2 ноября на почтовом судне он добрался до Монтевидео, 4-го был на «Бигле», узнал, что отплытие откладывается, отправил Генсло «хлам», 14-го выехал в Колония-дель-Сакраменто, город на северном берегу Ла-Платы. Проехал несколько городов, по пути скупая черепа и кости, 26-го был в Монтевидео, где его подобрал «Бигль». 6 декабря экспедиция отправилась в Патагонию — часть Южной Америки, расположенную к югу от рек Риоколорадо в Аргентине и Био-Био в Чили (иногда к ней причисляют и Огненную Землю). До 1881 года она никому не принадлежала, населяли ее индейцы, славившиеся исполинским ростом. 23 декабря «Бигль» зашел в бухту Желание, 9 января 1834 года встал в бухте Сан-Хулиан, искали пресную воду, не нашли, озера были соленые, и в них жили чудные насекомые. На мысе Грегори увидели патагонцев: «Наполовину цивилизованы и соразмерно с этим испорчены». Провели там неделю. Почти все записи того периода — о животных: там встречаются такие, тут эдакие, и явно прослеживается какая-то связь между животными и растениями, куда одно, туда и другое, в этом есть смысл, но какой? Quien sabel Отплыли к Фолклендам и 12 февраля вновь увидели огнеземельцев.

Миссия была разгромлена. Цивилизованные туземцы одичали. Джемми, впрочем, женился и выглядел довольным. (В 1859 году снова была предпринята попытка организовать британскую миссию, миссионеров убили, предводительствовал убийцами, как считалось, Джемми. Один из его сыновей впоследствии был вывезен в Англию.) «Их навыки можно сравнить с инстинктами животных, потому что они не совершенствуются опытом: челнок, самое замысловатое их создание, как он ни убог, оставался тем же в последние 300 лет… Хотя они такие же существа, как мы, но как мало похож их ум на ум цивилизованного человека… Откуда они взялись? С сотворения мира пребывают в одном и том же состоянии?» У них нет даже собственности — это и отсутствие вождей «должно надолго задержать их развитие. Как животные, которых инстинкт заставляет жить обществами и слушаться вожака, наиболее способны к усовершенствованию, так и человеческие племена». (Дарвин также писал о людоедстве огнеземельцев, за что его критиковали, в том числе его соотечественник У. Сноу, побывавший на Огненной Земле в 1855 году.)

16 марта «Бигль» встал на якорь в заливе Баркли возле острова Восточный Фолкленд. Чарлз получил письмо от Генсло: его коллекции производят фурор. Никого не ловил, только смотрел: «Корморан играл пойманной рыбой. Восемь раз подряд птица выпускала свою добычу, затем ныряла за ней и, несмотря на большую глубину, каждый раз выносила ее на поверхность. В зоологических садах я видел, как выдра так же играла с рыбой — почти как кошка с мышью; я не знаю другого примера, когда бы Природа проявляла такую жестокость. В другой день, расположившись между пингвином и водой, я получил большое удовольствие, наблюдая за его повадками. То была отважная птица: пока она не добралась до воды, она вела со мной продуманное сражение и заставляла отступать». 6 апреля отплыли к реке Санта-Крус, где «Бигль» встал на ремонт, а экспедиция 17 апреля на трех шлюпках пошла вверх по реке. Берега реки понижались ровными ступеньками, Чарлз читал их, словно книгу, и видел, как нынешняя суша, когда-то покрытая морем, постепенно подымалась из воды. Шлюпки тащили против течения на себе, Чарлз не возражал дойти до конца реки, но 5 мая Фицрой приказал повернуть назад. 8-го воротились на «Бигль», три дня простояли, Чарлз застрелил лисицу, пуму и кондора — то была его предпоследняя охота. 12 мая двинулись через Магелланов пролив в бухту Голода. Там Чарлза очаровало растение, на вид унылое и скучное, — водоросль Macrocystis pyrifera. Но она давала жизнь мириадам существ. Термина «экосистема» Дарвин не знал, но явление описал поэтично и точно.

