Наружно страсти улеглись. Через два года к Матрене посватался молодой шляхтич Чуйкевич, и Кочубей, по обычаю, обратился за советом к куму. Мазепа ответил, что готов благословить брак крестницы, но рекомендовал судье не торопиться: в скором времени мы подыщем ей знатного пана, пообещал он. Эти слова окончательно убедили Кочубея, что Мазепа готовит измену. Дальнейшие действия Кочубея невозможно объяснить исключительно жаждой мести. Как показал под следствием поп Святайло, «Кочубей зело плакал и говорил, что из-за измены гетманской быть Украине под ляхами».

В 1707 году Кочубей отправил в Москву попа Святайлу, затем монаха Никанора с устными предостережениями: «Гетман Иван Степанович Мазепа хочет великому государю изменить и Московскому государству учинить пакость великую». Делу хода не дали, только взяли Кочубея на заметку как «злосеятеля». Видя, что проку от таких посланцев мало, Кочубей отправил своего друга, бывшего полковника Искру, к российскому полковнику Федору Осипову с сообщением о готовящейся измене. Просили Осипова передать эти сведения на самый верх, дабы друзья Мазепы не предупредили гетмана.

Но Мазепа все равно об этом проведал, написал Петру, что его снова оклеветали.

Гетман попытался сам схватить Кочубея и Искру, но те успели сдаться полковнику Осипову, и таким образом их «дело» рассматривали царевы люди в Витебске. Кроме Кочубея и Искры под следствием находились поп Святайло, монах Никанор, еще один гонец — выкрест Петр Яценко, сотник Кованько и еще несколько человек, оказавшихся в курсе дела. Полковник Осипов был вне подозрений и выступал как свидетель.

Дознание вели канцлер Головкин и вице-канцлер Шафиров. Они не были «заплечных дел мастерами», занимались преимущественно дипломатией, но следствие вели, как положено. Сначала сняли показания с Кочубея. Генеральный судья Украины выдвинул против Мазепы обвинения по 33 пунктам. Все они были правдой, а если в чем-то и не соответствовали действительности, то это было искренним заблуждением Кочубея. Главное, он сообщал о переговорах Мазепы с неприятелем и даже называл связных — иезуита Зеленского и графиню Дольскую. Кроме того, Кочубей сообщал, что гетман окружил себя поляками, что держит для своей охраны 300 сердюков — наемников из иностранцев, что препятствует бракам и другим родственным отношениям украинцев с русскими; что укрепления городов пришли в упадок и не обновляются; что гетман отбирает маетности у семей заслуженных полковников и забирает их себе или дарит своим близким, в частности, села покойного полковника Солонины передал своей матери, игуменье Магдалине; что самовольно распоряжается войсковой казной, «берет из нее сколько хочет и дарит кому и сколько хочет». Значительная часть обвинений содержала высказывания Мазепы в присутствии разных лиц, в которых открыто или иносказательно говорилось о намерении изменить. К сожалению, почти все пункты не подкреплялись доказательствами. Правда, Кочубей предъявил стихотворное сочинение Мазепы — «Думу», в которой автор сетовал на разобщенность украинцев, на то, что они служат то «поганым», то ляхам, то Москве, а в завершение писал:

но смысл этого призыва представлялся неопределенным.

Роковую роль в «деле Кочубея» сыграл 14-й пункт обвинений. Кочубей свидетельствовал: Мазепа в своей гетманской столице Батурине узнал, что к нему едет государь. Мазепа заподозрил, что царь хочет его захватить и увезти в Москву, поэтому собрал своих сердюков для обороны.

Головкин и Шафиров сверили обвинения Кочубея с показаниями Искры и других «фигурантов». В проклятом 14 пункте обнаружилось расхождение. Искра, рассказывая о батуринском эпизоде полковнику Осипову, малость сгустил краски. По его словам выходило, что Мазепа намеревался захватить Петра и выдать шведам либо убить. На очной ставке Кочубей и Искра стояли на своем, потому что изменить показания означало признаться в клевете, тем более что речь шла о покушении на государя! Такое существенное расхождение в показаниях давало следователям законное основание применить пытку.

Однако решающим обстоятельством в этом деле явилось доверие Петра к Мазепе. Царь писал следователям о доносителях: «…чаю в сем деле великому их быть воровству и неприятельской подсылки». Судьбы Кочубея и Искры были предрешены. К ним применили пытку — секли кнутом, а кнут палача рассекал кожу и мясо до костей. Искра отрекся от своих слов еше до бичевания, но ему все-таки дали десять ударов. Кочубей понял, что его дело проиграно, и попытался хотя бы спасти семью от полного разорения. Он написал признание, что «чинил донос на него, на гетмана, за домовую свою злобу, о которой, чаю, известно многим». И перед подписью своею вывел: «…погубитель дому и детей своих». Ему дали пять ударов, минимальное количество, но и это едва не погубило 68-летнего судью. Бичевали также попа Святайлу и сотника Кованько. Когда их сняли с дыбы и положили на рогожи (чтобы кровь не пачкала пол), сотник сказал попу:

— Отче Иване! Яка московская плеть сладкая. Купить бы жинкам в гостинец.

— А чтоб тебя! — простонал поп. — Мало разве тебе спину исписали?

По царскому указу Кочубея и Искру приговорили к смерти и выдали гетману для показательной казни. Перед казнью Мазепа приказал еще раз пытать Кочубея, чтобы тот выдал, где спрятаны его деньги и ценное имущество. Кочубея жгли каленым железом всю ночь перед казнью, и он рассказал, где спрятаны деньги и кто ему должен. Эти «кровавые деньги» поступили в сокровищницу гетмана. 14 июля 1708 года безвинным страдальцам отрубили головы.

Мазепа тогда натерпелся страху, но в результате почувствовал себя даже увереннее, чем прежде. Он расправился с опаснейшими врагами, а царь еще раз доказал свою приязнь: «…клеветникам на тебя, ложно наветующим, никакая вера не дается».

Оставались считанные месяцы до измены Мазепы — Петру, России, Украине и украинцам.

…Обезглавленные тела Кочубея и Искры были переданы родственникам и погребены в Киево-Печерской лавре. Впоследствии на гробовом камне высекли надпись:

В 1708 году Карл XII начал наступление на Россию. До этого он добился больших успехов в Европе: занял часть Польши, включая Варшаву, а в Германии захватил Саксонию. Курфюрст Саксонии и одновременно король Польши Август лишился польской короны и заключил со шведами мир. Карл посадил на польский трон своего ставленника Станислава Лещинского. Отказалась от продолжения борьбы со шведами и Дания. Россия осталась один на один с грозным врагом. Положение России казалось молодому царю настолько тяжелым, что он подписывался — «печали исполненный Петр».