Прибывший к армии 17 августа новый главнокомандующий был вынужден следовать плану своего предшественника и отступать, дав генеральное сражение на подступах к Москве, у Бородина.

Надо отдать должное Барклаю: несмотря на то что отношения с Кутузовым у него сразу же не сложились (рассказывали даже, что Михаил Илларионович не считал нужным сообщать командующему 1-й армией о своих распоряжениях), он не самоустранился, а активно работал для подготовки решительного сражения. Позднее Кутузова долго обвиняли в ошибочности сосредоточения под Бородином большей части сил на лучше защищенном природой правом фланге. Там находилась и 1-я армия Барклая. Михаил Богданович предлагал главнокомандующему иную расстановку сил: «Князю Кутузову было предложено под вечер при наступлении темноты переместить армию так, чтобы правый фланг 1-й армии сместился влево до высоты Горки, а левый примыкал к деревне Семеновское. Тогда как вся 2-я армия сдвинулась бы на Старую Смоленскую дорогу. Сие движение не переменило бы боевого порядка, каждый генерал имел бы при себе собранные свои войска; резервы наши, не начиная дела, могли быть сбережены до последнего времени, не будучи рассеяны, и может быть, решили бы сражение. Князь Багратион, не будучи атакован, сам бы с успехом ударил на правый фланг неприятеля. Для прикрытия же нашего правого фланга, защищаемого уже местоположением, достаточно было бы построенных укреплений, 8 или 10 батальонов пехоты, 1 кавалерийского корпуса и казачьих полков 1-й армии. Князь од обривал, по-видимому, сию мысль, но она не была приведена в действие». Так описал свою задумку о «предупреждении неприятеля» сам Барклай.

В канун Бородина он почти не спал. Всю ночь писал и задремал только перед рассветом, запечатав написанное в конверт и спрятав его в карман сюртука… На следующий день он командовал правым крылом и центром русских войск, закрывавших кратчайший путь на Москву по Новой Смоленской дороге. Здесь размещались 204 пушки. Принято считать, что Кутузов стремился заставить Наполеона атаковать в лоб на узком, трехкилометровом пространстве своего более слабого левого фланга, где местность затрудняла быстрый фланговый маневр. Большинство историков полагают, что в случае серьезной угрозы для этого крыла русской армии он надеялся использовать войска Барклая как резерв и перебрасывать их в нужном направлении. С этой целью Кутузов приказал построить мосты, переходы через ручьи и овраги. Однако в ходе сражения задумка реализовалась далеко не полностью. К тому же, занимая удобную оборонительную позицию, укрепленную двумя мощными батареями (в 24 и 48 орудий), правофланговые 30-тысячные войска Милорадовича, Багговута и Остермана-Толстого наступать сами не могли, так как перед ними находилась сильно пересеченная местность. Они были плотно построены и оказались под прицельным огнем французской артиллерии.

Одетый в вышитый золотом генеральский мундир, при всех орденах и звездах, Барклай проявил большое мужество и искусство в управлении войсками. Он очень вовремя вывел из-под удара столь любимый им лейб-гвардии Егерский полк, отчаянно оборонявший Бородино от превосходящих сил врага и уже очень сильно потрепанный.

В критический момент сражения Барклай-де-Толли собрал для защиты Курганной высоты элиту своих войск: Преображенский, Семеновский, Конногвардейский и Кавалергардский полки. Лично водя в атаку кавалерийские корпуса, Барклай появлялся в самых опасных местах в центре русской позиции. Казалось, он искал смерти. Под ним было убито пять лошадей. Семь из восьми сопровождавших его адъютантов были убиты или серьезно ранены. Сам Барклай дважды едва не был захвачен в плен польскими уланами. Ценой своей жизни его спасали молодые свитские офицеры. К концу того ужасного дня его почерневший от пороховой гари парадный мундир был забрызган кровью с головы до ног. Барклай писал императору: «26 августа не сбылось мое пламенное желание: Провидение пощадило жизнь, которая меня тяготит».

До Бородина войска отказывались приветствовать Барклая, считая его главным виновником отступления, равносильного для них поражению. Теперь, видя его спокойствие, энергию и бесстрашие, они восторженно приветствовали его, как бы инстинктивно поняв свою прежнюю неправоту. Барклай стал настоящим героем генерального сражения, он единственный среди генералов получил от императора орден Св. Георгия 2-й степени.

После Бородина Барклай продолжал упрямо отстаивать необходимость стратегического отступления. Именно ему Кутузов приказал оценить все плюсы и минусы выбранной Беннигсеном позиции на берегу Москвы-реки между Филями и Воробьевыми горами для последнего, решающего сражения под стенами старой столицы. Методичный Михаил Богданович сделал подробный анализ, показал главнокомандующему рисунок позиции, который произвел на «старую лисицу севера» сильное впечатление. «Он ужаснулся, выслушав меня», – писал позднее Барклай. Все штабные офицеры, с которыми консультировался Кутузов, были того же мнения. На военном совете в Филях Барклай высказался категорично и по делу. Он раскритиковал выбранную Беннигсеном позицию: уж очень она походила на позицию под Фридландом. Он подал голос за оставление Первопрестольной в целях спасения армии и предложил отступить на Владимирскую дорогу, чтобы сохранить сообщение с Петербургом.

Неизвестный художник. Бородинское сражение. Первая четверть XIX в.

Именно ему Кутузов поручил руководить прохождением русских войск через Москву и выводом их к селу Тарутино. Миссия в глазах обывателя не престижная и весьма двусмысленная. Жители едва не растерзали Барклая на улице, и только умелые действия его адъютанта А. А. Закревского, вовремя обнажившего шпагу, отпугнули толпу.

В личном письме жене Барклай писал: «Чем бы дело ни кончилось, я всегда буду убежден, что я делал все необходимое для сохранения государства, и если у его величества еще есть армия, способная угрожать врагу разгромом, то это моя заслуга. После многочисленных кровопролитных сражений, которыми я на каждом шагу задерживал врага и нанес ему ощутимые потери, я передал армию князю Кутузову, когда он принял командование в таком состоянии, что она могла помериться силами со сколь угодно мощным врагом. Я ее передал ему в ту минуту, когда я был исполнен самой твердой решимости ожидать на превосходной позиции атаку врага, и я был уверен, что отобью ее. …Если в Бородинском сражении армия не была полностью и окончательно разбита – это моя заслуга, и убеждение в этом будет служить мне утешением до последней минуты жизни».

В том же письме Барклай признался в тяжелой моральной обстановке вокруг себя. После назначения Кутузова на пост главнокомандующего Александр I подписал еще один указ – об увольнении Барклая с должности военного министра. Поэтому Кутузов мог свободно игнорировать советы предшественника. Разногласия случались и в ходе Бородинского сражения, и после него, достигнув апогея во время отступления из Москвы. 1-я и 2-я армии оказались слиты в одну, и генерал Барклай попал в двусмысленное положение. Формально сохраняя пост, он был фактически отстранен от управления войсками. После того как Барклай узнал, что Кутузов в своем письме Александру I обвинил его в сдаче Смоленска и плачевном состоянии войск, хладнокровие наконец изменило ему. В конце сентября он написал прошение об отставке, сославшись на нездоровье: «Я твердо решился лучше впасть в бедность, от которой я не избавился во время моей службы, нежели продолжать службу… Я надеюсь, однако, что беспристрастное потомство произнесет суд с большей справедливостью». Михаил Богданович отправился в Калугу, затем через Петербург поздней осенью прибыл в свою деревню в Лифляндии. Там он составил «Записку», отправленную императору, в которой еще раз доказывал правоту своих действий.