«Если встряхнуть корни, из них посыплется куча мелкой рыбешки, моллюски, каракатицы, раки, морские ежи, морская звезда, прекрасные голотурии, планарии и ползающие нереиды… Эти огромные подводные леса южного полушария я могу сравнить только с наземными лесами тропических областей. И все-таки если бы в какой-нибудь стране уничтожить лес, то не думаю, чтобы при этом погибло такое количество видов животных, как с уничтожением этой водоросли. Среди листьев этого растения живут рыбы многих видов, которые в другом месте не найдут себе ни пищи, ни убежища; с их уничтожением погибнут также кормораны и другие питающиеся рыбой птицы, выдры, тюлени и дельфины; наконец, дикари-огнеземельцы, жалкие господа этой жалкой страны, среди которых с новой силой вспыхнут каннибальские пиршества, уменьшатся в числе и, быть может, вовсе исчезнут с лица земли». Он верно предсказал результат, хотя ошибся в причине. Водоросль не погибла, но когда европейцы, чилийцы и аргентинцы стали осваивать Огненную Землю, с ними пришли болезни, к которым аборигены не имели иммунитета; огнеземельцы почти вымерли.

8 июня пошли по каналу Магдалины, пейзаж мрачный: «Неприступные горы и мощные силы природы презирают власть человека и как бы говорят: "Мы здесь владыки"». 28 июня «Бигль» остановился в порту Сан-Карлос на острове Чилоэ у побережья Чили — отныне он будет курсировать у побережья больше года. Срок возвращения в Англию давно истек, и конца работе не было видно. Чарлз впервые почувствовал усталость, ссорился с Фицроем, писал, что из-за политики с капитаном невозможно общаться, только и слышишь о «подлых либералишках». Жаловался сокурснику Уитли: «Ах! Я вспоминаю прежние мечты: коттедж в зелени… Чувствую себя пленником… Когда (если) я вернусь, пожалуйста, цивилизуйте меня. Я еще помню, что был такой человек Рафаэль. Как прекрасно было бы снова увидеть тициановскую Венеру…» 23 июля в чилийском порту Вальпараисо встретил одноклассника из Шрусбери, торговца Корфилда, поселился у него. Получил почту: Генсло просил лучше упаковывать экспонаты, а то прямо в руках разваливаются. 14 августа Чарлз отправился в очередной конный поход — исследовать подножия Анд.

Чили стало независимо от Испании в 1810 году, благодаря рудникам было более развито, чем другие латиноамериканские государства. Все здесь было иное, даже гаучо. Чарлз бранил аргентинских гаучо, но после общения с ними сам вообразил себя романтическим ковбоем, и унылые чилийские ковбои ему не нравились: «Гаучо не настоящие; умеют ходить и карабкаться по скалам; не джентльмены; не имеют такого вида, будто родились в седле; едят хлеб и картошку». «Люди здесь другие; общественные различия, слуга не хотел есть вместе со мной; за все надо платить». Посещал медные и золотые рудники. «Мои исследования возбуждали удивление чилийцев; мне долго не удавалось убедить их, что я ищу не руду…

Я обнаружил, что легче всего объяснить им мое занятие, спрашивая, почему они сами не интересовались причиной землетрясений и извержений, или отчего одна весна жаркая, а другая холодная, или почему в Чили горы, а в провинциях Ла-Платы нет ни одного холма. Эти простые вопросы заставляли умолкнуть большую часть любопытных; но некоторые (как и кое-кто в Англии, кто отстал лет на сто) считали подобные изыскания бесполезными и нечестивыми, полагая достаточным объяснение, что так уж сотворено Господом».

Анды свидетельствовали, что континент поднимается, геолог торжествовал, зоолог скучал: фауна скудна. «Путевой дневник», 5 августа: «Недостаточное количество видов животных объясняется тем, что с тех пор, как эта страна поднялась из моря, ни одно животное не было здесь сотворено». 20 сентября Чарлз захворал, в деревне Навидад чуть отлежался, но 27-го вернулся к Корфилду совсем больным. Болезнь была непонятная, сам он винил молодое вино. Сейчас предполагают, что именно тогда его в первый раз укусило кровососущее насекомое бенчука, переносчик болезни Чагаса (Карлос Чагас — бразильский врач, в 1907 году открывший ее возбудителя — трипаносому). Попадая в кровь, трипаносома может довести до инвалидности: хроническая усталость, тошнота, желудочный дискомфорт, бессонница, озноб, нарушение сердечной деятельности.