Поначалу царь не придал особенного значения аресту студентов. Когда «во избежание преувеличенных толков» граф Толстой попросил разрешения напечатать особое извещение, царь на докладе написал резолюцию: «Совершенно одобряю и вообще желательно не придавать слишком большого значения этим арестам. По-моему, лучше было бы, узнавши от них все, что только возможно, не предавать их суду, а просто без всякого шума отправить в Шлиссельбургскую крепость — это самое сильное и неприятное наказание. Александр».

2 марта Д. А. Толстой представил «проект правительственного сообщения»: «1 сего марта на Невском проспекте около 11 часов утра задержаны три студента Санкт-Петербургского университета, при коих по обыску найдены разрывные снаряды. Задержанные заявили, что они принадлежат к тайному преступному сообществу, а отобранные снаряды по осмотру их экспертом оказались заряженными динамитом и свинцовыми пулями, начиненными стрихнином». Это сообщение Александр III признал «совершенно достаточным».

Следствие выяснило, что в 1886 году в Петербурге возникла террористическая группа «Народной воли», организатором которой стал студент Петербургского университета Александр Ильич Ульянов. В группе было около полутора десятка человек — преимущественно студенты университета. 1 марта 1887 года они подготовили покушение на Александра III. Однако полиция уже наблюдала за одним из заговорщиков — Андреюшкиным и через него вычислила других членов группы. Всех их немедленно арестовали.

5 марта на стол императора легло новое донесение министра внутренних дел:

«Дальнейшим расследованием обстоятельств дела, о разрывных снарядах, задержанных 1-го сего марта, выясняется, что еще 3-го января было предложено Генералову принять участие в покушении на жизнь Государя Императора и приготовить квартиру, в которой можно устроить склад для выделки разрывных снарядов.

В конце января Генералов, по поручению тех же лиц, склонил Андреюшкина, уже раньше принимавшего участие в приготовлении, взять на себя роль метальщика, и только в 20-х числах февраля состоялось знакомство Генералова и Андреюшкина с третьим метальщиком Осипановым.

По словам Генералова, упорно отказывающегося назвать имена, он имел сношение по этому делу с тремя лицами, которые представляли из себя так называемую террористическую фракцию и в действительности руководили приготовлениями к преступлению. Лица эти потому не приняли на себя роли исполнителей, говорит Генералов, что неудобно ходить по Невскому со снарядами людям, находящимся под наблюдением полиции.

Сопоставляя изложенные сведения с прочими данными, надлежит прийти к заключению, что во главе преступного предприятия стояли студенты: Шевырев, Говорухин и Ульянов, из которых последние двое в действительности находились под наблюдением полиции. Образ действий названных трех лиц приводит к тому же заключению: Шевырев выехал из Петербурга в половине февраля, Говорухин скрылся, оставив письмо о самоубийстве, а Ульянов, в первых числах февраля, нанялся учителем к земской акушерке Ананьевой, проживающей во 2-м Парголове. Прожив у Ананьевой два дня, Ульянов вернулся в Петербург, а между тем разные химические препараты, служащие для выделки взрывчатых веществ, направлялись на его имя во 2-е Парголово, через посредство Новорусского — жениха дочери акушерки Ананьевой.

Студент Пилсудский, который в г. Вильно свел прибывшего за азотной кислотой Канчера с «Антоном», показал, что «Антон» есть бывший ученик железнодорожного училища Антон Гнатовский. Для задержания его и расследования по г. Вильно вчера выехали туда товарищ прокурора и жандармский офицер.

Участие в набивке снарядов динамитом студента Лукашевича подтверждает и мещанин Волоков, приходивший вместе с Канчером в квартиру Ульянова».

Затем Толстой ознакомил императора с протоколом допроса Александра Ульянова, составленным 4 марта, сразу после ареста. Показания его были такими:

«Я признаю свою виновность в том, что, принадлежа к террористической фракции партии «Народной Воли», принимал участие в замысле лишить жизни Государя Императора.

Участие мое выразилось в следующем: в феврале этого года, в точности времени определить не желаю, я приготовлял некоторые части разрывных метательных снарядов, предназначавшихся для выполнения этого замысла, а именно: часть азотной кислоты для приготовления динамита и часть белого динамита, количество которого определить отказываюсь; затем я приготовлял часть свинцовых пуль, предназначавшихся для заряжения снарядов, для чего я резал свинец и сгибал из него пули, но стрихнином пуль не начинял.

Потом мне были доставлены два жестяные цилиндра для метательных снарядов, которые я набил динамитом и отравленными стрихнином пулями, также мне доставленными; перед этим я приготовил два картонных футляра для снарядов и оклеил их коленкоровыми чехлами. В каком состоянии были в это время запалы снарядов, я не припомню. По набивке этих снарядов, я их возвратил.

Собственно фактическое мое участие в выполнении замысла на жизнь Государя Императора этим и ограничивалось, но я знал, какие лица должны были совершить покушение, т. е. бросать снаряды. Но сколько лиц должны были это сделать, кто эти лица, кто доставлял ко мне и кому я возвратил снаряды, кто вместе со мной набивал снаряды динамитом, я назвать и объяснить не желаю; в приготовлении третьего снаряда я не участвовал и его у себя не хранил; мне известно, что всех снарядов было три, по крайней мере, я не слышал, чтобы было больше снарядов. Ни о каких лицах, а равно ни о называемых мне теперь Андреюшкине, Генералове, Осипанове и Лукашевиче никаких объяснений в настоящее время давать не желаю.

Точно времени, назначенного для выполнения покушения, я определить не могу, а сделать это приблизительно в настоящее время отказываюсь».

Императору доставили «Программу террористической фракции партии Народной Воли», написанную лично Александром Ульяновым. В ней были высказаны требования, необходимые «для обеспечения политической и экономической независимости народа и его свободного развития». Первая резолюция, которую поставил на ней царь, гласила: «Это записка даже не сумасшедшего, а чистого идиота».

«…Террор, — говорилось в программе, — должен действовать систематически и, дезорганизуя правительство, окажет огромное психологическое воздействие: он поднимет революционный дух народа, подорвет обаяние правительственной силы и подействует пропагандистским образом на массы. Фракция стоит за децентрализацию террористической борьбы: пусть волна красного террора разольется широко и по провинции, где система устрашения еще более нужна, как протест против административного гнета…»

Первой задачей «Народной воли» было убийство Александра III. В представлении революционеров царь был главой реакции и его смерть могла не только порадовать свободолюбивую Россию, но и содействовать проведению новых форм государственной жизни.

1 апреля всем обвиняемым по делу о подготовке покушения на императора было вручено обвинительное заключение.

Особое присутствие Правительствующего сената 15 апреля вынесло приговор. Пятеро обвиняемых — П. И. Андреюшкин, В. Д. Генералов, В. С. Осипанов, П. Я. Шевырев и А. И. Ульянов — были приговорены к повешению. Остальные осуждены на разные сроки каторги и ссылки.