Первые успехи Хэлси привлекли внимание публики, но лишь высшее командование и участники операции знали о сверхсекретном рейде, которым он командовал в апреле 1942 года. Речь идет о бомбардировке Токио армейскими бомбардировщиками, взлетевшими с авианосца «Хорнет». Операция требовала отваги, и Хэлси обладал ею в полной мере. Опять процитируем Спрюэнса: «Я не беспокоюсь, пока нахожусь в море вместе с Биллом Хэлси. Там, где появляется он, все идет нормально, если ему дают немного инициативы». Спрюэнс был прав. Подняв флаг на «Энтерпрайзе», Хэлси привел свои 2 авианосца в точку в 620 милях от берегов Японии и поднял 16 бомбардировщиков В-25 «Митчелл», которыми командовал подполковник Джеймс Г. Дулитл. 18 апреля они бомбили Токио и позднее совершили аварийную посадку в Китае.

Не приходится удивляться тому, что напряженная служба с момента нападения на Пирл-Харбор подорвала здоровье Хэлси. В конце мая он слег с тяжелой формой экземы, которая была настолько сильна, что Хэлси не мог спать. Адмирал Нимиц, командующий Тихоокеанским флотом, не имел иного выбора, как отправить его в госпиталь — накануне эпохальной битвы при Мидуэе! Неспособный командовать авианосцами в этом бою, Хэлси выбрал в качестве замены Спрюэнса — не летчика! — и передал ему свой штаб, включая Майлса Браунинга. Точно измерить вклад штаба Хэлси в эту грандиозную победу невозможно, но его роль, несомненно, была одной из решающих.

После лечения в Штатах Хэлси выздоровел и в октябре вернулся на пост командующего Авианосными силами. Он ждал, что ему придется вести «Энтерпрайз» и «Хорнет» на помощь морской пехоте, отчаянно пытавшейся удержаться на острове Гуадалканал в юго-западной части Тихого океана. Однако после прибытия Хэлси получил неожиданный приказ сменить вице-адмирала Роберта Ли Гормли на посту командующего силами Юго-Западной части Тихого океана. Его жажда боя делала такой выбор вполне естественным, так как нужно было развеять ореол отчаяния и неудач, окружавший Гормли. Однако возвышение до командующего театром военных действий привело Хэлси на берег — в Нумеа на острове Новая Каледония. Вдобавок, все американские авианосцы были либо потоплены, либо ремонтировали полученные в боях повреждения, и Хэлси был вынужден полагаться только на базовую авиацию.

Не тратя времени даром, Хэлси сумел переломить ход событий, хотя это стоило ему многих кораблей и больших потерь в людях. В первый же месяц его командования произошли бой у островов Санта-Крус и титаническая многодневная битва возле Гуадалканала. Тщательно взвесив шансы, Хэлси бросил в бой буквально все — до последнего корабля и последнего человека, чтобы решить исход битвы за Гуадалканал. Позднее он писал: «Лишь один из принципов морской стратегии был выжжен в моих мозгах: самая лучшая оборона — мощное наступление. Лорд Нельсон выразился очень удачно: «Ни один капитан не поступит неправильно, если подведет свой корабль вплотную к неприятельскому». Именно этот наступательный дух вселил уверенность в дрогнувших было солдат и матросов. Хотя союзники еще не выиграли битву за Гуадалканал, после победы в морском сражении в середине ноября ее исход был предрешен.

Хэлси был вознагражден тем, что получил звание полного адмирала. Это был его звездный час. Он полностью оправдал доверие Нимица. Хэлси воспользовался ситуацией, чтобы еще больше укрепить моральный дух своих войск. Он предсказал поражение Японии в 1943 году и во время посещения войск произнес знаменитую речь, которая была предельно краткой: «Убивайте япошек, убивайте япошек, убивайте больше япошек!»

Упорство Хэлси сыграло решающую роль в консолидации позиций союзников на юге Соломоновых островов, особенно после того, как в начале 1943 года японцы эвакуировались с Гуадалканала. Воздушные бои шли днем и ночью. Японцы посылали свои самолеты на юг с большого аэродрома в Рабауле. Так как у американцев было слишком мало авианосцев, Хэлси старался не подставлять под удары базовой авиации то, что имел: отремонтированные «Саратогу» и «Энтерпрайз» и 3 эскортных авианосца типа «Сэнгамон». Он всегда исповедовал осторожную тактику, и сейчас использовал базовую авиацию (флота, армии, морской пехоты, австралийскую и новозеландскую), чтобы вырвать господство в воздухе у японцев. Это была тяжелая кампания на истощение, в которой американская тактика, техника, качество подготовки летчиков и практика смены уставших ветеранов принесли им полную победу.

