и зарегистрировал в СПб фирму «Сургутэкс» (гендиректор – Владимир Исаев, замгендиректора – Андрей Спиридонов). В июне 2003 зарегистрировал ООО «Трансойл СНГ» (первоначальные учредители – два юрид. лица, в т. ч. люксембургская фирмой Maples, три физических лица – В. Исаев, А. Спиридонов и Юрий Никитин; гендиректор Игорь Рождественский, затем Сергей Федосеенков). В августе 2003 года при участии Игоря Левитина (ЗАО «Северстальтранс») создал транспортную компанию ООО «Трансойл» (генеральный директор – Игорь Ромашов; с 2006 – Андрей Гомон). Кроме сургутской нефти, «Трансойл» перевозит нефть «Роснефти» и «Газпромнефти».

В феврале 2004 в ряде российских СМИ было опубликовано последнее перед временным исчезновением интервью Иваном Рыбкиным, в котором он назвал Путина главным олигархом России, упомянув в связи с этим имя г. Тимченко («…кто же тузеет еще? А тузеет бизнес ближайших друзей Владимира Владимировича Путина – старинных друзей еще по детству, по школе, по университету. Два брата Ковальчука, Михаил и Юрий, и Геннадий Тимченко. […] Под контролем Геннадия Тимченко нефтеперегонный завод в городе Кириши рядом с Питером – это же громадный кусок. «Сургутнефтегаз» контролируют питерский банк «Россия», через который идут большие потоки Минатома и МПС. […] Они контролируют два пароходства – Новороссийское и Совкомфлот, это 50 коммерческого флота России» – Васильев Юрий. Неведомые миру факты. [Интервью с Иваном Рыбкиным]// МН, № 4, 6–12 февраля 2004. С. 6).

Г. Тимченко «некоторые участники рынка считают конечным владельцем примерно 25 % акций» НК «Сургутнефтегаз», однако газета «Ведомости», изучавшая в нач. 2007 года структуру владения и управления собственности активами «Сургутнефтегаза» (по данным на 2005 год, поскольку отчет за 2006 год не был еще опубликован), не нашла «следов нефтетрейдера Геннадия Тимченко» («Ведомости», 24 января 2007).

В 2004 году был опубликован ооновский отчет Пола Волкера о злоупотреблениях в рамках программы «Нефть в обмен на продовольствие». Согласно этому отчету, некоторые участники программы превышали выделенные им квоты, перепродавали нефть, а с прибыли недоплачивали налоги. В числе нарушителей упомянуты компании Gunvor International и Gunvor Energy, которые скупили около 3 млн т иракской нефти на сумму $500 млн у «Зарубежнефти» (генеральный директор – Николай Токарев) («Новая газета», 14–20 ноября 2005). Прибыль с перепродажи барреля иракской нефти доходила до $5, то есть 3 млн т нефти могли принести порядка $125 млн – этими доходами нефтетрейдеры, как утверждается в отчете комиссии Волкера, потом делились с «Зарубежнефтью» («Новая газета», 14–20 ноября 2005; «Русский Newsweek», 15 января 2007).

Основной владелец фирмы «Сургутэкс», унаследовавшей (после смерти А. Смирнова и передела бизнеса между его партнерами) значительную часть трейдерского бизнеса группы «Кинэкс».

После смерти А. Смирнова в январе 2005 года г. Тимченко и двое его оставшихся партнеров поделили бизнес: группа «Кинэкс», включая часть «Линк Ойла», досталась Каткову, Малову и В. Прокофьеву.

Входит в число бенефициаров банка «Россия» (основной акционер – Юрий Ковальчук), до 2004 года – через «Кинэкс-инвест» (вместе с А. Смирновым, А. Катковым, Е. Маловым), с 2005 – через ООО «Трансойл СНГ».

Директор и бенефициар люксембургской фирмы «Маплес» (Maples SA), которой принадлежит 72,78 % акций компании «Трансойл СНГ», которой, в свою очередь, принадлежит 9,577 % банка «Россия».

В 2004 году «Трансойл СНГ» вошел в список акционеров банка «Россия», где он сменил группу совладельцев «Кинэкс-инвеста» (А. Катков, Е. Малов и тот же Тимченко).

По одной из версий, Тимченко и его компаньоны, наряду с Игорем Сечиным и Сергеем Богданчиковым, стояли за спиной фирм, которые фигурируют в непроясненной истории продажи с аукциона «Юганскнефтегаза», отобранного в конце 2004 года за налоговые долги у ЮКОСа (ООО «Байкалфинансгрупп», ООО «Мега Альянс» и ЗАО «Форпост-XXI»). Начальник управления организационных структур ОАО «Сургутнефтегаз» Игорь Минибаев, на аукционе купивший «Юганскнефтегаз» по поручению ООО «Байкалфинансгрупп», ранее был со стороны «Сургутнефтегаза» деловым партнером А. Каткова и г. Тимченко. Когда президент В. Путин на пресс-конференции в Германии 22 декабря 2004 сказал, что владельцы «БАЛТИКфинансгрупп» (президент оговорился – на самом деле «Байкалфинансгрупп») – «исключительно физические лица, но это лица, которые многие годы занимаются бизнесом в сфере энергетики», он явно имел в виду не формальных соучредителей «Байкал-финансгрупп», зарегистрировавших свою фирму по адресу тверской рюмочной, а, видимо, группу Тимченко.