Возвращение пропавшего без вести Кирилла в родительский дом вызвало и радость, и изумление. За это время его дочь уже успела вырасти и выйти замуж. Погостив дома несколько дней, он хотел было возвратиться в Свирский монастырь, но родные стали его уговаривать осесть на Севере. Кирилл не мог ослушаться родительской воли и в 1640 году на Виданском острове на реке Суне, на расстоянии 12 поприщ от своего дома, поставил крест и построил келию. Он начал вести подвижнический образ жизни, днём расчищая от леса землю под пашню, а ночью стоя на молитве.

В Сунарецкой пустыни Кирилл прожил в безмолвии 15 лет. Не раз являлись ему различные искушения, о которых мы знаем из житий многих северных подвижников. «Зря же дух лукавый блаженнаго Кирила таковыми подвиги себе удручающаго юношеское свое тело, воста нань, и присно пакости ему дея, тако бдящему яко и сон тонкий сведеному многажды бо великия клопоты и звуки творяще, и шума ужасом тщашеся поколебати терпеливую душу, и всяко покушашеся от места его отгнати». Но Кирилл был непоколебим, и все дьявольские козни разбивались о его терпение. Тогда «диявол… взя с собою множество лукавых духов, с ними пришед ко блаженному, лияше нань коварства своего злобу, умышляя како бы устрашити непоколеблемую мысль… творит говоры безчислены, составляет кличи нелепотны, прислышает ропоты скверною словес помазанныя, крича и вопия ко блаженному: “Калугере, калугере, почто в пустыню сию вшел еси, наше бо сие место есть. Отъиди скоро отсюду, да лютою смертию умреши, никто же бо доселе дерзну в сию пустыню жити приити, ты же хощеши соодолети нас!” Но никакоже возмогаше диавол поколебати терпеливаго, мещет паки мечтания своего всеяростную казнь, и сам работая и бесов понуждая, келию блаженнаго до основания разорити». Видя, что Кирилла невозможно устрашить, дьявол «по обычаю безстудства своего на кончине с лукавыми своими слугами ухвати страдальца, и бияше его жестоко, глаголя, изыди, изыди от места сего. И потом вземше его за ноги, влечаху по сущему на том острове тернию, и ризы его терзающе, раняху плоть его до крове, прещаху же ему смертию, и в воду вринути его хотяху и ярящеся глаголаху, аще не изыдеши от места сего, то подвигнем на тя злыя человеки, иже пришедше и не хотяща тя изжденут отсюду». Но в конце концов, после горячей молитвы Кирилла к Богу, дьявол вынужден был отступить от него, не дерзая более приближаться.

Когда Кирилл пришёл в себя, он увидел свою келию в целости и сохранности, хотя всё тело его было в ранах. Он продолжил жить на том же месте и через некоторое время поставил рядом со своей келией мельницу, на которой местные крестьяне могли помолоть зерно. Для приезжающих издалека он устроил странноприимный дом. Часто к нему приходили нищие, которых он с радостью принимал в странноприимном доме, однако в келию к себе никого не впускал, чтобы не нарушать своего безмолвия праздными беседами. Себе он оставлял только самое необходимое, отдавая все излишки нищим.

Постепенно вокруг Кирилловой келии разросся целый монастырь со множеством строений и крепким монастырским хозяйством. С разрешения церковных властей был построен храм во имя Пресвятой Троицы, отчего и вся обитель стала называться Троицко-Сунарецкой. Здесь приняли иночество родители, жена, дочь, а после и внук Кирилла.

В 1657 году к Кириллу в обитель пришёл знаменитый инок Епифаний из Соловецкого монастыря — будущий духовник и соузник протопопа Аввакума. Инок Епифаний прожил здесь около семи лет, а когда отправился в Москву на собор 1666 года для обличения церковных нововведений, Кирилл получил от него благословение на пустынножительство.

