С 1906 года Иванов командовал 1-м армейским корпусом, который дислоцировался в Петербурге и его окрестностях. В этом качестве его и застало восстание матросов Кронштадтской крепости, начавшееся вечером 19 июля этого года. В его подавлении части корпуса генерала Иванова сыграли главную роль. По его указанию уже к утру 20 июля было арестовано свыше трех тысяч восставших. По приговорам военно-полевых судов 36 человек было расстреляно, 130 сослано на каторжные работы, а более 1200 осуждено на различные сроки тюремного заключения. Жандармские заслуги Николая Иудовича были высоко отмечены правительством. Он был награжден орденами Святого Георгия 3-й степени и Святого Владимира 2-й степени, а также свитским званием генерал-адъютанта. Кроме того, он назначается генерал-губернатором, главным начальником Кронштадта и членом Совета Государственной обороны. А в 1908 году Иванову был пожалован чин генерала от артиллерии.

Вскоре после этого встал вопрос о назначении Н. И. Иванова командующим войсками Киевского военного округа. Но для этого требовалось предварительно сдать экзамен по управлению объединением на больших маневрах, проводившихся ежегодно в Красном Селе. В распоряжение Николая Иудовича были выделены две гвардейские дивизии и одна стрелковая бригада. По количеству сил и средств это объединение не намного отличалось от корпуса, которым командовал Иванов в русско-японскую войну. Но то, что на этот раз приходилось действовать на глазах императора и военного министра, приводило генерала в смятение. Он никак не мог принять решение в довольно-таки простой тактической обстановке. А. А. Игнатьев, работавший в то время в штабе Иванова, вспоминал, что на предложение одной дивизией наступать с фронта, а остальными силами совершить глубокий обход противника с фланга Николай Иудович не согласился.

– Опасно, а вдруг противник обрушится превосходящими силами с фронта? Что мы тогда будем делать? Ведь посредники сразу же начнут подсчитывать батальоны. Но главное, государь император уж непременно будет наблюдать за боем не со стороны обходной колонны, а с фронта. Получится конфуз. Поэтому в обход пошлем одну дивизию, а стрелковую бригаду я на всякий случай оставлю при себе, – решил он.

Спорили в тот раз долго. Пили чай, писали приказ, который много раз затем переписывался. По всему было видно, что страх перед начальством туманил голову опытного старика больше, чем страх перед принятием неверного решения. С годами эта черта в характере Иванова стала доминирующей.

Красносельские маневры завершились благополучно. В декабре 1908 года Н. И. Иванов был назначен командующим войсками Киевского военного округа. В структуре Вооруженных сил России этот округ считался одним из основных. Боевая подготовка его войск, в основе которой лежали методы генерала М. И. Драгомирова, продолжительное время командовавшего округом, высоко оценивалась не только отечественными, но и зарубежными военными специалистами. Однако новый командующий сразу же заметил, что в последние годы она осуществлялась без учета опыта русско-японской войны, требовавшего внесения серьезных поправок в тактику всех родов войск. Он потребовал учить войска быстрому маневру на поле боя, переходу от наступления к обороне и наоборот, совершению длительных маршей, ведению боевых действий не только днем, но и ночью. В основу одиночной подготовки бойца была положена тактика рассыпного строя в условиях применения противником огня пулеметов и скорострельной артиллерии. Кавалерия обучалась действовать как в конном строю, так и в пешем порядке, причем последнему отдавалось предпочтение.

Он даже проявлял принципиальность, несмотря ни на какие авторитеты. Так, в 1911 году, во время посещения Киева императором, военный министр решил показать Николаю II военные маневры. Иванов выбрал для их проведения район в 50 км от города на местности, наиболее удобной для действий больших масс войск. Узнав, что это «так далеко», военный министр В. А. Сухомлинов предложил провести маневры в 6–7 км от города, значительно уплотнив боевые порядки войск.

– Пока я командую войсками округа, я не допущу спектаклей вместо маневров, – сказал Николай Иудович. Военный министр остался крайне недовольным строптивостью командующего округом и в последующем постарался создать соответствующее о нем мнение в правящем Петербурге. Однако лично царю маневры понравились, и генерал Иванов заслужил высочайшую благодарность.

Важнейшим направлением деятельности Иванова на посту командующего войсками Киевского военного округа было стремление окружить себя грамотными и опытными подчиненными, способными самостоятельно решать ответственные задачи. Этим он как бы снимал с себя часть обязанностей по руководству войсками, перекладывая их на плечи непосредственных исполнителей и оставляя за собой право контроля. Такая политика была очень выгодна для человека, не отличавшегося решительностью и боявшегося личной ответственности. Однако она имела и свои положительные стороны. Благодаря ей в период с 1912 по 1914 год в штабы и войска округа пришло много опытных офицеров и генералов.

Об Иванове в период командования им Киевским военным округом остались воспоминания одного из его подчиненных – генерала К. И. Адриади. Он пишет: «Николай Иудович не только никогда не скрывал своего происхождения, но до известной степени даже его подчеркивал, часто повторяя, что он «из мужиков». Это происхождение наложило свою печать на его манеру держать себя с подчиненными. С ними он всегда был прост, доступен и не считал свои мнения безошибочными и безапелляционными. Возражения даже младших чинов он всегда выслушивал и, найдя их основательными, соглашался с ними.

Командующий Юго-Западным фронтом генерал от артиллерии Н. И. Иванов.

Присутствуя на занятиях войск, он разбирал их детально, может быть, даже с излишней подробностью, но замечаний в резкой форме не делал, а скорее в виде отеческих внушений. Все взятое вместе вело к тому, что в войсках он пользовался уважением и любовью, страха же перед ним не чувствовали.

Условия прохождения им службы в артиллерии, главным образом в крепостной, не дали ему возможности познакомиться с некоторыми отраслями военного дела, например со службой Генерального штаба. В этом он прямо сознавался и старался восполнить этот пробел. С этой целью он присутствовал на ежегодных полевых поездках офицеров Генерального штаба, но, как он сам подчеркивал, не в качестве командующего войсками. А для того, чтобы учиться…»

К надвигавшейся войне войска округа готовились заранее, по мере нагнетания военно-политической обстановки на Балканах и в Западной Европе. Важнейшим мероприятием в этом плане стала военная игра, проведенная в Киеве 20–24 апреля 1914 года. В основу ее замысла были положены действия России в случае войны с Австро-Венгрией и Германией. Общее руководство военной игрой осуществлял военный министр А. В. Сухомлинов. Его ближайшими помощниками были начальник Генерального штаба генерал-лейтенант Н. Н. Янушкевич и генерал-квартирмейстер Генерального штаба генерал-лейтенант Ю. Н. Данилов.