В июле 1992 года А. Смирнов, г. Тимченко, А. Катков, Е. Малов, а также Давид Лебедев, Андрей Ермолаев (директор Киришского представительства СП «Юралс») и Сергей Бейнешев учредили АОЗТ «Логос» (руководитель – Лебедев Давид Маратович).

В ноябре 1992 года было зарегистрировано АОЗТ «КиН-Экс-проект-сервис», официально учрежденное «Киришинефтехимэкспортом» (первоначально – 100 % уставного фонда), позже совладельцами-акционерами стали ОАО «Кинэкс» (бывший «Киришинефтехимэкспорт») и группа частных лиц (А. Смирнов, А. Катков, Е. Малов, Л. Яхнес, Александр Сморчков; гендиректор – Яхнес Леонид Семенович).

В июле 1992 ГХФ «Киришинефтехимэкспорт» и СП «Мор-сервис» учредили фирму АОЗТ «Кириши-шиппинг» (гендиректор – Никитин Юрий Владимирович), которая в марте 1994 года перерегистрировалась под названием «КС-шиппинг» (с тем же гендиректором; регистрирующий орган – путинский КВС); в феврале 1995 года владельцем 70 % акций фирмы «КС-шиппинг» стал «Юралс-Финланд».

В январе 1993 года ГХФ «Киришинефтехимэкспорт» учредила фирму АОЗТ «Кинэкс-геология» (гендиректор – Сергеев Андрей Борисович).

В феврале 1993 года была зарегистрирована, а в декабре 1994 перерегистрирована Страховая компания (СК) «Альма» (гендиректор – Янов Вадим Эдуардович; с 2006 по 2011 год – председатель правления принадлежащей банку «Россия» компании «Согаз»). Учредителями СК «Альма» выступили «Юралс-Финланд» (18 %), гендиректор «Юралс-Финланд» Д. Тарасов в качестве физического лица, киришский чековый фонд «Инфрастуктура» (руководитель фонда – Валерий Палладий), киришская фирма ОАО «ОКБ ТБМ», «Морской торгово-промышленный банк», ТОО ФПП (А. Ермолаев, В. Янов, Д. Лебедев, Эдуард Дурач), а также Ермолаев и Лебедев как физические лица.

В январе 1994 года было учреждено АООТ «Инвестиционно-финансовая компания «Альма-инвест». Среди десяти соучредителей – СК «Альма», АО «Логос» (А. Смирнов, г. Тимченко, А. Катков, Е. Милов и др.), фонд «Инфраструктура» (В. Палладий), московское СП «Юралс» (А. Панников, В. Головушкин и др.); гендиректор – В. Янов.

В 1993–1995 годах, оставаясь заместителем А. Смирнова в «Киришинефтехимэкспорте»/«Кинэксе», был также членом совета директоров и заместителем ген. директора фирмы «Юралс-Финланд» (гендиректор – Д. Тарасов).

С июня 1994 года – один из трех заместителей гендиректора (вместе с Андреем Катковым и Евгением Маловым; гендиректор – А. Смирнов) зарегистрированного в Санкт-Петербурге АООТ (с июля 1997 – ОАО) «КИНЭКС» (бывший «Киришинефтехимэкспорт», в 1996 году ставший собственностью его четырех топ-менеджеров; в феврале 1999 года ОАО «Кинэкс» переименовано в ОАО «Севзапнефтегаз»). После приватизации «Кинэкс» остался монопольным экспортером продукции завода «Киришинефтеоргсинтез».

С 1995 года – совладелец (вместе с А. Смирновым, А. Катковым, Е. Маловым и Д. Тарасовым) группы компании International Petroleum Products (IPP OY; бывшая «Юралс-Финланд», отделившаяся от СП «Юралс»).

С 1994 по 2001 год был Управляющим директором компаний «IPP OY Finland» и «IPP AB Sweden»; с февраля 1997 года – генеральный директор «IPP OY Finland».

С ноября 1996 – совладелец-бенефициар ЗАО «Кинэкс-инвест», учрежденного компанией ОАО «Кинэкс» и ставшего ядром Группы «Кинэкс» (другие совладельцы – А. Смирнов, А. Катков, Е. Малов; гендиректор ЗАО «Кинэкс-инвест» – Ерофеев Юрий Анатольевич), а также швейцарской фирмы Kinex-Invest Holding GmbH. В 1997–2001 годах «КИНЭКС-Инвесту» принадлежало 19,879 % ОАО «АБ «Россия» (в 1997–2004 годах А. Катков занимал пост председателя правления банка).

