В то же время большевистское государство всячески поддерживало различные обновленческие течения и организации, рвущиеся к власти в Церкви. Лидер одной из таких организаций, именуемой «Живая церковь», Введенский явился к Митрополиту Петроградскому Вениамину и объявил ему о создании нового церковного управления и назначении его, Введенского, делегатом от этого управления по Петроградской епархии. Митрополит его за это отлучил от Церкви. Постановление его было напечатано в газетах и вызвало ярость коммунистов. Через несколько дней к Митрополиту явился Введенский в сопровождении бывшего председателя петроградской ЧК и петроградского коменданта Бакаева. Они предъявили Митрополиту ультиматум: либо он отменит своё постановление о Введенском, либо против него и ряда церковных лиц будет создан процесс в связи с изъятием ценностей, в результате которого погибнет и он, и близкие к нему люди. Митрополит ответил категорическим отказом. Как известно, угроза эта была приведена в исполнение: он был судим и приговорён к смерти, потому что стоял поперёк пути гражданской власти в её начинаниях в деле образования революционной обновленческой Церкви.

Другой лидер обновленцев Титлинов при всём желании не мог скрывать того, что обновленческое Высшее Церковное Управление (самочинно созданный орган, в противовес Патриарху и Синоду) захватило власть антиканонически, в революционном порядке. «Несомненно, – писал он, – что группа, которая организовала Высшее Церковное Управление, полномочий на то от Патриарха не имела. Патриарх, заточённый большевиками в Донском монастыре и тем самым отрезанный от Церкви и от управления ею, поручил ей только посредническую роль передачи дел Митрополиту Ярославскому Агафангелу, а отсюда до передачи власти очень далеко. Деятели Живой Церкви взяли власть сами, в порядке революционном, внеканоническом и, если угодно, антиканоническом.»

Так красная власть уже в первые годы своего «руководства» страной прошлась кованым революционным сапогом по многовековому укладу Русского Православия. И хотя кровь христианская уже изрядно окрасила собой коммунистический кумач, это не удовлетворило аппетиты новых хозяев жизни. Хищник, вкусивший солоноватый вкус крови, окончательно поехал рассудком, и в своей ненасытности требовал всё больше и больше жертв.

На Всероссийском Соборе естественно беспокоились о безопасности самого Патриарха. Вместе с тем возникал вопрос о тех последствиях, какие могли явиться для Церкви в случае его неожиданной кончины. Явилась мысль, что на этот случай надо иметь список иерархов, которые временно могли бы заменить главу Церкви, а для того, чтобы они не были устранены безбожниками заранее, пришли к заключению, что список этот должен быть тайным. 7 февр./25 янв. 1918 года в день убийства Митрополита Владимира Собор постановил: «На случай болезни, смерти и других печальных для Патриарха возможностей, предложить ему избрать нескольких блюстителей Патриаршего престола, которые в порядке старшинства и будут блюсти власть Патриарха и преемствовать ему». До наступления времени, когда надо было бы осуществить это определение об избрании соответствующих лиц, Патриарх осведомлял только их самих, а Собору докладывал, что данное ему поручение исполнено. Для многих, впоследствии удивительно было, что в числе своих преемников Патриарх указал будущего Митрополита Петра, который в момент избрания был только служащим Синода, не имея никакого священного сана. Но, как пишет Регельсон, «именно благодаря необычной своей судьбе, он оказался единственным избранником Патриарха (фактически же избранником Собора по доверию к Патриарху), оставленным на свободе к моменту смерти Патриарха Тихона. Трудно даже предположить, как сложилась бы и без того трагическая судьба Русской Церкви, если бы не мудрый замысел Собора и Патриарха не был осуществлён в жизни».

Левитин и Шавров, подводя итоги последних месяцев жизни Патриарха Тихона, справедливо пишут, что «обстановка несколько стабилизировалась: обновленческий раскол как бы остановился в своём развитии, и большая часть Церкви шла за Патриархом».

Однако не останавливалась болезнь почек у Патриарха, и это не могло не сказываться на здоровье и силах Святейшего, который в своём архипастырском рвении старался с этим не считаться.

В тот же период относительного благополучия, Патриарху пришлось перенести тяжёлое испытание: трагическую смерть самого близкого к нему человека келейника Якова Сергеевича Полозова. Он с юных лет, с прибытия Патриарха в Москву, тогда ещё архиепископа, состоял при нём как келейник и личный секретарь, оставаясь при нём и после своей женитьбы.

Вечером в 11 часов, во время чаепития, услышали, что кто-то вошёл. Показались в комнате два неизвестных. Я.С. Полозов бросился между ними и Патриархом. Раздался выстрел, и он упал мёртвым. Убийцы, не коснувшись Патриарха, сразу убежали. Такая трагическая утрата столь близкого к нему человека, не могла не потрясти больного старца. Нервное напряжение во время и после заключения, усиливало болезни, а Патриарх давно стал страдать нефритом. К этому прибавилась грудная жаба. Ослабление организма стало сказываться. Патриарх не смог совершить богослужений ни рождественских, ни крещенских. Врачи настаивали, чтобы Патриарх лёг в клинику, на что он согласился. Там он стал поправляться и в конце января (по ст. ст.) возобновил свои служения в разных храмах Москвы. Последний раз он служил за два дня до Благовещения – дня своей кончины.

Здоровье Патриарха постепенно всё более ухудшалось, но крепость его духа и желание утешать паству своими служениями, побуждали его напрягать свои последние силы. Так, в воскресенье перед Благовещением, несмотря на только что перенесённую экстракцию нескольких корней зубов и возникшее воспаление десны, распространившееся в сторону глотки до миндалевидной железы, он совершил литургию. Однако кончина Патриарха произошла неожиданно для врачей от припадка грудной жабы. Бывший у него доктор Щелкан (дежурный врач) не нашёл ничего тревожного, но только он успел подняться в свою квартиру, как был спешно вызван фельдшерицей. Явившиеся врачи нашли ясно выраженный припадок грудной жабы. Были вспрыснуты лекарства, но пульс продолжал падать. Через несколько минут Патриарх перекрестился трижды со словами: «Слава Тебе Боже, слава Тебе Боже, слава Тебе Боже» и испустил дух.

Кончина Патриарха, для паствы столь неожиданная, всех потрясла. Чтобы почтить его память и проститься с ним, бесчисленное число верующих стекалось в Донской монастырь. Со всех сторон съезжались ещё находившиеся на свободе архиереи. Их собралось 60 человек.

С кончиной Патриарха Тихона начался ещё более трудный период в управлении Русской Церкви. Но прежде чем мы перейдём к этому новому периоду, мы должны сказать ещё несколько слов относительно кончины Патриарха. По словам Левитина и Шаврова: «почему умер Патриарх Тихон? – этот вопрос шепотком, вполголоса, во весь голос задавали на похоронах Патриарха»… «и до сих пор этот вопрос повторяется всеми церковными людьми, как только речь заходит о смерти Патриарха Тихона».

Легко понять, что смерть Патриарха Тихона была нужна советам, поскольку им не удалось образовать под его возглавлением церковного управления, в котором наравне с православными были бы и обновленцы, как это удалось им при Сергии Старгородском. Само собой разумеется, что всё это покрыто тайной, однако у Левитина и Шаврова есть одно важное свидетельство: «Покойный настоятель храма Ильи пророка в Обыденном переулке в Москве о. Александр Толгский, умерший в 1962 году, говорил одному из авторов: „После признаний, сделанных мне во время исповеди одного из врачей больницы Бакунина, у меня нет ни малейших сомнений в том, что Патриарх Тихон был отравлен“».