ST-113 22 июля 1941 года передали 14- й эскадрилье, а затем машину передавали то в одну, то в другую авиационную часть. В конце 1941 года «Шторьх» прошел капитальный ремонт и получил камуфляж. На верхней стороне камуфляж состоял из пятен черного и защитного цвета, а на нижней стороне – из сплошной голубой заливки. 26 октября 1944 года самолет разбился в тумане, а 2 декабря его списали. К этому моменту он налетал 1331 час 40 мин.

Первые четыре Fi-156А-1 прибыли в Испанию в составе легиона «Кондор» в конце гражданской войны. После завершения войны машины передали испанским ВВС. В 1939-1940 гг. Испания закупила еще семь самолетов серии С-1, но об их применении ничего не известно. В 1945 году испанские «Шторьхи» получили обозначение L.16, а в 1956 году обозначение снова изменили на L.6. Один самолет, переданный в испанские владения в Гвинее, получил обозначение G.6. В 1946 году самолету присвоили гражданский портовой номер ЕС-ААХ. В 1951 году самолет отправили на слом. Другая машина попала в распоряжение главной дирекции гражданской авиации и до 60-х годов летала под бортовым номером EC-ADM.

В начале 1940 года представитель Японии предложил 67 500 марок за три Fi-156, а также 150 000 за лицензию на выпуск самолета в Японии. Ни одно из этих предложений не было удовлетворено. Тем не менее, фирма «Ниппон Кокусай Коку Когё» создала свой аналог «Шторьха», получивший название Ки-67 («Стелла»). Самолет был оснащен девятицилиндровым 310-сильным звездообразным двигателем «Хитачи Ха- 42».

Лишь 28 апреля 1941 года из Германии в Японию отправился первый «Шторьх». Это был второй прототип (D-1DVS), который обслуживали два сотрудника фирмы «Мессершмитт АГ» Гельмут Каден и Вилли Штёр. 14 июня 1941 года самолет совершил четыре полета с аэродрома Ханеда, а спустя четыре дня его перегнали на аэродром Тачикава, где подвергли всесторонним испытаниям. Вскоре профессор Тацуо Микки из университета в Осаке разработал проект самолета «наблюдения» «Te-Го» для армии, представлявший собой копию «Шторьха». Фирма «Кобэ Сейкосё КК» построила два прототипа, которые вскоре погибли в ходе американского налета.

Этот Fi 156C-2 был полностью доработан до стандарта С-5, путем установки мотора Аргус As 10Р мощностью 270 л.с.и удлиненных выхлопных патрубков и подфюзеляжного топливного бака емкостью 83 л. Разведчики Вермахта занимались поиском уцелевших деревень, где могли разместиться войска. Разумеется, при отступлении немцы постарались сжечь все, что уцелело.

ICAR Fi-156C-2, YR-INE, «107», построенный по лицензии в Кратове, 1946 год.

В 1941 году Югославия закупила в Германии 24 самолета серии С-2, из которых большинство попало в состав связных эскадрилий 701, 702, 703 и 704. В момент нападения Германии в апреле 1941 года югославская авиация располагала по меньшей мере пятнадцатью «Шторьхами», находившимися в оперативных (фронтовых) частях. Еще несколько машин находилось в составе армейской авиации. Один из армейских «Шторьхов», принадлежавший 5-й авиагруппе III армии сумел 8 апреля перелететь в Грецию вместе с группой из пяти «Breguet Х1Х/8». В тот же день самолет вернулся в Югославию, где был уничтожен вместе с большинством других югославских «Шторьхов». Подробности неизвестны. В руки гитлеровцев попали всего два целых самолета. По-видимому, именно их передали хорватам.

Перед началом войны Германия вместо самолетов Ju 87 и Do-215 предложила Румынии Fw-58, Go-145A и Не-112В. Разумеется, такой подход укреплению дипломатических отношений не способствовал. Поэтому Германия решила загладить свою вину и уже в 1940 году неожиданно предложила Румынии передать ей часть своих трофеев. Кроме того, Румыния получила предложение на 30 Не-111Н-3, около пятидесяти Bf- 109Е-3 и Е-4, пять Fi-156С-1 и десять Fi-156С-2. После победы над Францией, Германия значительно усилила свои позиции и теперь могла диктовать свои условия. В ноябре 1940 года Румыния стала одной из стран Оси и приняла делегацию люфтваффе, насчитывавшую 4869 солдат и офицеров. Делегация основное внимание посвящала вопросам разработки нефтяных месторождений в районе Плоешти, и только для соблюдения приличия участвовала в процессе модернизации румынских королевских ВВС.

«Шторьх» очень легко трогался с места. Особенно на лыжах. Два техника удерживают Fi 156С-5 за хвост, пока его мотор не наберет полные обороты, необходимые для взлета с коротким разбегом. Видны полосы сдутого струей воздуха от винта белого камуфляжа на верхней поверхности крыла.

Fi 156D-I, производившийся одновременно с модификацией С, предназначался для санитарных целей и использовался YVustennotstaffeln (спасательными эскадрильями). Он имел по правому борту большой люк, открывающийся в бок. Самолёт мог брать на борт одного раненого на носилках и сопровождающего. Если сопровождающего не было, то в кабине размещалось две пары носилок. Машина модификации D-1/Trop была дополнительно оснащена противопыльным фильтром, увеличенным маслорадиатором и комплектом для выживания в пустыне. Санитарный Fi 156D-I легко узнать по дополнительному треугольному окну в задней части кабины. Вместо снятого пулемета установили узлы крепления для пары носилок. Красный крест обычно наносился на борта фюзеляжа, верхнюю и нижнюю поверхности крыла и, иногда, на киль.

Первый Fi-156 появился в составе румынских ВВС в ноябре 1940 года. Это была машина серии С-1, ставшая личным самолетом маршала Антонеску. Стоит добавить, что к 1942 году Германия удвоила цены на свои экспортные самолеты, что заставило Румынию подумать о покупке лицензии. Четыре следующие «Шторьха» попали в Румынию с апреля 1941 по апрель 1942 года в рамках контракта, заключенного военным министерством Румынии (Ministrul de Razboi) и Германией. Самолеты получили румынские номера от 1 до 5. Тем временем началась доставка десяти С-2 с номерами от 6 до 15. С апреля 1942 года начались поставки первых машин из серии в 14 Fi-156С-3. В 1943 году Румыния получила еще семь самолетов, а в 1944 – шесть (16-28, 30). «Шторьхи» поступили на вооружение четырех связных эскадрилий румынских ВВС: 111-я и 114-я эскадрильи 2-го авиакорпуса, действовавшего в Запорожье, а также 113-я и 115-я эскадрилья 1-го авиакорпуса. Кроме того, «Шторьхи» поступили в 108-ю санитарную эскадрилью, оснащенную в основном самолетами RWD-13.

Если раненному не требовался сопровождающий, то третье кресло с Fi 156D-1 снимали, и появлялась возможность разместить еще одни носилки. Панель и окно полевому борту «Шторьха» могли откидываться, облегчая погрузку носилок.