Представители США и Великобритании желали, чтобы все условия капитуляции подписал Бадольо, с соблюдением определенной церемонии. Каннингхэм предложил, чтобы сценой для подписания исторического документа послужил один из линейных кораблей соединения «Н» Эйзенхауэр согласился и поручил адмиралу сделать необходимые приготовления. Первоначально Каннингхэм намеревался поднять флаг на своем прежнем корабле «Роднее», но поразмыслив хорошо, решил, что местом церемонии все-таки должен стать «Нельсон», флагманский корабль адмирала Уиллиса.

В церемонии подписания со стороны победителей приняли участие Эйзенхауэр со своим начальником штаба Беделлом Смитом, подчиненные ему три английских командующих родами войск Алексаитер, Теддер и Каннингхэм, губернатор Мальты лорд Горт, вице-адмирал Уиллис, представитель правительства Великобритании Гарольд Макмиллан, представитель правительства США Роберт Мэрфи. К полудню 29 сентября все- перечисленные персоны собрались на борту «Нельсона». Бадольо, де Коуртон и другие итальянские представители прибыли еще раньше. Их встретил караул морской пехоты и вся команда «Нельсона», построенная на палубе. После приема и представления официальные лица спустились в адмиральскую каюту. Эйзенхауэр и Беделл Смит остались с Бадольо наедине, и некоторое время обсуждали условия капитуляции. Затем в присутствии всех остальных были поставлены подписи под документом, вошедшим в историю как «Долгосрочные условия». К разочарованию Каннингхэма, вопрос о распределении итальянского военного флота в тот день так и не был решен. Позднее, уже без его участия, к соглашению Каннингхэма — де Коуртона были добавлены дополнительные пункты, которые его отнюдь не обрадовали.

Между тем, из Англии уже неоднократно поступали известия о том, что здоровье первого морского лорда Дадли Паунда резко ухудшилось. Паунд вместе с Черчиллем принял участие в конференции в Квебеке. Во время заседаний премьер-министр обратил внимание, что глава военно-морского ведомства выглядит необычно подавленным и тихим. Несколько дней спустя первый морской лорд зашел к Черчиллю и объяснил, что с ним случился сильный приступ. Правая сторона лица Паунда была парализована. Некоторое время все надеялись, что ему полегчает, но вместо этого адмиралу становилось все хуже. Отставку Паунда Черчилль принял незамедлительно. Теперь ему предстояло найти нового первого морского лорда.

«Было бы ложной скромностью пытаться утверждать, будто эта проблема не касалась меня лично самым непосредственным образом». - писал Каннингхэм, — «он (Паунд. — Д.Л.) неоднократно задавал мне вопрос, не соглашусь ли я заменить его на этом посту. Но я всякий раз настойчиво уговаривал его остаться». Действительно, Каннингхэм являлся наиболее очевидной кандидатурой на пост первого морского лорда. Он был самым старшим флагманом по званию и по выслуге лет на всем британском флоте. Ни один английский адмирал в плавсоставе не имел таких боевых заслуг. Поэтому морской министр Э.В.Александер практически без раздумий назвал Черчиллю кандидатуру Каннингхэма.

Однако у премьера на этот счет имелись свои соображения. Черчилль хотел бы видеть на этом посту Брюса Фрэйзера, командующего Флотом Метрополии. 9 сентября 1943 года он написал Александеру: «Я очень тщательно обдумал вопрос о преемнике Паунда, и я не сомневаюсь, что нам следует предложить этот пост адмиралу Фрэйзеру. Каннингхэм — офицер старой школы, существовавшей еще до появления авиации. Эта эпоха ушла с Паундом безвозвратно. Нам же следует идти вперед с более молодыми людьми».