В 1997 году вместе с Юрием Пыриковым учредил ЗАО «Югтраст», работавшее с ценными бумагами.

С 24 октября 1997 – совладелец-бенефициар фирмы ООО «Сканс» (руководитель – Сорокин Сергей Викторович), учрежденной компанией ОАО «Кинэкс»; с 27 октября 1997 – компании ООО «Линк Ойл» (железнодорожный оператор «Кинэкса»; руководитель – Прокофьев Владимир Николаевич), учрежденной компанией ОАО «Кинэкс» совместно с эстонской фирмой АО «Пактерминал».

С ноября 1997 – бенефициар ООО «Фиш-маркет» (руководитель – Соловьев Геннадий Георгиевич; в феврале 1998 ОАО «Кинэкс» передало учредительские права Корпусову Николаю Николаевичу).

Был владельцем ресторана «Сегун» в Санкт-Петербурге (ул. Восстания, д. 26).

В 1997 году зарегистрировал на Британских Виргинских островах компанию Gunvor Energy, бенефициарами которой были вместе с ним Катков, Малов, Юрий Никитин, эстонец Ааду Луукас и Торнбьорн Торнквист (Русский Форбс, 23 декабря 2010).

Гунвор – древнескандинавское имя, означающее «осторожная в войне». Возможно, компания была названа в честь Гунвор Ховик – сотрудницы МИДа Норвегии, работавшей на КГБ с конца 40-х годов и до января 1977 года, когда она была арестована. По другой версии, «компания получила название в честь матери Торнквиста, ее вроде бы тоже звали Гунвор» (Ирина Мокроусова. Друзья Путина. Новая бизнес-элита России. М., 2011).

В 1998 году входил в совет директоров АКБ «Токобанк» (председатель совета директоров – Борис Гузанов, председатель правления – Павел Нефидов).

11 февраля 1998 учредил и зарегистрировал фирму ООО «Успех» (в тот же день А. Смирнов зарегистрировал ООО «Союз», А. Катков – ООО «Новые технологии», Е. Малов – ООО «Февраль»), которые в мае 1998 года совместно учредили ЗАО «КИНЭКС Санкт-Петербург» (по 25 % у каждой фирмы-учредителя).

3 июня 1998 ОАО «Кинэкс» учредило фирму ООО «Северо-Западная строительная компания» (ООО «СевЗапСтрой»; гендиректор – Геннадий Соловьев).

23 июня 1998 г. Тимченко вместе с А. Катковым зарегистрировал Фонд «Спортивный клуб дзюдо «Явара-Нева», который возглавил бывший спарринг-партнер В. Путина на тренировках по дзюдо Аркадий Ротенберг. Почетным президентом клуба является Владимир Путин.

В июле 1998 года четыре ООО – «Успех», «Союз», «Новые технологии» и «Февраль» – учредили ООО «Бриз» (гендиректор – Геннадий Соловьев), которое в свою очередь учредило в июле 1998 фирму ООО «Карелия плайвуд» (гендиректор Курчик Б. А.).

В августе 1998 года ОАО «Кинэкс» вошло в число учредителей ООО НПК (руководитель – Рочев Владимир Маратович) вместе с Валерием Ледовских (сыном главы администрации Гатчинского района СПб Анатолия Ледовских; с 2004 года А. Ледовских – директор Федерального агентства по недропользованию в составе Министерства природных ресурсов).

В октябре 1998 ОАО «Бриз» сменило ОАО «Кинэкс» в качестве учредителя ЗАО «Кинэкс-инвест», в ноябре 1998 – в качестве учредителя «СевЗаСтроя» и в списке учредителей «Кинэкс-проект-сервиса», в декабре 1998 – в учредителях ООО» Линк Ойл»; в апреле 1999 года ООО «Бриз» учредило компанию «Линк Ойл СПб».

В 1998 году владельцы группы «Кинэкс» создали компанию Premium Nafta Products ltd (PNP) с офисом в Санкт-Петербурге, но зарегистрированную на Британских Виргинских островах; бенефициарами компании стали Ю. Никитин (через вошедшую в PNT его фирму Kirishi Shipping), Малов, Катков, Тимченко и Смирнов (долю которого после смерти в 2004 году унаследовал Тимченко). К концу 1990-х PNT переваливала в месяц около 1 млн т груза, фрахтовала около 200 судов за год (Русский Форбс, 23 декабря 2010).