Получается, каким бы хорошим Борис Годунов ни был царем, в глазах своего народа он всегда был убийцей. «Природный» царь, то есть настоящий, не избранный, мог убивать и при этом не считаться убийцей, ведь он был практически Богом, и наказание царя – это Божье наказание, даже если он лишает жизни собственного сына. Казнимые жесточайшими способами и умиравшие в тяжелых мучениях жертвы прославляли своего мучителя-царя, ведь они принимали Божье наказание. Годунов же был самым грешным из убийц, так как на его совести была кровь «природных» царевичей. Русскому народу казалось, что приход к власти навлечет на Московское царство гнев Божий.

Не прибавляла Борису Годунову популярности и супруга. Мария Григорьевна была дочерью Григория Лукьяновича Бельского (Малюты Скуратова), самого любимого опричника царя Ивана Грозного. Одно только его имя наводило на людей панический ужас. И невзирая на то, что дочь не имела ничего общего с отцом, а, напротив, была добропорядочна, сердечна, очень много внимания уделяла благотворительности, народ сомневался в ее искренности. Таким образом, имя Бориса Годунова было связано со страшным Малютой Скуратовым, и хотя последнего давно не было на этом свете, он приходился родным дедом детям Бориса, а главное новому наследнику – Федору Борисовичу Годунову. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в летописях и других письменных документах периода после Смуты правление Годунова описывалось следующими словами: «После смерти Ивана Грозного, Борис Годунов сослал царевича Дмитрия и Нагих в Углич, Богдана Бельского подговорил устроить покушение на Феодора Ивановича, потом сослал его в Нижний, а И. Ф. Мстиславского – в заточение, где повелел его удушить; призвал жену Магнуса, „короля Ливонского“, дочь старицкого князя Владимира Андреевича, Марью Владимировну, чтоб насильно постричь ее в монастырь и убить дочь ее, Евдокию. Далее он велел перебить бояр и удушить всех князей Шуйских, оставив почему-то Василия да Дмитрия Ивановичей; затем учредил патриаршество, чтобы на патриаршем престоле сидел „доброхот“ его Иов; убил Дмитрия, подделал извещение об убийстве, подтасовал следствие и постановление собора об этом деле, поджег Москву, призвал Крымского хана, чтобы отвлечь внимание народа от убийства царевича Дмитрия и пожара Москвы; далее он убил племянницу свою Феодосию, отравил Фео дора Ивановича, чуть ли не силой заставил посадить себя на царский трон, подтасовав земский собор, и плетьми сбивая народ кричать, что желают именно его на царство; ослепил Симеона Бекбулатовича, после этого создал дело о заговоре „Никитичей“, Черкасских и других, чтобы „извести царский корень“, всех их перебил и заточил; наконец, убил сестру свою царицу Ирину за то, что она не хотела признать его царем; был ненавистен боярам за то, что грабил, разорял и избивал их, народу – за то, что ввел крепостное право, духовенству – за то, что отменил тарханы и потворствовал чужеземцам, лаская их, приглашая на службу в Россию и предоставляя свободно исповедовать свою религию, московским купцам и черни – за то, что обижал любимых ими Шуйских и Романовых и пр. Затем он отравил жениха своей дочери, не смог вынести самозванца и отравился сам. Вот и все». Подкрепленный точными ссылками, этот список обвинений не вымышлен и даже, в общем-то, не преувеличен. Он просто объединяет все то, чему верили и чему не верили исследователи, что они излагали как факты, и что считали домыслами. Беда Годунова состояла в том, что в те времена писавшие о нем не заглядывали дальше преданий и клевет, внесенных в летописи и мемуары.

