После окончания «Большого террора» с 1939 г. накал репрессий в отношении священнослужителей и верующих снизился[327]. Антирелигиозную деятельность было предписано проводить более мягкими способами. Планировавшаяся третья «безбожная пятилетка» не была санкционирована руководством страны, и потому ее провозглашение не состоялось[328]. Вместо агрессивных акций предписывалось «терпеливо разъяснять вред религиозных предрассудков», применять «индивидуальный подход к верующим», не противопоставлять безбожников верующим, а оказывать им помощь «в деле их полного освобождения от реакционного влияния религии». Лозунг «Закрыть все церкви» был признан вредным[329]. Вновь усилилась антирелигиозная пропаганда. Периодичность журнала «Антирелигиозник» возросла до 12 номеров в год[330]. В 1938 г. было возобновлено издание газеты «Безбожник», количество номеров которой выросло с 30 номеров в 1938 г. до 44 номеров в 1940 г. В 1941 г. эта газета стала еженедельной[331]. Стали выходить газета «Безвiрник» на украинском языке[332], журнал «Мебрдзоли атеисти»[333] и одноименная газета на грузинском языке[334]. В 1937 г. был выпущен номер журнала «Безбожник» на бурятском языке, в 1938 г. — три номера узбекской газеты «Узбекистан худосизлари». В 1938–1941 гг. Центральные курсы политпросветработников издали 8 выпусков брошюры «Методическое письмо заочнику-антирелигиознику»[335]. В то же время с 1935 г. не издавался единственный печатный орган Русской православной церкви — «Журнал Московской патриархии»[336].

Другой причиной, заставившей советское руководство проводить более осмотрительную политику в отношении религии, стало присоединение к СССР в 1939–1940 гг. Западной Украины, Западной Белоруссии, Прибалтики, Бессарабии и Северной Буковины, 23 млн человек населения которых не испытало воздействия атеистической пропаганды. Утверждения советской пропаганды, что на Западной Украине и в Западной Белоруссии «вражда к попам и ксендзам была в народе очень сильна», а после вхождения этих территорий в состав СССР «многие трудящиеся открыто порывают с церковью и религией»[337], не соответствовали действительности. Руководство Советского Союза, располагая действительными данными о религиозности населения новых территорий, обратило внимание на Русскую православную церковь как на потенциального союзника в советизации этих земель[338]. Важность использования потенциала РПЦ была высокой, ввиду распространенных на вновь вошедших в состав СССР территориях слухах о грядущих гонениях на религию[339]. Власти рассчитывали, что РПЦ сможет передать священнослужителям присоединенных регионов опыт религиозной деятельности в условиях советского общественного строя. Хотя иерархи церкви, окормлявшие паству на новых территориях, — митрополит Николай (Ярушевич) и архиепископ Сергий (Воскресенский) — иногда рассматривались местным населением как «агенты ЧК»[340], что мешало укреплению их авторитета, власть пыталась опираться на РПЦ, в связи с чем не осуществляла на вновь присоединенных территориях антирелигиозные гонения[341].

Цель опоры на РПЦ на вновь присоединенных к СССР территориях заключалась также в «нейтрализации» потенциальной антисоветской активности других конфессий. Особую проблему для властей представляла связанная с Ватиканом Украинская греко-католическая церковь (УГКЦ), приверженцами которой были около 50 процентов населения Западной Украины[342]. Поэтому советская пропаганда содержала антиуниатские посылы[343], в том числе стремясь подорвать авторитет главы УГКЦ митрополита А. Шептицкого, который в советской пропаганде был назван «представителем польской аристократии», «уполномоченным по окатоличиванию украинских народных масс». Было объявлено, что украинцам «совершенно чужда» и Римско-католическая церковь[344]. Руководство СССР выражало недовольство тем, что в Литве католическое духовенство «ведет явно антисоветскую работу среди населения»[345]. В этой республике издавался антирелигиозный журнал «Свободная мысль» на литовском языке, а в Эстонии — журнал «Атеист» на эстонском языке. Однако в предвоенный период пошатнуть положение униатства и католицизма, равно как и протестантизма, на новых территориях СССР не удалось — прежде всего из-за высокой религиозности населения.

К началу Великой Отечественной войны отношение советской власти к религии оставалось резко отрицательным. С одной стороны, в государственной идеологии сохранялась ранее введенная положительная трактовка «прогрессивности» Крещения Руси (по той причине, что оно «поставило русскую киевскую державу на одну доску с самыми передовыми странами Запада»[346]), в июне 1940 г. в СССР была отменена шестидневка и восстановлен традиционный для христианского календаря воскресный отдых. Тем не менее советская пропаганда продолжала утверждать об «антипатриотичности» религиозных институтов, муссировала «примеры измены и предательства со стороны служителей церкви», предупреждала, что религия «разжигает национальную рознь, пытается натравить трудящихся разных национальностей друг на друга»[347] (например, в Кабардино-Балкарии священнослужители были прямо обвинены в провоцировании преступлений по националистическим мотивам[348]).