Вскоре после возвращения из Западной Сибири он летал на север и с 20 по 22 августа вместе с Путиным посетил Соловки. Президент и Предстоятель вместе поклонились мощам основателей обители преподобных Зосимы, Савватия и Германа Соловецких в надвратном Благовещенском храме, посетили местный музей, откуда прошли в главный храм Соловецкой обители — Спасо-Преображенский собор.

Президент и Предстоятель осмотрели Соловецкие острова с воздуха, пролетев на вертолёте на остров Анзер — второй по величине остров архипелага, где находится Голгофо-Распятский скит, построенный на вершине горы, носящей название Голгофа. В страшные времена сюда привозили больных тифом и оставляли здесь умирать.

Возвратившись в монастырь, Патриарх и президент ответили на вопросы журналистов. Путин, находясь в особом состоянии духа, не стеснял себя правилами политеса, говорил так, как подобает говорить правителю великой России:

— Испокон веков нашу страну называли Святой Русью, и в это название прежде всего вкладывался большой нравственный смысл. В нём подчёркивалась особая роль, которую Россия взяла на себя добровольно как хранительница истинных христианских ценностей. Трудно не согласиться с теми, кто утверждает, что без Христианства, без Православной веры, без возникшей на их базе культуры вряд ли состоялась бы Россия. Поэтому сегодня, когда мы ищем нравственные основы нашей жизни, очень важно и своевременно возвратиться к этим первоистокам.

Вечером, в канун дня памяти преподобных Зосимы, Савватия и Германа Соловецких, в Спасо-Преображенском соборе Святейший совершил всенощное бдение. Путин, не стесняясь, молился, трепетно приложился к мощам Соловецких чудотворцев, подошёл к елеопомазанию. Предстоятель обратился к нему с отеческим словом:

— Ныне Соловецкая обитель в третий раз встречает главу государства Российского — после императоров Петра I и Александра I её посетил президент России Владимир Владимирович Путин. В последнее десятилетие двадцатого столетия, которое стало для нашего народа веком испытаний и тяжёлых потерь, на сломе эпох, на грани тысячелетий Господь призвал вас к ответственному служению на посту главы государства. Церковь наша молится и будет молиться о том, чтобы Господь дал вам силы, мужество и мудрость достойно совершать труды во благо России. Ныне вы, уважаемый Владимир Владимирович, посещаете святыни Севера Руси, и мы верим, что и основатели Спасо-Преображенской Валаамской обители, преподобные Сергий и Герман Валаамские, и святые первоначальники обители Соловецкой, преподобные Зосима, Савватий и Герман Соловецкие, будут вашими молитвенниками. Праведники, которые пострадали за веру на этом месте русской Голгофы XX века, и весь сонм новомучеников и исповедников Российских молятся за наше многострадальное Отечество.

Не прекращалась террористическая война против России, захватывались заложники, гремели взрывы. 19 августа на самом крупном астраханском рынке прогремел мощный взрыв, унёсший жизни восьми человек, покалечивший шестьдесят. А 11 сентября произошёл самый крупный теракт в современной истории. Не у нас. В благополучнее Америке!

Святейший Патриарх Алексий II выступил с заявлением, резко осудив совершённый чудовищный теракт. Он также направил соболезнование новому президенту США Джорджу Бушу-младшему. Увы, очень скоро американский президент воспользуется страшной сентябрьской трагедией для того, чтобы принести горе другим народам. В то время как Предстоятель Русской Церкви призывал к вере и милосердию, лидеры западного мира продолжали наращивать потенциал вселенского зла.

Во второй половине сентября Святейший вместе с митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом и игуменом Иларионом (Алфеевым) побывал в Армении на праздновании 1700-летия принятия армянами христианства. Перед собором Святого Эчмиадзина он участвовал в торжественном чине мироварения, в освящении храма Святителя Григория в Ереване и других мероприятиях.

В октябре 2001 года появилась надежда на то, что отношения с Русской Зарубежной Церковью сдвинутся с мёртвой точки. Митрополит Виталий (Устинов), яростный враг диалога с Московской Патриархией, уходил на покой. Его должен был сменить новый архипастырь. Патриарх Алексий направил братское послание членам Архиерейского Собора Русской Православной Церкви за границей, в конце которого звучали такие слова: «Печалью исполнены наши сердца оттого, что мы с вами, братия, православно исповедуя единую веру, не можем причаститься от единой Чаши и продолжаем находиться в плену исторически изжитого разделения».

В связи с начавшимся в Нью-Йорке Собором исполняющий обязанности секретаря Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата по межправославным связям и заграничным учреждениям Русской Православной Церкви протоиерей Николай Балашов 24 октября 2001 года дал интервью радиостанции «Маяк». Он озвучил некоторые «козыри», которые Московский Патриархат доселе держал в запасе против многочисленных обвинений, коими его дразнили зарубежники. В ответ на обвинения зарубежников в заигрывании с коммунистами отец Николай с благословения Патриарха Алексия II выложил очень сильный «козырь»:

— Русской Зарубежной Церкви были переданы все храмы и вся церковная собственность на территории Германии именно по причине лояльности руководства этой Церкви к нацистскому режиму. Известно послание тогдашнего главы Русской Зарубежной Церкви митрополита Анастасия Гитлеру, в котором церковный иерарх превозносит вождя нацизма. Давайте вспомним историю. Когда возникло Высшее Церковное Управление за границей, возглавлявший его митрополит Антоний (Храповицкий) говорил, что это временное учреждение, которое существует до тех пор, пока Россия порабощена безбожной властью. Когда же Церковь в нашей стране обретёт свободу, иерархи русского зарубежья принесут все свои деяния на суд Русской Церкви в Отечестве и Церковь решит, правильно ли они поступали в то время, когда пребывали вдали от родины. Однако теперь те, кто жил за рубежом, считают себя судьями над Церковью, пережившей тяжелейшие испытания в Отечестве. Эти претензии, конечно, не имеют никаких оснований. Тем не менее путь, который прошла Церковь в советской России в течение долгих десятилетий гонений, нуждается в детальном осмыслении. На этом пути были славные страницы мученичества, исповедничества многих иерархов, священников и простых мирян. Но на этом пути были, конечно, и ошибки, были, конечно, и измены, и предательства. Об этом надо сказать всю правду... Архиерейский Синод Зарубежной Церкви объявил, что главной задачей внеочередного Собора является избрание нового Предстоятеля, поскольку митрополиту Виталию, который в течение длительного времени являлся Первоиерархом, председателем Синода Зарубежной Церкви, исполнился 91 год, и 10 июля он заявил о своём намерении уйти на покой... и накануне Собора, как сообщают, митрополит Виталий выступил с заявлением, в котором предостерегал от какого бы то ни было сближения с «лже-церковью — Московской Патриархией». Думаю, что из-за своего преклонного возраста он не вполне осознает ситуацию в нашей стране и в Русской Православной Церкви. Но более молодые епископы, которые бывали в России, своими глазами видели возрождение церковной жизни, придерживаются другого мнения о том, как надо строить