С самого начала работы Государственной думы царь с неприязнью встречал все ее инициативы, не желая ни в чем идти на компромиссы с избранниками народа и с охотой при случае распускал Думу. Вообще же существование парламента, при всей ограниченности его прав, казалось императору оскорбительным. Как писал известный русский юрист А. Ф. Кони, уже сама церемония открытия Думы в Зимнем дворце 26 апреля 1906 года воспринималась Романовыми как похороны самодержавия. Мария Федоровна вспоминала, как после открытия Думы император плакал, а потом «ударил кулаком по локотнику кресла и крикнул: “Я ее создал, и я ее уничтожу… Так будет…”»

В 1906—1911 годах политику определял волевой и решительный премьер-министр Петр Аркадьевич Столыпин (1862—1911). Ему пришлось бороться с революционерами, крестьянскими бунтами, проводить реформы. Центральной реформой премьер-министр считал аграрную. После отмены крепостного права крестьяне, получившие личную свободу, не стали (в силу особенностей реформы) полноправными владельцами земли. Выкуп земель растянулся на полстолетия, и поэтому земельный вопрос оставался на протяжении десятилетий самым острым.

Инициатива многих работоспособных крестьян тормозилась общими условиями патриархальной жизни в деревне, малоземельем, а главное – властью общины над землей. Земля была общей, и община на своих сходках регулярно устраивала передел земель – перераспределение участков в зависимости от благосостояния семьи, количества едоков, качества почвы.

Целью реформы Столыпина было создание в течение 20 лет слоя состоятельных крестьян-собственников. В 1907 году он говорил в Государственной думе:

Цель у правительства вполне определенна: правительство желает поднять крестьянское землевладение, оно желает видеть крестьянина богатым, достаточным, так как где достаток, там, конечно, и просвещение, там и настоящая свобода. Но для этого необходимо дать возможность способному, трудолюбивому крестьянину, то есть соли земли русской, освободиться от тех тисков, от тех теперешних условий, в которых он в настоящее время находится. Надо дать ему возможность укрепить за собой плоды трудов своих и предоставить их в неотъемлемую собственность…

В речи 1908 года по поводу законопроекта об устройстве крестьян он говорил:

Смысл закона, идея его для всех ясна. В тех местностях России, где личность крестьянина получила уже определенное развитие, где община как принудительный союз ставит преграду для его самостоятельности, там необходимо дать крестьянину свободу приложения своего труда к земле, там необходимо дать ему свободу трудиться, богатеть, распоряжаться своей собственностью: надо дать ему власть над землей, надо избавить его от кабалы отживающего общинного строя.

Закон вместе с тем не ломает общины в тех местах, где хлебопашество имеет второстепенное значение, где существуют условия, которые делают общину лучшим способом использования земли.

Лишь благодаря П. А. Столыпину началось коренное переустройство аграрного строя, суть которого заключалась в ликвидации общины, выселении крестьян на отдельные участки – хутора. По инициативе Столыпина были изданы законы о роспуске сельских общин и о праве крестьян на собственные фермерские хозяйства. В помощь им был преобразован Крестьянский банк, разработаны другие программы. Целью реформы Столыпина было создание в течение 20 лет слоя состоятельных крестьян-собственников.

Сложно складывались отношения волевого Столыпина с Думой, где единого мнения об аграрной политике премьер-министра не было. Третьего июня 1907 года Столыпин добился роспуска казавшейся ему радикальной Второй думы, что было воспринято в обществе как государственный переворот. Он же добился выборов по новой, менее демократичной избирательной системе консервативной Третьей думы, которая была покорна власти.

Столыпинская аграрная реформа решала многие крестьянские проблемы. Одна из них – малоземелье – стояла особенно остро. Поэтому Столыпин выступал за поощрение переселений крестьян из Центра в Сибирь и на другие неосвоенные земли. Туда и устремились миллионы переселенцев. Делалось это подчас непродуманно, поспешно. Крестьянские семьи неделями ехали в неудобных, более похожих на арестантские вагонах, получивших название «столыпинских», терпели лишения. Сотни тысяч переселенцев, не прижившись за Уралом, возвращались домой окончательно разоренными. Но в Сибири все-таки осели и освоились около 2,5 млн человек. В тяжелой борьбе с природой они начинали жизнь на новом месте и быстро добивались успехов. Здесь развивалась невиданная ранее крестьянская промысловая кооперация, расцветало предпринимательство.