Потопив транспорт, «Атлантис» 10-узловым ходом ушел на рандеву со своими призами. Вечером того же дня радисты перехватили сигналы с «Хеленуса» — еще одного судна компании Холта. Оно находилось где-то поблизости и постоянно вызывало «Аутомедон». Однако к счастью для англичан, вахтенный офицер не стал будить Рогге. Встреча с «Тедди» состоялась 13 ноября. Так как дизельного топлива на нем было мало, то Рогге решил потопить норвежский танкер. С него забрали все ценное, выкачали 500 т соляра и на следующий день потопили подрывными зарядами. РВМ раскритиковало действия капитана-цур-зее, отметив, что груз «Тедди» очень пригодился бы другим рейдерам, но при этом само и пальцем не пошевелило, чтобы организовать подобную акцию. 15-го «Атлантис» обнаружил в условленном месте и «Оле Якоб». Рогге решил отправить танкер в Японию, где его груз мог оказаться востребованным. Он назначил командиром штурмана капитан-лейтенанта Каменца, который после прибытия в Японию, должен был направиться в Берлин с копиями КТБ рейдера и документами, захваченным на «Аутомедоне». Кроме призовой команды, на борту находились норвежцы из экипажей самого «Оле Якоба» и «Тедди». Танкер ушел 16 ноября и 6 декабря бросил якорь в Кобэ.[8]Немецкий военно-морской атташе в Японии контр-адмирал Пауль Веннекер организовал обмен бензина с танкера на равное количество нефти и гидросамолет. Кроме этого японцам были переданы копии секретных документов с «Аутомедона», в том числе план обороны Сингапура. Информация оказалась настолько ценной, что впоследствии Бернхарду Рогге по рескрипту японского императора Хирохито был дарован самурайский меч. Кроме командира «Атлантиса» такой чести из немецких военных удостоились еще только двое — рейхсмаршал Герман Геринг и фельдмаршал Эрвин Роммель.

Разобравшись с призами, Рогге решил дать отдых команде, пополнить запасы свежей пресной воды и провести ремонт «Атлантиса». Для этих целей он выбрал пустынные острова Кергелен, принадлежавшие Франции. Рейдер двигался в юго-западном направлении до 1 декабря, пока радисты не перехватили сообщение с другого вспомогательного крейсера — «Пингвин» — о том, что тот направляет в Европу призовой танкер «Шторштадт» с дизельным топливом и пленными. Рогге немедленно связался с Берлином и попросил организовать встречу. Рандеву было назначено в точке «Тульпе» (34°47′ ю.ш./59°55′ в.д.), расположенной в 900 милях к юго-востоку от Мадагаскара. Рейдеры встретились 8 декабря. Командир «Пингвина» капитан-цур-зее Эрнст-Феликс Крюдер стал первым немцем не из команды «Атлантиса», ступившим на его палубу впервые за более чем триста дней плавания. Вечером пришел и «Шторштадт». Тут же началась перекачка 1670 т топлива, закончившаяся с наступлением новых суток. В обратную сторону передали продовольствие и свежую воду. Тем временем экипажи обменивались визитами. На следующий день радисты получили поздравительную телеграмму, подписанную гросс-адмиралом Редером. В ней говорилось, что 7 декабря капитан-цур-зее Бернхард Рогге был награжден Рыцарским крестом. Вечером «Пингвин» продолжил плавание. На следующие сутки «Атлантис» расстался и с танкером, на который к этому времени перевели 124 пленных. Еще два моряка с рейдера пополнили призовую команду «Шторштадта». 11 декабря РВМ передало очередной приказ о награждении моряков Железными крестами. Торжественную церемонию провели в тот же день.

14 декабря на горизонте показались туманные вершины гор Кергелена. Вначале на берег отправилась десантная партия из девяти человек под командованием лейтенанта Мора. Они обследовали поселок французских китобоев в бухте Порт-Кувре залива Газелле и нашли его пустынным и заброшенным еще с 1936 года. Местом для стоянки Рогге выбрал небольшую бухточку, являвшуюся ответвлением залива. Однако когда корабль входил в узкий проход, то напоролся носовой часть на одинокую скалу, торчавшую из грунта словно игла. Пробоина пришлась как раз в то место, где находился один из резервуаров с пресной водой. Спустившийся под воду водолаз доложил о том, что повреждения, по его мнению, очень серьезные, если даже не безнадежные. После этого Рогге и старший механик обер-лейтенант-цур-зее Вильгельм Кильхорн сами отправились под воду. Их оценка оказалась не столь пессимистичной. Командир приказал как можно больше разгрузить носовую часть. Авральные работы продолжались более двух суток, в результате чего рейдер осел на корму на 8,5 градусов. Утром 16-го было предпринято три попытки сойти с камня, дав полный ход, но они оказались тщетными. Однако судьба явно благоволила Рогге и «Атлантису» — внезапно пришедшая с океана большая пологая волна одним движением освободила корабль.

