Как установлено, в среде английских католиков, наряду с группой Аллена-Парсонса, работавшей на испанцев, была также группа Моргана-Пэджета, действовавшая во Франции и добивавшаяся поддержки для Марии Стюарт. В неё входили те английские католики, которым испанцы не дали денег, или те, кто сам не любил испанцев, надеясь на католическую интервенцию в Англию, которую могли организовать радикальные французские католики во главе с Гизами. Они обвиняли остальных католиков-эмигрантов в том, что те продались Испании, и такую же пропаганду против католиков вели английские власти в стране. Высказывались также предположения, что Морган и Пэджет были двойными агентами и работали в действительности на английские власти.

В британской историографии появлялись также исследования в жанре case-study, в которых обсуждались факторы, влиявшие на определение и поддержание своей религиозной принадлежности отдельными лицами. М. Квестьер привлекает внимание к тому, что в изучении реформационного и постреформационного времени важно попытаться выявить личностную мотивацию в религиозном поведении человека. Он стремится проследить, как происходили обращения в католицизм и переходы в протестантизм в XVI–XVII вв.. Как одна из тенденций в эволюции методологических подходов социальной истории в современной британской историографии проявилось стремление историков выявить то, как человек осмысливает свою принадлежность к определенному социальному статусу или к той или иной вероисповедной общности. М. Квестьер считает необходимым рассмотреть вопрос о том, что заставляло человека думать, что он стал протестантом или католиком, и каковы были цели тех, кто стремился обратить человека в ту или другую религию — он стремится переместить исследование на личностный уровень понимания происходившего. По его мнению, нуждается в обсуждении также вопрос: или политики использовали реформационные идеи для достижения своих целей, или же распространение протестантских идей влияло на происходившие политические конфликты, или даже иногда предопределяло их. Ему интересен анализ индивидуальной неопределенности в решении вопроса о принадлежности к тому или иному исповеданию, изучение того, как происходило разрешение религиозных сомнений человека. Это по-новому, как считает М. Квестьер, позволило бы взглянуть на центральные вопросы в изучении истории Реформации. Он пришёл к мнению, что в своём решении стать католиком или протестантом люди могли сознательно руководствоваться и политическими, и религиозными мотивами, так что интерес в исследовании может представлять то, как в сознании человека взаимодействовали политические и религиозные соображения, что можно изучать на примере обращения. М. Квестьер полагает, что в сознании обращенного, если в нём боролись политические и религиозные мотивы, существовало постоянное напряжение, эти мотивы не смешивались, один из них не подчинял другой, они сочетались друг с другом и продолжали действовать каждый из своей сферы. Обращение, считает М. Квестьер, не однажды случившееся событие, а фактор длительного действия в человеческой жизни, и рассуждает о том, что путем изучения «микрокосма обращения» можно попытаться выявить то, как Англия становилась протестантской страной.

Проблему подсчёта обращенных в католицизм в XVI–XVII вв. М. Квестьер называет «неподатливой» — свидетельства здесь очень фрагментарны, тенденции в них уловить сложно. С усилением давления на католиков их число несколько уменьшалось, с ослаблением административного нажима — увеличивалось, но это характеризует, по мнению М. Квестьера, действия самой административной машины, а не религиозные процессы как таковые. Среди протестантов существовал аргумент, что истинная церковь должна увеличивать количество своих приверженцев, и, согласно этому критерию, католическая церковь ему не соответствовала, поскольку в XVI в. число католиков в Европе уменьшалось.

Историки отмечают трудности в использовании для изучения проблем обращения в качестве источника работ по полемическому богословию, поскольку содержание полемических сочинений касалось, прежде всего, взглядов немногочисленной профессиональной элиты в составе духовенства — это были свои внутренние споры, во всей своей полноте непонятные и даже чуждые более широким кругам. По мнению М. Квестьера, при спорах на религиозные темы на каждый полемический аргумент можно было найти одинаково весомый контраргумент, а письменное слово в XVI–XVII вв. по силе воздействия уступало влиянию диспута или устного выступления. Вместе с тем, отмечает М. Квестьер, у полемических произведений была всё же более широкая аудитория, чем только лишь духовные лица и учёные-богословы, и само появление таких произведений в значительных количествах означало в Англии XVI в. существование рынка для такой продукции. При этом следует иметь в виду, что полемика между католиками и протестантами велась в манипулятивной манере — полемисты отстаивали свои доктрины и стремились переспорить оппонента, а не всесторонне проанализировать аргументы противной стороны. Одним из приёмов эффективной полемики было стремление превратить в центральный вопрос то, что оппонент не хочет обсуждать по какой-то существенной причине. Как считает Дж. Скарисбрик, католики чувствовали себя победителями в полемике с протестантами, поскольку смогли найти ошибки, умолчания, путаницу у протестантских полемистов. Среди католиков даже были мнения, что, если бы католикам была бы дарована религиозная терпимость, церковь Англии не устояла бы в открытой полемике с ними.

Как выявили исследователи английской богословской полемической литературы конца XVI — первых десятилетий XVII в., посвященной пониманию характеристик истинной церкви, она должна быть единой, всеобъемлющей, апостольской и в то же время видимой, непогрешимой. Католики в этой полемике стали развивать аргумент, что не нужно бесконечно вопрошать об истинности доктрины католической церкви — этот путь является сложным и запутывающим даже для образованных, поэтому всё, что нужно тому человеку, который ещё не принял решения об истинности той или иной церкви — это проследить непрерывную институциональную преемственность в исповедании веры ко временам основания церкви, и в дальнейшем можно быть уверенным в знании, что в этой церкви исповедуется истинная христианская вера. Этот исторический аргумент католики использовали для того, чтобы придать прошлому церкви римско-католический характер, поскольку история католической церкви была непрерывной и преемственной. Те, кто в XVI–XVII вв. переходил в католицизм, обычно упоминали среди мотивов перехода то, что Рим представляет собой видимую преемственную церковь. Протестанты же в полемике противопоставляли им аргумент, что истинная церковь невидима, а также кальвинистский аргумент о том, что в земном воплощении истинная церковь может быть невидима для тех, кто не принадлежит к числу избранных, а церковь сама по себе не может изменить волю Бога относительно принадлежности к числу избранных или осужденных. Единство протестантских церквей мыслилось протестантами как согласие по фундаментальным пунктам доктрины, а не как непосредственное общение в рамках одной церковной структуры. Истинная церковь как невидимая, в протестантском толковании, существовала всегда, определяясь верностью Христу и Писанию, а папистская церковь только затемняла её своей внешностью, и с этой невидимой церковью протестанты проводили свою преемственность, утверждая даже, что они не лютеране, кальвинисты и тому подобное — они отождествили себя с учениями этих людей, поскольку протестантские духовные лидеры придерживаются истинного учения Христа.