Пока Новгородской епархией управлял приверженец старой веры митрополит Макарий, никоновские «новины» не проникали в отдалённые северные монастыри. Однако после его кончины начались гонения на старую веру и здесь. Троицкая обитель ещё достаточно долгое время продолжала оставаться одним из немногих островков древлего благочестия на Севере, поскольку Кирилл Сунарецкий выступил активным защитником отеческих обычаев. В монастыре продолжали совершать службу по старым книгам, и многочисленные богомольцы могли причаститься Христовых Тайн, освященных по древлеправославному чину. Но в 1684 году прибывшие в обитель архиерейские соглядатаи донесли начальству о существующих здесь порядках. Была прислана воинская команда во главе с подьячим Симеоном Косым, и созданная многолетними трудами Кирилла Троицкая обитель за приверженность старой вере была разорена.

Кириллу Сунарецкому удалось скрыться. Он бежал через непроходимые карельские леса в Выговскую пустыню, став, таким образом, «первым выговским пустынножителем». И снова здесь, как на Суне-реке, в лесной тишине являлись ему различные бесовские «страхования», стараясь согнать подвижника с облюбованного им места. К этим бесовским козням добавлялась внушаемая бесами блудная брань, с которой старец боролся, измождая своё тело суровым постом и многочасовым стоянием на местах, где во множестве летали комары, мухи и оводы. Когда же и это не помогало, он хлестал своё и без того измождённое постом тело еловыми ветвями.

Умер преподобный в 1690 году отшельником, немного не дожив до создания Выговского общежительства. Во время Великого поста, ранней весной, два местных жителя, отправившихся на рыбные и пушные промыслы, наткнулись на лыжный след и по нему пришли к Кирилловой келии. Постучавшись, они не получили ответа и вошли. Внутри келии они увидели Кирилла, сидящего на лавке лицом к иконам, с лестовкой в руках. Перед ним лежала открытая Псалтырь, а рядом дымилось кадило с углем и ладаном и стоял кувшин с «былием пустынным». Видно, старец только что закончил молитву и тихо отошёл к Богу…

Пришедшие в пустыню инок Питирим и «христолюбец» Феодот по христианскому обычаю погребли тело старца. Впоследствии на Выге Кирилл Сунарецкий стал пользоваться особым почитанием: здесь было написано его Житие, Петр Прокопьев выстроил над его могилой «малую часовню», а позднее Симеон Дионисьевич воздвиг над ней «новый молитвенный храм, пространнее перваго».

Другим видным старообрядческим деятелем, в значительной степени повлиявшим на основание Выговской киновии, был чёрный диакон Соловецкого монастыря Игнатий. «Муж святолепен и подвижник велий и Божественнаго писания вельми читатель и внешняго наказания искусен», он принял в 1666 году самое активное участие в спорах об исправлении богослужебных книг и обрядов, написал ряд произведений в защиту старой веры. Из его трудов дошло лишь несколько отрывков из большой «Книги о титле на кресте Христовом», имевшей широкое хождение среди староверов. В ней он проповедовал правильность написания на кресте титла (надписи) «IС ХС Царь Славы» и отвергал «пилатовское» написание титла — «IНЦI», активно внедряемое в Церкви Никоном и ранее употреблявшееся лишь у католиков.

Не позднее сентября 1667 года, то есть ещё до начала осады Соловецкого монастыря царскими войсками, Игнатий Соловецкий покинул его с группой иноков, следуя повелению местного юродивого Гурия, отличавшегося даром прозорливости и чудотворения. Блаженный Гурий предсказал падение Соловецкой обители и основание Игнатием новой, которая унаследует благословение соловецких страдальцев. После этого Игнатий Соловецкий около двадцати лет спасался от преследований, ведя жизнь странствующего проповедника, подобно апостолам первых веков христианства, бродя по скитам и деревням Поморья (в основном в обонежских и каргопольских пределах) и проповедуя идеи старообрядчества и учение о «титле». Встречался и вёл переписку со знаменитым игуменом Досифеем, иноком Корнилием Выговским и другими деятелями старообрядчества. За чистоту сердца и бесстрастную жизнь Игнатий сподобился дара прозорливости, и все его пророчества о разных иноках, встречавшихся ему в северных скитах, впоследствии сбылись. Многих он просветил христианским учением, научил правой вере, наставил на подвиги и добродетели. Люди тянулись к нему, и у многих благочестивых мирян он становился духовным отцом, направляя их по пути спасения.