В 1939 году Аденауэр вместе с Гусей провел несколько недель в Швейцарии в сельской местности, пережидая волну шовинистического психоза, охватившего Германию с началом Второй мировой войны.

Появлялись мысли об эмиграции. Но быстро уходили. К Рёндорфу привязывали многочисленная семья, опасение за судьбу сыновей, служивших в армии, да и надежда, что худшее позади и можно относительно спокойно жить дальше.

В середине 1930-х годов бывший деятель партии Центра Якоб Кайзер пытался привлечь Аденауэра к участию в Сопротивлении. В разговоре с ним Кайзер рассказал о группе противников нацизма, якобы действующей в Берлине, и о ее связях с такой же группой в вермахте. Военных он оценивал как решительных людей, готовых устранить Гитлера.

Аденауэр решительно отказался примкнуть к антинацистскому движению. Он скептически говорил о его возможностях, как и об установлении власти военных.

В конце 1943-го — начале 1944 года Кайзер сделал еще одну попытку вовлечь Аденауэра в борьбу с нацистами, но тот просто отказался встречаться с ним.

В это же самое время в Кёльне находился обер-бургомистр Лейпцига Гёрделер — идеолог антинацистского Сопротивления, разработавший платформу преобразований, призванных устранить гитлеровскую диктатуру. Он попытался вступить в контакт с Аденауэром, но получил однозначный отказ.

В успех заговора против Гитлера Аденауэр не верил. Считал, что заговорщики не в силах сокрушить мощную партийно-государственную машину, созданную национал-социалистами. По природе своей он не был заговорщиком. Не обладал и достаточной храбростью. Рассчитывал, что нацистский режим сам изживет себя в силу внутренних противоречий и воздействия извне. Гитлер шел к пропасти, и нужно дать ему упасть в нее.

Трезвый прагматик не мог позволить себе непродуманных шагов, свойственных горячим идеалистам. Аденауэр испытывал страх перед репрессиями, боялся за семью, за собственную жизнь. Его антинацизм выражался в том, что он не участвовал в деяниях режима и терпеливо ждал его крушения. Аденауэр не был героем, способным умереть в борьбе против того, что считал антигуманным и антинародным.

После крушения национал-социализма Аденауэр проявил себя честным человеком. Он осуждал нацизм, но проявлял сдержанность, избегал излишней крикливости. Никогда не причислял себя к борцам Сопротивления, как это делали многие, пережившие нацизм немцы, даже сотрудничавшие с режимом. Его арестуют в связи с заговором 20 июля 1944 года. Но он открыто заявит потом, что никогда не был в контакте с заговорщиками. Он будет с уважением вспоминать казненных Гёрделера, Штауфенберга, но не даст и малейшего повода заподозрить себя в приобщении к их посмертной славе.

Позицию — выжить и обеспечить выживание семьи Аденауэр не считал безнравственной. После войны он избегал осуждать или упрекать людей, бывших на государственной службе при Гитлере, но при удобном случае любил подчеркнуть свою внутреннюю эмиграцию во времена нацистской диктатуры.

Военные годы в Рёндорфе текли спокойно вплоть до покушения на Гитлера. После него в доме Аденауэра появились шесть гестаповцев и предъявили ордер на обыск. Пять часов искали крамолу, взяли несколько папок и книг, опечатали кабинет хозяина. На следующий день обыск продолжили, но ничего так и не нашли.

В конце августа 1944 года гестапо провело по всей Германии акцию под кодовым наименованием «Гроза». Арестовывали известных деятелей Веймарской республики, оставшихся в стране. К Аденауэру пришли гестаповец и полицейский и объявили об аресте. Втроем на трамвае отправились в Бонн.

Местная тюрьма оказалась переполненной, а арестованные все прибывали. Тогда 200 заключенных вывели в тюремный двор, построили и колонной по десять человек в шеренге направили на железнодорожный вокзал. Здесь их ждал специальный поезд. Арестантов привезли в Кёльн, где в ярмарочных павильонах разбили большой концентрационный лагерь. В творение своих рук, которым он гордился, в котором проводил крупные национальные и международные выставки, Аденауэр прибыл в качестве узника.

У вновь поступивших отобрали деньги, перочинные ножи, часы, воротнички, галстуки и подтяжки. Выдали засаленные одеяла. Аденауэра провели в камеру с трехъярусными нарами. Там шла очередная охота на клопов. Двое заключенных трясли одеяла, а третий, сидя на полу, бил клопов молотком.

Капо в блоке был коммунист Цандер. Он узнал Аденауэра и взял его под свою опеку. Видя плачевное состояние бывшего обер-бургомистра, так и не научившегося спать с клопами, Цандер испросил у начальства разрешение поместить его в своей каморке. Тюремщик ухмыльнулся и сказал, что не возражает против объединения красного и черного. Положение Аденауэра улучшилось. Можно было полежать на матрасе, когда тело охватывала слабость. Случалось это все чаще.

В ранние утренние часы заключенные выстраивались во дворе на утреннюю проверку. Коммунистов и социал-демократов затем уводили на работу. Остальные или возвращались в камеры или, когда позволяла погода, проводили время во дворе, опоясанном забором с колючей проволокой.

За забором собирались люди, чтобы хоть помахать рукой близким. В один из дней Аденауэр увидел жену и младшую дочь. Они попытались что-то сказать, но стражник прогнал их. Аденауэр выглядел исхудавшим до предела. Пиджак болтался на опустившихся плечах. В кармашке рубашки без воротничка торчала алюминиевая ложка. Лицо осунулось. Под глазами чернели большие мешки.

Ежедневно из Кёльна отправлялись транспорты в лагеря уничтожения. Ночами в камерах появлялись люди из зондер-команды и уводили заключенных. Больше их никогда не видели. В документах обычно появлялась запись: «убит при попытке к бегству» или «скончался от сердечного приступа».

Однажды заключенных согнали во двор в неурочное время. Предстояло публичное наказание двух молоденьких русских парней, пытавшихся украсть еду. Связали им руки за спиной и били деревянными дубинками до тех пор, пока переломленные кости плечей не выступили наружу из окровавленных тел.

Аденауэр, подавленный, вернулся в камеру, не мог есть, всю ночь ворочался на своем матрасе, издавая громкие стоны.

Через несколько дней Цандер увидел имя Аденауэра в списке на отправку в Бухенвальд. Сговорившись с врачом из заключенных, он доложил начальству, что у Аденауэра сердечный приступ, и получил разрешение направить его в больницу. Шеф больницы узнал Аденауэра и устроил ему благоприятный режим. Его даже могли навещать жена и дети.

Война шла к концу. Американцы заняли Аахен в нескольких десятках километров от Кёльна. Распространился слух, что перед отступлением эсэсовцы уничтожают всех узников концлагерей. Аденауэр решил бежать. Гусей связалась в Бонне с майором Шлибушем, и он взялся помочь старому другу. Улучив удобный момент, Шлибуш на машине вермахта подъехал к зданию больницы, предъявил заранее подготовленное предписание и потребовал выдать ему Аденауэра для доставки на допрос в Берлин.

Бегство прошло удачно. Аденауэр укрылся на хуторе Нистер Мюле в Вестервальде.

На следующий день Гусей вызвали в кёльнское гестапо и потребовали сказать, где скрывается муж. Домой она не вернулась. Десять дней ее держали в тюрьме Браувайлер, подвергая ежедневным допросам. Посадили в камеру с воровками и проститутками. Узнав жену бывшего обер-бургомистра, те стали изводить ее насмешками и издевательствами.