Успешное наступление с юга под руководством дуэта Хэлси — МакАртур стало возможным, благодаря усилиям обоих командующих по нейтрализации Рабаула. Необходимость высадки десанта отпала. Одновременно с этим адмирал Спрюэнс добился серьезных успехов в центральной части океана на Гилбертовых и Маршалловых островах. Поэтому в марте 1944 года ОКНШ решил обойти мощную японскую базу на Труке, нейтрализовав ее, как и Рабаул, атаками с воздуха. МакАртур настаивал на необходимости сосредоточить все американские силы для совместного удара с юга в направлении Филиппин под его общим командованием. Силами флота в этом наступлении должен был командовать Хэлси. Хотя это означало подчинение генералу, Хэлси согласился с предложением МакАртура, как и большая часть самых влиятельных советников Нимица. Однако возобладало мнение адмирала Кинга, и в марте 1944 года ОКНШ принял решение продолжать наступление на Лусон и Формозу с двух направлений, что не позволило бы японцам сосредоточить свои силы.

Хотя дальнейшее развитие событий показало правильность мнения Кинга, оно оказалось роковым для Хэлси. Наступать должны были МакАртур (Юго-Запад Тихого океана) и Нимиц (Центральная часть Тихого океана). В результате Южная часть Тихого океана, где главнокомандующим был Хэлси, в июне 1944 года оказалась тыловой зоной. Адмирал получил новое назначение. Он стал командующим 3 Флотом, то есть тем же самым «большим голубым флотом», которым командовал Спрюэнс, хотя в его руках он превращался в 5 Флот. Спрюэнс находился у руля во время захвата Филиппин летом 1944 года, пока Хэлси со своим штабом оставался в Пирл-Харборе, вместе с Нимицем планируя будущую операцию. Ею должно было стать освобождение Филиппин, и флоту просто предстояло поменять номер. В отличие от Спрюэнса, который находился в прямом подчинении Нимицу, Хэлси снова приходилось играть двоякую роль. Он должен был обеспечить стратегическое прикрытие войск МакАртура, действуя под командованием Нимица. Нимиц и МакАртур подчинялись только ОКНШ в Вашингтоне. Такое разделение командования объяснялось очень просто. Флот не желал рисковать, передавая в подчинение МакАртуру свое Быстроходное Авианосное Соединение. Опасения моряков усиливал тот факт, что сам МакАртур не передавал в подчинение флоту ни одно из своих подразделений.

Возникло еще одно затруднение, которое могло помешать Хэлси действовать во время Филиппинской кампании наиболее эффективным образом. Хотя он имел титул командующего 3 Флотом, теперь ему подчинялись уже не десантные соединения. Впервые за последние 2 года Хэлси пришлось непосредственно командовать эскадренными авианосцами. Когда в 1942 году он покидал пост командующего Авианосными силами Тихоокеанского флота, в его распоряжении находились всего 2 корабля — «Энтерпрайз» и «Хорнет». Сегодня, в конце августа 1944 года, он вернулся в море, чтобы получить не меньше 16 быстроходных авианосцев — новые корабли типа «Эссекс» и его любимый «Большой Э».[83] Так как за десантные операции отвечал 7 Флот, подчинявшийся МакАртуру, 3 Флот можно было с любой точки зрения считать возродившимися Авианосными силами. С административной точки зрения он назывался Оперативным Соединением 38 и имел своего собственного тактического командира — вице-адмирала Марка Э. Митчера, который занимал этот пост и под командованием Спрюэнса. Митчер должен был вернуться в Пирл-Харбор вместе со Спрюэнсом, как только его преемник вице-адмирал МакКейн освободится от обязанностей командира оперативной группы. Хэлси получал свободу тактических действий и мог руководить своими авианосцами с прежними энергией и независимостью, которые он продемонстрировал в первые дни войны. Хэлси поднял флаг на новом быстроходном линкоре «Нью Джерси». Эти корабли были распределены в качестве прикрытия между авианосными оперативными группами, но при необходимости их можно было свести в отдельное Оперативное Соединение 34. Координация действий соединения с действиями МакАртура была очень сложной задачей из-за масштабов предстоящей десантной операции.

Операция началась в первых числах сентября 1944 года ударами авианосных самолетов по японским аэродромам на острове Минданао (Южные Филиппины). Хэлси был удивлен слабым сопротивлением врага. Его задачей было уничтожение японской авиации перед высадкой МакАртура на Минданао, которая должна была произойти 15 ноября. 20 декабря планировалось провести высадку на острове Лейте в центре архипелага, а еще позднее — на Лусоне и Формозе. После захвата островов на них планировалось создать базы армейской авиации, которая поддержала бы последующие десанты. 12–13 сентября авианосцы нанесли удары по островам Визайяс (Центральные Филиппины), и снова сопротивление врага было минимальным. Пилот, сбитый над Лейте и спасенный филиппинцами, из первых рук узнал о слабости японской авиации на центральных островах. Эти сведения были сразу переданы Хэлси, когда летчика забрал гидросамолет.

Хэлси и его штаб сразу решили, что можно обойти Минданао и высадиться на Лейте гораздо раньше, чем планировалось. Быстроходные авианосцы и два десятка эскортных авианосцев 7 Флота вполне могли обеспечить поддержку войск, пока на берегу не будут построены аэродромы. В полдень 13 сентября Хэлси передал эти рекомендации Нимицу. Нимиц и МакАртур 14 сентября обсудили их и запросили утверждения у Союзного ОКШН, проводившего совещание в Канаде. Разрешение было получено, и сроки операций на Тихом океане были сдвинуты на 2 месяца вперед. Теперь планировалось высадиться 20 октября сразу на Лейте, а не на Минданао. Высадку на остров Миндоро, находящийся чуть южнее Лусона, планировалось провести 5 декабря, а на сам Лусон — 12 декабря, хотя эти операции позднее были немного задержаны. Войска, предназначенные для высадки на Минданао и другие острова, теперь должны были подготовиться к выполнению иных задач. Снова операция была связана с некоторым риском, так как осенние дожди могли помешать армии построить аэродромы на Лейте. Однако это был оправданный риск, типичный для Хэлси, и дальнейшие события показали, что он не потерял своей интуиции.

Остаток сентября авианосцы Хэлси наносили удары по японским укреплениям на Филиппинах. В результате было уничтожено почти 900 вражеских самолетов (большей частью на земле) и были потоплены торговые суда общим водоизмещением 224000 тонн. Пошли на дно также несколько мелких военных кораблей. Потом 3 Флот отошел на недавно захваченные якорные стоянки в центре Тихого океана, чтобы подготовиться к высадке на Лейте.

Задача Хэлси была совершенно ясна. 3 Флот — он же ОС 38 — должен был изолировать остров Лейте и не допустить переброски туда вражеских подкреплений по морю и воздуху. Это означало, что 4 авианосные группы будут наносить удары по японским аэродромам и судоходству на всех Филиппинах до начала высадки, во время ее и после 20 октября. 7 Флот вице-адмирала Томаса К. Кинкейда, который находился в прямом подчинении МакАртура, должен был оказывать тактическую поддержку армии. Его старые линкоры, крейсера и эсминцы должны были обстреливать побережье, а 18 эскортных авианосцев обеспечивали поддержку с воздуха. Неизвестным оставался лишь один фактор — японский флот. Американцы не предполагали, что он решится на выход в море до их высадки на Минданао или Лусоне. Однако Нимиц надеялся, что высадка на Лейте все-таки вынудит японцев выйти в район к востоку от Филиппин, откуда им будет очень трудно вернуться в свои базы.