Стоянка в бухте Газелле продолжалась двадцать шесть дней. За это время удалось полностью устранить повреждения корпуса, а также отремонтировать и перебрать двигатели. Цистерны полностью наполнили свежей пресной водой. Изменился и облик рейдера. Теперь он маскировался под норвежский сухогруз «Тамезис» компании Вильгельмсена: с верхней надстройки удалили крышу, передвинули дефлекторы вентиляторов, укоротили мачты, перекрасили надстройку и расширили трубу. В итоге корабль выглядел более приземисто, чем на самом деле. Вся команда смогла некоторое время размять ноги на берегу, поохотится на кроликов и уток, а также немного отдохнуть от корабля и общества друг друга. Булла на гидросамолете каждый день вылетал на разведку, исследуя с воздуха острова и близлежащие воды. Кроме этого немцы отметили Рождество, во время празднования которого еще 15 человек получили Железные кресты 2 класса, и наступление нового, 1941 года. Однако сочельник оказался омраченным трагическим случаем со старшим матросом Бернхардом Германом, упавшим на палубу во время покраски дымовой трубы. Он получил тяжелые переломы бедренных костей обеих ног и скончался 29 декабря.[9]

10 января «Атлантис» покинул угрюмый и пустынный Кергелен. Теперь ему предстояло действовать к северу от Мадагаскара. Добравшись в нужный район, рейдер приступил к охоте. Гидросамолет постоянно совершал разведывательные вылеты, и наконец 23-го, когда HSK-2 находился где-то на полпути между Мадагаскаром и южной оконечностью Индии, пилоты заметили неопознанное судно, находившееся в 60 милях к северу. Подняв «Хейнкель» на борт, рейдер полным ходом пошел в указанном направлении, и через некоторое время на горизонте показалось густое черное облако дыма. «Атлантис» описал широкую циркуляцию, оказавшись почти за кормой неизвестного, и стал его нагонять. Но на «торговце» также заметили немецкий корабль, и в полном соответствии с указаниями британского Адмиралтейства изменили курс. Рогге решил не рисковать и совершить нападение ночью. Однако, в расчетной точке жертвы не оказалось и нападение пришлось отложить до утра. Как только рассвело, гидросамолет вновь отправился в полет и обнаружил транспорт в 25 милях к северу. Тогда Рогге приказал летчикам атаковать его с воздуха и попытаться оборвать антенну. В помощь «Хейнкелю» в качестве своеобразной плавучей базы был придан моторный баркас с запасом топлива и запчастями. С первого же раза, зайдя со стороны солнца, Булла сумел оборвать подвешенным на тросе шлюпочным якорем растяжку радиоантенны. На втором заходе немцы сбросили две 50-кг бомбы, а в третьем обстреляли палубные надстройки и рубку из пулемета. В ответ капитан британского сухогруза «Мэндасор» (5144 брт, 1920 г.), принадлежавшего ливерпульской «Т. & Дж. Броклбэнк & Ко», Э. Хилл приказал натянуть аварийную антенну, приготовить зенитный пулемет и дать полный ход. Тут на горизонте показался «Атлантис» и гидросамолет, на котором кончились боеприпасы, направился к своей «базе». Англичане сумели восстановить радиосвязь и в эфир полетели сигналы о нападении. В полдень, когда дистанция сократилась до 7800 метров, «Атлантис» дал полный залп правым бортом. Снаряды легли мимо, но уже следующие поразили цель, и радио перестало работать. Всего рейдер потратил 61 150-мм снаряд, попав восемью из них. В результате, среднюю часть сухогруза охватил сильный пожар, а шестеро из 82 членов команды погибло. «Мэндасор» направлялся из Калькутты в метрополию через Дурбан. На его борту находилось 2000 т чугуна, 1800 т чая и немного джутового волокна. Абордажная команда забрала с горящего судна документы, свежую провизию, ящики с консервами, оружие и в 16.26 потопила его подрывными зарядами. Затем «Атлантис» направился на розыски гидросамолета и катера, которые находились в 25 милях от места потопления транспорта, обнаружив их только с наступлением сумерек. Выяснилось, что «Хейнкель» опрокинулся при посадке, а на катере отказал мотор. Так как гидросамолет починке не подлежал, пришлось его потопить, и «Атлантис» остался без «воздушного глаза».