Однако когда Фрэйзера вызвали из Скапа-Флоу и предложили кресло первого морского лорда, он, к большому изумлению и разочарованию Черчилля, не раздумывая, отказался. Конечно, Фрэйзер политично оговорился, что будет служить там. куда его пошлют, но в данный момент он считает Каннингхэма более подходящей кандидатурой. «Думаю, что я пользуюсь доверием моей эскадры, по Каннингхэм пользуется доверием всего флота. Я еще даже не дал пи одного сражения. Если я когда-нибудь потоплю „Шарнхорст“, я, возможно, почувствую себя более уверенно».

За время военных действий на Средиземном море в конце 1942 — первой половине 1943 гг. не раз складывались ситуации, как, например, в заливе Салерно, для разрешения которых требовалось умелое руководство и способность принимать быстрые и верные решения. Каннингхэм полностью подтвердил свою репутацию военного руководителя крупного масштаба. Но Черчилль все еще сомневался и с большим нежеланием уступил мнению морского министра и военных моряков.

Возможно, премьер-министру не хотелось иметь дело с человеком, обладавшим таким жестким и непреклонным характером. В неопубликованном дневнике Каннингхэма есть запись от 19 февраля 1946 года о его беседе с Э.В.Александером о сентябрьских событиях 1943 года. Последний рассказал, что «…Черчилль совершенно очевидно опасался, что мой приход в Адмиралтейство будет означать проведение слишком независимой линии. Дав окончательное согласие, он сказал: „Получайте своего Каннингхэма, но если Адмиралтейство не станет выполнять то что ему говорят, я разгоню ваш Совет, даже если мне придется уйти вместе, с ним“! Приятно было узнать, что некоторые из моих средиземноморских посланий дошли до родины». Хотя, возможно, Черчилль искренне считал, что из Фрэйзера получился бы лучший первый морской лорд, чем из Каннингхэма.

28 сентября Каннингхэм получил радиограмму от премьер-министра с известием о том, что обсуждается вопрос о замене Дадли Паунда и просьбой прибыть в Англию для консультаций. На следующий день на борту «Нельсона» командующий флотом сказал Эйзенхауэру, что ему, возможно, придется отбыть в Англию, и спросил, не возражает ли он против этого. Эйзенхауэр сразу же объявил, что если Каннингхэму предложат пост первого морского лорда, ему непременно следует согласиться.

1 октября Каннингхэм прибыл в Лондон и отправился прямиком в Адмиралтейство для встречи с морским министром. Он пообщался со всеми членами Совета Адмиралтейства, а также с теми командующими флотами и соединениями, которых ему удалось застать в Лондоне. Каннингхэм прекрасно отдавал себе отчет, что служебный стол не то поле деятельности, где он чувствовал себя наиболее уверенно. Тем не менее, все горячо убеждали его принять пост первого морского лорда: «…Как ни жаль мне было покидать Средиземное море я чувствовал, что должен идти в Адмиралтейство, если весь флот считает, что мне следует занять этот пост». После встречи с премьер-министром вопрос был решен окончательно и бесповоротно. 5 октября в прессе появилось официальное сообщение о назначении адмирала флота Эндрю Брауна Каннингхэма первым морским лордом Великобритании.

7 октября адмирал отбыл в город Алжир, чтобы сдать командование Средиземноморским флотом. Накануне окончательного отъезда Каннингхэма в Англию Эйзенхауэр устроил в его честь парад союзных войск, которые промаршировали мимо отеля «Сент-Жорж», где размещался штаб ВВС. 14 октября адмирал вылетел в Лондон с аэродрома Мэйзон Бланш. Его провожали лично Эйзенхауэр, английские, американские, французские генералы и адмиралы, офицеры штаба Средиземноморского флота, почти все командиры кораблей и соединений. «Я был очень тронут, в горле стоял комок, как это обычно бывает от нахлынувших глубоких чувств, поэтому мне было очень непросто сказать слова прощания всем моим преданным друзьям и товарищам. Мы вместе пережили трудные времена, но победили, несмотря ни на что. Я отбывал, прослужив второй срок на посту командующего Средиземноморским флотом, и я знал Средиземное море лучше, чем любое другое место в мире. Я покидал свои любимые корабли и отважных людей, которые их водили. Я испытывал щемящую тоску».