В начале 1813 года на подкрепление к нему из Италии прибыл корпус генерала П. Пренье. К середине апреля войска вице-короля с боями отступили в район Магдебурга, откуда в конце месяца двинулись к Лейпцигу, на соединение с Наполеоном, прибывшим в Германию во главе новой армии. 8 мая Богарне занял Лейпциг. Здесь он получил приказ императора немедленно отправиться в Италию и сформировать там новую Итальянскую армию. 18 мая Богарне был уже в Милане. Через два с половиной месяца приказ Наполеона был выполнен.

Вновь сформированная армия насчитывала около 53 тыс. человек и 130 орудий. Организационно она состояла из 3 пехотных корпусов, кавалерийской дивизии (1,8 тыс. сабель) и королевской гвардии (2,5 тыс. человек). Большую часть личного состава Итальянской армии составляли французские войска (из 7 пехотных дивизий 5 были французские). Большим недостатком вновь сформированной армии являлось то, что она в основном была укомплектована молодыми и плохо обученными новобранцами, не имеющими никакого боевого опыта.

С окончанием летнего перемирия и переходом Австрии на сторону 6-й антифранцузской коалиции боевые действия возобновились. На Итальянском театре военных действий они начались в конце августа 1813 года. Австрийцы направили в Италию 70-тысячную армию под командованием генерала И. Гиллера. Она вторглась в Иллирийские провинции и 31 августа на реках Драва и Сава вошла в боевое соприкосновение с Итальянской армией Евгения Богарне. Сразу же по всему фронту завязались упорные бои. Молодые, необстрелянные солдаты вице-короля оказали достойное сопротивление противнику. Несмотря на свое значительное превосходство, австрийцам долго не удавалось сломить их сопротивление. Более того, они потерпели поражения при Россеке, Виллахе (Филлахе) и Фестрице. Но в конце концов численное и, главное, качественное (значительную часть австрийской армии составляли кадровые, хорошо обученные дивизии) превосходство противника все же дало о себе знать. К австрийцам подошли подкрепления, и теперь они имели уже двукратное численное превосходство над войсками Итальянской армии. Увидев, что перевес склоняется к австрийцам, союзники французов кроаты (хорваты) и словенцы стали переходить на сторону противника и сдавать ему одну за другой свои крепости и укрепленные позиции. В создавшейся обстановке Богарне был вынужден оставить Иллирийские провинции и отступить к границе Итальянского королевства, закрепившись на рубеже реки Изонцо. Этот выгодный для обороны рубеж он удерживал в течение месяца. Несколько попыток австрийцев прорвать оборону Итальянской армии на реке Изонцо фронтальным ударом закончились неудачей.

В октябре 1813 года обстановка для французов резко ухудшилась. Наполеон в «битве народов» под Лейпцигом потерпел сокрушительное поражение и с остатками своей разбитой армии поспешно отступал за Рейн. Бывшие союзники один за другим изменяли ему и переходили на сторону его врагов. В середине октября тесть Евгения Богарне, Максимилиан Баварский, тоже изменил Наполеону и присоединился к 6-й антифранцузской коалиции. Баварские войска повернули оружие против своих недавних союзников — французов. Воспользовавшись этим, главнокомандующий австрийскими войсками в Италии генерал И. Гиллер решил обойти с севера армию Евгения Богарне. Оставив на реке Изонцо часть своих войск (25 тыс. человек), он с главными силами двинулся через контролируемый баварцами Тироль в обход левого фланга Итальянской армии. Это заставило вице-короля в конце октября оставить свою позицию на реке Изонцо и начать отступление к реке Адидже. Его войска отходили в полном порядке, давая в случае необходимости отпор преследовавшему их противнику. Отступив на 170—200 км к западу, они в начале ноября заняли оборону по рубежу реки Адидже. К этому времени Итальянская армия насчитывала 40 тыс. человек и 80 орудий. Французы продолжали удерживать оставшуюся в тылу противника Венецию, которую оборонял 11-тысячный гарнизон (в том числе 3 тыс. моряков) с 336 орудиями.

