В первое десятилетие правления Елизаветы католики в Англии в своих заявлениях на политические темы подчёркивали, что они не собираются сопротивляться существовавшим властям, демонстрировали лояльность по отношению к королеве, несмотря на свою религиозную оппозицию протестантской церкви Англии, хотя католические священники рекомендовали воздерживаться от причастия в англиканской церкви. Дж. Нил придерживался мнения, что на этих политических позициях большинство английских католиков так и оставались в течение всего правления Елизаветы, но к настоящему времени представления историков об этом углубились. По словам П. Холмса, «Елизавета не собиралась заглядывать в душу каждого своего подданного, как в окно, к тому же в XVI в. у большинства людей в этих «окнах» было не на что смотреть». Он предполагает, что католики, жившие в стране, и выехавшие в эмиграцию не были полностью искренними в своих публичных заявлениях на политические темы. В явном виде в произведениях эмигрантов намерения выступить против власти Елизаветы в 1560-е гг. не проявлялись, но в их книгах эпизодически встречаются намеки на желание предпринять против Елизаветы действия политического характера с убеждением, что такое сопротивление правомерно.

После появления книги Джона Фокса о протестантских мучениках со стороны католиков в 1560-е гг. начались нападки на неё. Уильям Аллен пытался представить протестантских мучеников времени правления Марии Тюдор как самоубийц, стремившихся к бессмысленному самоуничтожению. Томаса Кранмера он пытался преподнести как предателя, участвовавшего в заговоре с целью возведения на престол Джейн Грей. Самая большая по объему критика труда Фокса со стороны английских католиков была проделана Робертом Парсонсом в конце правления Елизаветы в трехтомном труде Парсонса «Трактат о трех обращениях Англии от язычества к христианской религии», который был опубликован в 1603 г. По словам Парсонса, «мученики Фокса» были «сбродом, состоявшим из ремесленников, вдов и сумасшедших».

Впервые проявившееся открытое теоретическое оправдание сопротивления Елизавете исследователи находят в изданном в 1571 г. трактате английского католика-эмигранта Николаса Сандера “De visibili monarchia”. В этом трактате Сандер описывал страдания католиков при Елизавете, плохое обращение с Марией Стюарт, героизм и мученичество участников Северного восстания 1569 г. и поддерживал буллу об отлучении Елизаветы.

После 1573 г. прекращение выступлений католиков против политической власти Елизаветы обусловливались тем, что шла подготовка к отправке священников-миссионеров в Англию. Если бы экстремистские выпады в печати против Елизаветы продолжались, власти бы особенно активно преследовали выпускников семинарий. При отправке их снабжали только духовной литературой. Католическим священникам, отправлявшимся в Англию, их руководители говорили, что в данных обстоятельствах они должны подчиняться Елизавете, что фактически подразумевало, что обстоятельства могли измениться.

Т. Клэнси разделил всех католических писателей-эмигрантов на три группы: 1) так называемую лувенскую группу (Томас Хардинг, Николас Сандер, Томас Стэплтон и др.), членов которой он определил как теологов по преимуществу, стремившихся к возвращению к эпохе, предшествовавшей Реформации; 2) католиков, лояльных по отношению к английской протестантской власти; 3) группу Аллена-Парсонса и их сторонников — они представляли в Англии идеи Контрреформации и, как считает Т. Клэнси, их взгляды серьезно повлияли на развитие английской политической мысли, хотя их идеи и выступали в одеяниях прошлого.

Английские католики-эмигранты признавали, что по меркам XVI в. английские власти относились к католикам исключительно мягко, но всё же вели пропагандистскую кампанию в Европе с целью вызвать сочувствие к преследованиям католиков в Англии. Первую мартирологическую работу об английских католиках под названием “De persecutione Anglicana” написал Роберт Парсонс в 1581 г., и она была переведена на английский, французский и итальянский языки. Подобные работы после этого продолжали публиковаться. В Европе эти книги были призваны служить предупреждением католикам, чтобы они не соглашались на правление монархов-еретиков, и были рассчитаны также на то, что английским католикам удастся под впечатлением об их преследованиях на родине собрать деньги и приобрести политическую поддержку для открытия семинарий за рубежом.

К 1584 г. английские католики стали отходить от позиции непротивления но отношению к елизаветинскому режиму. Такой подход сохранялся у них примерно в течение десяти лет, пока они надеялись на католическую интервенцию в Англию, а далее они опять перешли на позиции лоялизма, пассивного подчинения английским властям.

В 1584–1596 гг. католики использовали для сопротивления протестантскому режиму политические по характеру аргументы, осмыслив в свою пользу идею о том, что короли правят, опираясь на согласие народа. Королевская власть, соответственно, не происходит напрямую от Бога. Короли при вступлении на престол дают коронационную клятву, что католики рассматривали как подтверждение того, что власть монарху вручил народ. Протестанты же в Англии, в отличие от католиков, отмечает П. Холмс, стали в большей степени склонны поддерживать теорию о божественном праве монархов на власть.

П. Холмс и А. Притчард не согласны с мнением, что в 1584–1596 гг. были патриотично настроенные католики, выступавшие против сопротивления королеве, и утверждают, что английские католики в это время признавали возможность политической борьбы с протестантским режимом в Англии.

Руководители английских католиков считали, что, если католическая вера и общее благо католиков не подвергались в каком-то случае опасности, человек мог нарушать каноническое право, чтобы спасти свою жизнь. Рекузантство для католиков в Англии они рассматривали как предпочтительное, но признавали также, что могут быть обоснованные причины к тому, чтобы порой отходить от рекузантства, хотя также высказывали мысль, что в важных показательных случаях обстоятельства иногда складывались так, что надо было отдавать жизнь за католическую веру.

Цель католиков до начала XVII в. состояла в том, чтобы создать условия для повторного обращения Англии в католицизм, но достичь этого, как считали католики, можно было в первую очередь политическими средствами с поддержкой извне: завоеванием, организацией восстания, или же обеспечением католического престолонаследия, обращением правящей династии в католицизм. Для этого необходимо было существование в стране жизнеспособного и соблюдающего католическую обрядность сообщества, которое стало бы ядром будущего католического режима в стране. Поэтому нужно было сохранить католическое сообщество и увеличивать его численность, в том числе не отпугивать от него тех католиков, которые под влиянием жизненных обстоятельств были вынуждены прибегать к различным конформистским поступкам, ходить на службы в церковь Англии.

В британской историографии появилась специальная работа о «церковных папистах» как явлении. Средствами сопротивления протестантизму католики считали также развод, отъезд в эмиграцию. В то же время чрезмерную эмиграцию католиков на континент лидеры английских католиков не поддерживали. Католические священники запрещали английским католикам занимать должности на государственной службе в Англии, так как это заставило бы католиков принимать участие в преследованиях своих единоверцев.