В качестве главнокомандующего театром военных действий и силами Южной части Тихого океана Хэлси был обязан заниматься планированием контрнаступления против японцев. Он также должен был руководить одним из трех направлений. Начиная с лета 1943 года, его войска начали наступление на Соломоновых островах в направлении Рабаула. Войска генерала Дугласа продвигались вдоль побережья Новой Гвинеи, а флот Нимица наступал в центре Тихого океана. Из-за размеров театра кампания на Соломоновых островах требовала тщательного взаимодействия между видами вооруженных сил. Адмирал Кинг, главнокомандующий американским флотом и начальник Морского генерального штаба, хотел, чтобы у Хэлси был не столь вздорный начальник штаба, как капитан 1 ранга Майлс Браунинг. Наконец Кинг и Хэлси согласились отдать эту должность контр-адмиралу Роберту Б. Кэрни, который получил это звание после высадки на Нью-Джорджии в июне, где он командовал эскадрой крейсеров. Кэрни был полной противоположностью Хэлси — спокойный, методичный мыслитель, который служил отличным противовесом своему увлекающемуся начальнику. Кэрни оказался настолько важен в качестве начальника штаба Хэлси, что Кинг в конце войны отказал ему в назначении на пост командира какой-либо эскадры, заявив: «Вы останетесь там до тех пор, пока Хэлси может сражаться».

Успех кампании на Соломоновых островах продемонстрировал стратегическую гибкость Хэлси. После 6 недель тяжелых боев была захвачена Нью-Джорджия. Хэлси принял совет своего штаба и обманул японцев, обойдя следующий остров Коломбангра. Вместо этого в середине августа ценой минимальных потерь был захвачен остров Велья-Лавелья. Совершенно аналогично, чтобы избежать затяжной и дорогостоящей кампании на сильно укрепленном острове Бугенвилль на севере Соломоновых островов, Хэлси предложил нейтрализовать южную оконечность острова воздушными атаками и одновременно высадиться на западном побережье в бухте Императрицы Августы. Как и обход Коломбангры, идея этого маневра родилась в «департаменте грязных штучек» штаба, который создал Хэлси, чтобы вывести японцев из равновесия. Но при этом приходилось соглашаться на риск сильных воздушных и морских контратак японцев из Рабаула.

Десантники Хэлси высадились на берег Бугенвилля 1 ноября 1943 года. Группа прикрытия отогнала японскую эскадру из 4 крейсеров и 6 эсминцев, которая попыталась сорвать высадку. После этого японцы собрали в Рабауле 6 крейсеров, чтобы нанести новый удар по десантной эскадре. Хэлси последовал совету штаба и приказал контр-адмиралу Тэду Шерману нанести удар по японской базе самолетами «Саратоги» и нового легкого авианосца «Принстон». Авианосцы прикрывали истребители с береговых баз. План сработал отлично. Самолеты Шермана так повредили японские крейсера во время атаки 5 ноября, что они отошли на Трук. После этого лишь японские самолеты пытались атаковать десантные силы, но успеха не имели.

Стиль командования Хэлси хорошо действовал на Соломоновых островах, благодаря его тактической гибкости и способности плодотворно работать вместе с МакАртуром, который уважал его как боевого командира. Нейтрализация Рабаула как морской базы позволила Хэлси нейтрализовать его и как воздушную базу. С декабря 1943 по февраль 1944 года Рабаул был окружен кольцом американских аэродромов на соседних островах. Всего этого удалось добиться, несмотря на сложные взаимоотношения в цепи командования. Хэлси приходилось действовать под стратегическим руководством МакАртура как главнокомандующего силами Юго-Западной части Тихого океана, в то время как морские силы подчинялись Нимицу, как командующему Тихоокеанским флотом и главнокомандующему силами Тихоокеанского района. Однако разногласия между Хэлси и МакАртуром и Нимицем возникали редко. Единственный серьезный спор между ними начался, когда возник вопрос: кто именно будет отвечать за постройку базы на островах Адмиралтейства — МакАртур или Нимиц? Тогда Хэлси обвинил МакАртура в том, что он хочет захватить контроль над этой базой по политическим соображениям — чтобы достичь Филиппин раньше Нимица. МакАртур отступил, однако Объединенный Комитет Начальников Штабов (ОКНШ) все-таки отдал базу ему.