Воодушевленные столь глубоким отходом противника австрийцы попытались было активизировать свои действия. Но Богарне быстро отрезвил их, нанеся ряд коротких, но сильных контрударов. В результате их 12 ноября при Бассано был разгромлен авангард австрийской армии (усиленная бригада генерала Экгардта).

15 ноября при Кальдиеро вице-король с 11 тысячами разгромил главные силы левофлангового корпуса австрийской армии (18 тыс. человек; генерал Радивоевич). Австрийцы потеряли в этом бою 2,5 тыс. человек, французы — около 500 человек. Затем австрийцы понесли новое поражение — при Ровередо (Роверето). Упорные бои на восточном берегу Адидже продолжались всю вторую половину ноября и в течение всего декабря. Все это время штаб-квартира вице-короля находилась в Вероне. Таким образом, намерение австрийского командования преодолеть реку Адидже сходу успехом не увенчалось. Войска Итальянской армии остановили противника на подступах к этой водной преграде. Настойчивые попытки австрийцев сломить упорное сопротивление франко-итальянских войск восточнее реки Адидже ни к чему не привели. Недовольный действиями Гиллера австрийский гофкригсрат (высший придворный военный совет) заменил его фельдмаршалом Г. Бельгардом (15 декабря 1813 года). Но его выбор оказался не совсем удачным. Новый австрийский главнокомандующий оказался человеком еще более осторожным, нежели его предшественник.

Тем временем поведение неаполитанского короля Мюрата становилось все более подозрительным. Стремясь любой ценой сохранить свой трон, он решил предать Наполеона и перейти на сторону его врагов. Но открыто и сразу изменить своему сюзерену Мюрат все же не отважился — свою измену он готовил постепенно, исподволь, выжидая развития событий. Его армия насчитывала около 34 тыс. человек (3 пехотных дивизии и гвардия — всего 30 батальонов и 16 эскадронов) и 50 орудий. Мюрат довольно продолжительное время под разными предлогами саботировал приказ Наполеона выступить на помощь Итальянской армии Богарне. Наконец, уступая категорическому требованию императора, он все же вынужден был в конце ноября 1813 года направить свои войска на север, в Ломбардию.

Неаполитанская армия выдвигалась в трех направлениях — на Флоренцию, Фано и Анкону. Но ее выдвижение проходило очень медленно: Мюрат явно не спешил на театр военных действий. Зато, занимая итальянские города, неаполитанцы сразу же устанавливали там свою власть. Но при этом Мюрат не переставал заявлять о своей верности Франции и Наполеону. 11 января 1814 года его войска заняли Болонью, а вслед за ними туда вступили австрийцы.

Войдя южнее реки По в соприкосновение с противником, неаполитанский король повел себя очень странно: он отказался вести против него боевые действия, сославшись на заключенное им в начале декабря перемирие с Австрией. Такая политика Мюрата серьезно озадачила вице-короля. Однако Наполеон и слышать не хотел о ненадежности своего зятя. Ему вообще казалась дикой сама мысль о возможной измене Мюрата, своего давнего боевого сподвижника, весьма скромного армейского офицера, не блиставшего никакими выдающимися дарованиями, кроме разве безрассудной храбрости на поле боя, которого он вознес на такую высоту, о которой простой смертный не мог и помышлять… И вдруг — такая черная неблагодарность! Нет, этого не может быть!… Тут что-то не то. Вероятнее всего, считал император, принц Евгений просто сгущает краски, стремясь выставить короля неаполитанского как можно в более неприглядном свете перед императором. Ему хорошо была известна взаимная неприязнь между приемным сыном и зятем, принадлежавшим к разным семейным кланам, уже давно враждовавшим между собой. Поэтому все настораживающие сигналы, поступавшие из Италии, Наполеон просто отвергал как не заслуживавшие внимания и более того, провокационные. Его аналитический ум, его холодный рассудок никак не могли воспринять всю совокупность накопившихся фактов и осознать реальность таковой, как она есть, а не такой, какую ему хотелось видеть.