Как обращает внимание Э. Милтон, одним из важнейших вопросов церковной политики в правление первых Стюартов было отношение королевской власти к английским католикам, поскольку это влияло на ситуацию в церкви Англии. Якова I беспокоила главным образом политическая сторона католицизма и доктрина о праве папы свергать королей, и он поощрял те антикатолические сочинения, которые теоретически противостояли этой идее в католицизме. Свою внутреннюю и внешнюю политику Яков I не хотел жёстко связывать с антикатолицизмом. Он обдумывал возможность предоставления фактической веротерпимости (но не веротерпимости de jure) умеренной части католиков, которые соглашались принести клятву верности монарху. В практической политике Яков I всегда старался проводить различие между умеренными деятелями и радикальным меньшинством, которое только и представляло обычно политическую угрозу, чтобы отделить умеренных католиков от закоренелых и убедить умеренных подчиниться существовавшему в стране режиму.

В 1604 г. Яков I нетерпимо относился к рекузантам, чтобы парламент был доволен и утвердил договор об объединении с Шотландией и необходимые королю субсидии. Убийство в 1610 г. католиками французского короля Генриха IV усилило страх Якова I перед покушением на его жизнь со стороны католиков и, как считают, даже способствовало выдвижению убежденного антипаписта Джорджа Эббота в сан архиепископа Кентерберийского. Но после 1613 г. Яков I попал под влияние испанского посла Гондомара и других тайных папистов при дворе, и в 1617 г. уже шли переговоры об испанском браке принца Карла. Яков I мотивировал свою большую терпимость к католикам также тем, что это, по его мнению, могло облегчить положение протестантов в католических странах. В последние годы правления у него усилилось недовольство пуританами, и король благоприятствовал группе авангардистских конформистов, хотя при этом антинаписты по-прежнему преобладали среди королевских капелланов и среди придворных проповедников. Яков I полностью всё же не отошел в последние годы жизни и от антинапистских настроений — вывод об этом Э. Милтон делает на основе того, что в 1622 г. король принял личное участие в дискуссии с иезуитом Фишером.

Карл I, как и его отец, в своих практических действиях по отношению к католикам руководствовался фискальными и политическими соображениями. При Карле I даже усилилось финансовое давление на английских католиков. Тем не менее, по конфессиональным мотивам католиков беспокоили меньше, их редко заставляли приносить клятву верности монарху, а королевский двор отличался беспрецедентной терпимостью по отношению к католикам. Но, как считают исследователи, всё это не означает, что Карл I колебался в своей приверженности к протестантизму. При этом король получал несомненное удовольствие от культурного общения с католиками в своем окружении, и это, в сочетании с влиянием католички-жены, создавало в Англии атмосферу, в которой стало возможным более мягкое отношение к разногласиям с Римом и даже разговоры о воссоединении с Римом. В представлении лодианцев, на которых стал опираться в церковной политике Карл I, антикатолицизм уже не был какой-то позитивной формой религиозных верований, а рассматривался, скорее, как основа для потенциально подрывной по своим последствиям деятельности. Это не означало, что группировка Лода без тревоги воспринимала обращения в католицизм, существование рекузантов. По мнению сторонников Лода, отстаиваемый ими больший церемониализм в церкви был одним из возможных способов соблазнить рекузантов к переходу в церковь Англии. Пуританское невнимание к вопросам ритуала рассматривалось лодианцами как препятствие в обращении католиков.

После утверждения протестантизма в Англии одним из символов безусловной протестантской ортодоксии для церкви Англии, как отмечают многие исследователи, стало отождествление папы с антихристом. Эта идея появилась в примечаниях к женевской Библии и в книге Джона Фокса, что способствовало её распространению. Церковь Англии не приняла этот тезис формально как положение своей доктрины и не утверждала, что его признание необходимо для спасения человека, но этой доктрины в церкви Англии придерживались и умеренные кальвинисты из числа сторонников епископальной формы управления церковью, и пуритане, и многие из числа тех, кого называли арминианами.

Ряд историков обращали внимание на изучение антикатолических настроений в Англии в первые десятилетия XVII в. Постоянная озабоченность необходимостью борьбы с католицизмом отличала не только духовных лиц, но была характерна также для депутатов парламента, мировых судей в графствах. Рациональная основа антипапизма в Англии, считает Э. Милтон, состояла в служении нескольким важным целям. Прежде всего, ненависть к папизму рассматривалась как позитивное проявление принадлежности к тем, кто исповедует истинную религию. Для пуритан повышенное чувство отвращения к папизму было одним из признаков избранности. Как отмечает Э. Милтон, для пуританизма было характерно иоляризированное мировосприятие, готовность придавать провиденциальное и пророческое значение конфликтам в мирской жизни. Истинная, с пуританской точки зрения, церковь в земной жизни всегда должна была находиться в состоянии перманентной войны с силами тьмы, поэтому конфликт с римско-католической церковью был неизбежен. Такие идеи, считает Э. Милтон, в начале XVII в. были не чужды многим конформистам.

Страх перед папизмом способствовал также активизации работы но катехизации. Многие катехизисы по содержанию было ярко выражено антипапистскими, и включали разделы о том, что говорить протестанту во время спора с католиком. Протестанты в Англии опасались прозелитической активности католиков — историки находят свидетельства обращения англичан в католицизм под влиянием католической полемической литературы. Как отмечает Э. Милтон, в жизни церкви Англии обвинение своих соперников в папизме стало также превращаться в полемическую тактику, направленную на подрыв позиции соперничающей фракции в борьбе за власть и влияние.

Идентификация папы с антихристом сыграла большую роль в понимании церковной истории английскими протестантами. Апокалиптическая традиция утвердилась в английской протестантской историографии и стала способом репрезентации истории среди английских протестантов. Они использовали также текст из Откровения 18:4 — божественное повеление покинуть Вавилон, или быть осуждённым за его грехи, что стало оправданием Реформации в ответ на обвинения со стороны Рима в том, что протестанты совершили акт схизмы. Доктрина о папе как антихристе, считает Э. Милтон, исключала возможность достижения веротерпимости для католиков в Англии. Стал развиваться своего рода «апокалиптический национализм», в котором высоко оценивалась особая эсхатологическая роль Англии в итоговом разгроме антихриста и особо подчеркивалась роль благочестивого набожного правителя в этой борьбе. Такие идеи были характерны в первую очередь для пуритан, но они были распространены и среди конформистов. Этот взгляд с присущим ему дуализмом Э. Милтон связывает с влиянием кальвинистского учения о предопределении.

Но, критикуя Рим как церковь антихриста, пуритане переходили к критике внешних черт сходства англиканской церкви с католической церковью. Такие идеи несли потенциальную угрозу для существования в Англии всеобъемлющей национальной протестантской церкви. В правление Якова I и Карла I сдержанность умеренных пуритан в использовании апокалиптической терминологии и образов возрастала по мере того, как происходила радикализация протестантской апокалиптической традиции, и многих английских богословов, особенно сторонников епископальной формы церковного управления, начинал беспокоить рост милленаристских настроений, особенно в 1620-е гг.