Чтобы «вскрыть нарыв», в Польшу спешно отправились войсковые подкрепления. Был отдан приказ ужесточить репрессии и расстреливать на месте бунтовщиков, захваченных с оружием в руках. Однако рассеянные в одном месте отряды повстанцев вновь собирались в другом. Это была партизанская война с ночными стычками среди враждебно настроенного населения. Ни угрозы, ни обещания не действовали на патриотов. На все предложения о примирении из Санкт-Петербурга лидеры сопротивления, сначала Мирославский, затем Ланглевич, отвечали: «Мы предпочитаем Сибирь и виселицу позорной амнистии».

В скором времени Тайный комитет был преобразован в «национальное правительство», которое провозгласило своей целью абсолютную независимость Польши, Литвы и Рутении, составных частей свободного польского королевства. Такое притязание было, разумеется, неприемлемым для русского царя. Александр целиком и полностью зависел от прошлого своей страны. Если ему и было позволено в самом крайнем случае предоставить подобную автономию собственно Польше, он не мог отказаться от литовских, белорусских и украинских провинций, доставшихся ему по наследству, где поляки составляли национальное меньшинство. Таким образом, наступил момент для решительного удара. Двести тысяч солдат были сосредоточены в районах, которым угрожала «революционная гангрена». Слишком мягкий Константин был отозван из Варшавы в Санкт-Петербург и заменен на тщеславного и энергичного графа Федора Берга. Поскольку мятеж распространился на литовские провинции, Александр назначил губернатором в Вильно еще одного «железного» человека, Михаила Муравьева, занимавшего до этого пост министра по делам государственного имущества. Его коллега Валуев говорил о нем: «Это хан, паша, мандарин, кто угодно, но только не министр». Умный и одновременно с этим жестокий и угодливый, он быстро завоевал прозвище «Муравьев-Вешатель».

В Польше и Литве началась великая чистка. Тысячами поляков арестовывали, казнили и ссылали на каторгу в Сибирь. Функции местных церковных, налоговых и почтовых управлений были переданы в центральные управления в Санкт-Петербурге. Русский язык стал обязательным для всех чиновников. Были закрыты католические монастыри, подозревавшиеся в оказании помощи партизанам. Монахи и монахини изгонялись посреди ночи из своих келий и переводились в другие монастыри, более лояльные властям. Папа Пий IX выступил с протестом. Бесполезно. Через три года последует разрыв Конкордата.

В Литве Михаил Муравьев усовершенствовал методы подавления сопротивления. Он не мог допустить, чтобы слабое польское меньшинство подстрекало всю губернию. На основании одного лишь доноса подозреваемые высылались и лишались имущества. Полякам было запрещено приобретать новые земли. Их прием на административные должности строго ограничивался. В школах больше не преподавался польский язык. Большинство монастырей, как и в Польше, были закрыты, дабы они не могли служить убежищем для повстанцев.

Спустя несколько месяцев губерния была полностью умиротворена. В знак признательности за его усилия Александр пожаловал Михаилу Муравьеву орден Святого Андрея Первозванного. Вскоре и Федор Берг сообщил своему суверену, что в Польше, чье население изрядно поредело, вновь воцарилось спокойствие. Женщины даже боялись носить траур из страха подвергнуться штрафу. Что касается предводителей восстания, большинство из них бежали за границу.

Русское общество, если не считать отдельные голоса, тонувшие в общем хоре, одобряло действия правительства. Русский человек не может желать разделения своей страны – так писали газеты, и эту фразу единодушно повторяли в салонах приверженцы всех политических направлений. Александра превозносили на все лады.

Этот восторг отнюдь не разделяли в Европе, особенно во Франции, где пресса называла русских не иначе, как «кровавыми варварами», и открыто поддерживала мятежников. Последние знали, что могут рассчитывать на симпатии Наполеона III, бывшего карбонария. Между тем Проспер Мериме пишет Паницци 25 июня 1863 года: «Все то, что сейчас говорят в британском парламенте в адрес России, могли бы, с полным на то основанием, говорить в Санкт-Петербурге в адрес Британии во время подавления восстания сипаев в Индии. Никто не выразил возмущения, когда капитан Ходжтон собственноручно убил двух сыновей Великого Могола, виновных лишь в том, что их подданные совершили насилие в отношении англичан, теперь же все негодуют, когда русские вешают офицеров, покинувших свои части и перешедших на сторону повстанцев».

Европейские правители придерживались иного мнения. На стол Александра Горчакова со всех сторон посыпались дипломатические протесты, на которые он незамедлительно реагировал с неизменной светскостью и уверенностью. На все упреки Лондона он отвечал, что система управления, введенная Россией в Польше, будет постепенно заменена конституционным строем по образцу британского. Он заявил представителям Вены, что польское восстание явилось результатом «космополитической революции», поблагодарил Соединенные Штаты за невмешательство в дела Старого Света и предупредил Ватикан о существовании «союза между пастырями католической церкви и зачинщиками беспорядков, которые представляют угрозу для общества». Его способность воевать одновременно на всех фронтах вызывала восхищение у соотечественников.

17 июня 1863 года послы Франции, Англии и Австрии вручили Александру Горчакову ноту из шести пунктов, в которой три правительства требовали для Польши объявления всеобщей амнистии, создания автономной администрации и национального представительного органа, предоставления свободы католической церкви, использования в качестве официального исключительно польского языка, введения упорядоченной системы рекрутского набора. Эти требования встретили категорический отказ. Но если в ответах англичанам и австрийцам он ограничился объяснением причин отказа, то в ответе французам высказал резкие упреки. Париж, пишет он, содержит польскую эмиграцию, которая всеми силами старается настроить общественное мнение в свою пользу в надежде на иностранную вооруженную интервенцию. Едкий тон, в котором Горчаков до сих пор говорил с англичанами и австрийцами, он отныне использует и в отношении разочаровавших его французов. Париж призывал Лондон и Вену подписать соглашение о совместных усилиях по достижению мира в Польше, но из этой затеи ничего не вышло. Англичане уже достигли своей цели, заключавшейся в том, чтобы поссорить Францию и Россию, а австрийцы не были заинтересованы в осложнении отношений с Санкт-Петербургом. Таким образом, Франция осталась в одиночестве. Приняв Монтенбло для прощальной аудиенции, Александр изложил ему в спокойной манере свою точку зрения: «Я не упразднял институты, дарованные мною Польше. Но почему вы ждете, что я позволю им функционировать в обстановке анархии и террора?.. В принципе я согласен с шестью пунктами ваших требований. Но разве возможно в данный момент претворить их в жизнь? Я хотел и хочу предоставить Польше автономию. Факты свидетельствуют о том, что я искренне, всеми силами стремился к этому. Дабы осуществить это желание, я послал в Варшаву своего брата и поставил во главе гражданской администрации поляка, графа Велопольского. Все важные посты также заняли поляки. И что из этого вышло? Меня фактически предали. На сегодняшний день гражданская администрация полностью дезорганизована… Как можно требовать от меня восстановления гражданского правления в стране, где подчиняются одному лишь тайному правительству, потому что боятся только его? Прежде всего, я должен восстановить в Польше свою власть… Если бы я мог, то предоставил бы королевству независимость, но это не в моих силах. Будь это практически осуществимо, это сделал бы мой отец… Польша не может существовать в своих пределах… Поляки не скрывают, что хотят создать государство в границах 1772 года, а это означало бы расчленение России».