За успехи в разведывательной деятельности генерал-майор Агаянц был награжден орденами Ленина, Красного Знамени, Трудового Красного Знамени, Отечественной войны 2-й степени, двумя орденами Красной Звезды, многими медалями, а также нагрудными знаками «Заслуженный работник НКВД» и «Почетный сотрудник госбезопасности». 12 мая 1968 года Ивана Ивановича Агаянца не стало.

В некрологе для сотрудников внешней разведки, подписанном А.М. Сахаровским, говорилось: «На всех участках работы почетный сотрудник госбезопасности генерал-майор Агаянц проявил себя талантливым и энергичным организатором, умным и вдумчивым человеком, обаятельным другом и товарищем... Его деятельность на практической агентурно-оперативной работе за рубежом была чрезвычайно продуктивной. Достаточно сказать, что в период командировки он лично завербовал несколько ценных агентов, которые по настоящее время являются источниками получения важной документальной информации... Несомненен и очевиден также личный вклад И.И. Агаянца в разработку и осуществление крупных комплексных активных мероприятий, нанесших видимый и зримый ущерб противнику».

Любая историческая эпоха, содержание которой характеризуется острым противоборством в обществе, всегда порождала и выдающихся руководителей, и выдающихся работников-исполнителей, чьим трудом и чрезмерными усилиями, потом и кровью осуществлялись передовые идеи того времени.

Сахаровский, родившийся в 1909 году, и Агаянц, родившийся в 1911 году, принадлежат к представителям того поколения советских людей, чьи молодые годы пришлись на период активного строительства нового государства, а зрелость — на восстановление его экономики после разрушительной войны. Их поколение впитало от своих предшественников романтическое стремление к новой жизни и неуемную энергию в борьбе за эту жизнь как на мирном трудовом фронте, так и с оружием в руках, если в этом возникала необходимость.

Их пути сошлись в сентябре 1947 года, когда Иван Иванович вернулся из Парижа в Москву и возглавил одно из управлений Комитета информации при СМ СССР, как тогда называлась разведка. К тому времени за плечами Агаянца был уже семнадцатилетний опыт работы в органах государственной безопасности и внешней разведки.

Сахаровский в то время занимал должность начальника 2-го отдела в управлении, которое возглавил Агаянц. Общение с Агаянцем, который был не только талантливым разведчиком, но и видным политиком и дипломатом, значительно расширило кругозор Сахаровского, приучило его не замыкаться в рамках узковедомственных интересов. Безусловно, школа Агаянца в дальнейшем способствовала успешной работе Сахаровского на посту начальника внешней разведки.

Именно Иван Иванович рекомендовал в октябре 1948 года Сахаровского на должность заместителя начальника одного из управлений Комитета информации. Вновь их пути сошлись при создании в 1959 году во внешней разведке подразделения, на которое были возложены задачи по подготовке и проведению активных мероприятий за рубежом.

В конце 1965 года начальник внешней разведки А.М. Сахаровский подписал следующую характеристику на И.И. Агаянца:

«Полковник Агаянц И.И. в разведке работает более 30 лет, с 1940 года — на руководящих должностях, трижды находился в долгосрочных командировках в капиталистических странах, причем дважды в качестве резидента КГБ. Завербовал несколько ценных агентов, которые по настоящее время являются источниками получения весьма важной документальной информации.

С 1959 года работает начальником отдела активных мероприятий.

И.И. Агаянц обладает обширными знаниями. Исключительно инициативен и трудолюбив, в коллективе пользуется большим авторитетом как один из наиболее квалифицированных и заслуженных сотрудников разведки.

В настоящее время И.И. Агаянц занимает должность, которая по перечню должностей не подлежит замещению генералами. Однако, учитывая заслуги и многолетнюю деятельность И.И. Агаянца в органах разведки, а также то, что он многие годы занимал должности, подлежащие замещению генералами, считаем возможным в порядке исключения представить его к присвоению звания генерал-майора».

16 декабря 1965 года Совет Министров СССР принял постановление о присвоении Ивану Ивановичу Агаянцу звания генерал-майора.

Выходцем из подразделения, которым руководил Агаянц, являлся и будущий заместитель председателя КГБ СССР—начальник Второго главного управления генерал-полковник Григоренко Григорий Федорович. В 1959—1961 годах он занимал должность заместителя Агаянца, а с марта 1962 по 1969 год возглавлял подразделение внешней контрразведки.

До 1954 года в структуре внешней разведки не было подразделения, которое занималось бы разработкой спецслужб противника и обеспечением безопасности разведывательной деятельности резидентур. В июне 1954 года оно было создано. Концентрация контрразведывательной работы в рамках одного подразделения, укомплектованного опытными сотрудниками, принесла свои плоды. Внешняя контрразведка сумела добиться ощутимых результатов. Так, приобретенный в аппарате министерства юстиции США источник внешней контрразведки за несколько лет сотрудничества передал советской разведке около пяти тысяч копий документов о работе ФБР против граждан и учреждений СССР в США.

На территории Западной Германии только от одного из источников были получены документальные данные на несколько сот американских агентов, занимавшихся вербовкой советских граждан.

Ценным источником внешней контрразведки был кадровый сотрудник английской разведки Джордж Блейк. Ранее большой объем материалов о структуре, кадрах и оперативной деятельности разведок Англии и США, в том числе и о заброске американской и английской агентуры на территории СССР и стран народной демократии, был получен от Кима Филби.

Было ясно, что работу по этой линии нужно усиливать. И Сахаровский со своими заместителями явились инициаторами создания в 1963 году в структуре ПГУ службы внешней контрразведки, которую и возглавил Григоренко.

В 1960 году по указанию председателя КГБ А.Н. Шелепина в разведке был образован самостоятельный африканский отдел. Конечно, никто не отрицает значения инициативы вышестоящего руководителя при принятии данного решения. Более того, действительно по-настоящему работать по Африке внешняя разведка начала с 1960 года, когда стал набирать силу процесс деколонизации африканских стран. Тогда сразу 17 независимых государств появилось на карте Африканского континента.

Было бы не совсем правильно утверждать, что сам по себе факт получения африканскими странами независимого статуса побудил советское руководство автоматически принять решение об организации разведывательной работы в молодых государствах Африки. Объективно сложилось так, что борьба народов африканских стран за свое освобождение стала объектом соперничества великих держав, и африканский континент превратился в арену идеологической и политической конфронтации двух блоков.

Руководству внешней разведки и лично начальнику ПГУ Сахаровскому с первых же шагов работы в африканских странах пришлось встретиться с серьезными трудностями. Прежде всего, это были трудности в достижении взаимопонимания сотрудников разведки с чиновниками молодых африканских государств. У них были совсем другой менталитет, привычки и нравы. Колониальные времена приучили их не доверять белому человеку, обманывать его считалось заслугой.