Таким образом, судьба правителя Бориса Годунова связана с поразительным парадоксом – государь, стремившийся повысить благосостояние народа, укрепить военную мощь страны и ее положение в мире, в народе не просто не был популярен, он был ненавидим. Бориса Годунова обвиняли во всех мыслимых и немыслимых грехах: ему приписывали смерть царя Ивана, царевича Дмитрия, царя Федора и даже сестры-царицы Ирины Годуновой. Не говоря уже об обвинениях в поджоге Москвы, сговоре со шведами и крымским ханом, ропоте на царя за опалы на бояр, масштаб которых не шел ни в какое сравнение с тем, что творил Грозный. Вероятно, причина столь негативного отношения к Борису кроется в том, что народ так и не смог простить ему стремительное возвышение до царского престола. В русских исторических повестях начала XVII века Бориса Годунова часто называют рабоцарем. Его восхождение на престол впервые поставило под сомнение незыблемость и недосягаемость царской власти.

Суждения дворянского историографа о Годунове не отличались глубиной, гораздо лучше историческое прошлое понимал А. С. Пушкин. Он видел истоки трагедии Бориса в отношении народа к власти. То есть Годунов погиб потому, что от него отвернулись собственные подданные. Крестьяне так и не простили ему значительно ограждавшей их свободу отмены старинного Юрьева дня. Многие историки считают именно Годунова инициатором создания крепостного режима. Правда, В. О. Ключевский полагал иначе: «…мнение об установлении крепостной неволи крестьян принадлежит к числу наших исторических сказок». Обвинения Годунова во многих кровавых преступлениях Ключевский считал попросту клеветой. Историк видел Годунова человеком, наделенным умом и талантом, но всегда подозреваемым в двуличии, коварстве и бессердечии. Загадочная смесь добра и зла – таким виделся ему царь Борис. Исследователь С. Ф. Платонов написал о Годунове книгу, которая не утратила значения и в наши дни. Он тоже не видел в Борисе инициатора закрепощения крестьян. По словам Платонова, Годунов в своей политике выступал как поборник общегосударственной пользы, связавший свою судьбу с интересами, если так можно выразиться, среднего класса.

Таким образом, хоть многочисленные обвинения против Бориса Годунова так и не были никем доказаны, они навсегда запятнали правителя в глазах потомков.

Незадолго до рождения Федора его отец Борис Годунов взошел на российский престол, и довольно рано, начиная с 1594–1595 годов, подобные царским почести стали оказываться и малолетнему Федору. Будучи еще совсем ребенком, он уже «писался» в грамотах рядом с отцом, от его имени отправлялись дипломатические подарки, его имя называлось в церемониалах приема послов. Известный историк С. Ф. Платонов полагает, что подобное возвышение Федора было связано со смертью малолетней царевны Феодосии Федоровны в 1594 году, в результате чего очевидным стало угасание рода московских Рюриковичей, и Борис Годунов принялся готовить свою династию в преемники Федору Ивановичу.

В 1598 году Борис стал царем, а Федор – царевичем и наследником. Он даже принимал участие в торжественном вступлении отца в Москву. В 1599 году десятилетний царевич сам, собственноручно написанным письмом оповестил монахов Троице-Сергиева монастыря о болезни Бориса, по причине которой тот не смог к ним прибыть. В девятилетнем возрасте у Федора уже была своя государственная печать. Он неоднократно привлекался к государственным обязанностям, регулярно заседал в Боярской думе, принимал послов, включая потенциальных женихов своей сестры Ксении. Также юный царевич вовсю участвовал в судебной и благотворительной деятельности отца, в частности, во время голода 1601–1603 годов.

Воспитанием царевича занимался дядька Иван Чемоданов. Сам Годунов был умен и грамотен, однако никакого книжного образования не получил. Однако он позаботился о том, чтобы Федор получил прекрасное образование, он готовился отцом в «просвещенные государи». По словам Н. М. Карамзина, царевич Федор – «первый плод европейского воспитания в России». Впрочем, все это не мешало оппозиции распускать как в России, так и за рубежом слухи о болезненности и слабоумии престолонаследника.