Вторая чеченская война стала для Путина путёвкой в президентство. В августе 1999 года чеченские боевики, которых возглавлял Шамиль Басаев, предприняли попытку присоединить к Чечне Дагестан для создания единого сильного антироссийского фронта. Руководство по ведению военных действий со стороны России полностью легло на Путина как на секретаря Совета безопасности России. Он фактически отменил Хасавюртовские соглашения. 23 сентября начались бомбардировки Чечни и её окрестностей, а на следующий день Владимир Владимирович произнёс свою знаменитую фразу:

— Мы будем преследовать террористов везде. В аэропорту — в аэропорту. Значит, вы уж меня извините, в туалете поймаем, мы в сортире их замочим, в конце концов. Всё, вопрос закрыт окончательно.

Выбитые из Дагестана боевики отступили в Чечню, и в октябре федеральные войска начали наземную операцию уже на чеченской территории, взяли Гудермес, в декабре — Аргун, Урус-Мартан, Ханкалу и начали осаду Грозного. В январе 2000 года бандитов выбили из ещё одного важного стратегического пункта — райцентра Ведено.

Церковь во главе с Патриархом Алексием II полностью поддержала действия российского руководства в Чечне. Бойцам отсылалась большая гуманитарная помощь. В отличие от Первой чеченской войны солдаты и офицеры охотно надевали нательные кресты, образки, читали духовную литературу. Многие, прежде чем идти в бой, принимали таинство крещения.

В конце января 2000 года в Гудермесе под лозунгом «55 лет Победы. Современная армия — народный дух» состоялся выездной пленум Союза писателей России, поставивший целью восстановление писательской организации Чечни, упразднённой в начале девяностых. Святейший Патриарх благословил председателя Союза писателей России Валерия Ганичева на это благое дело и выступил с обращением к участникам пленума:

— Вы собрались на Кавказе, где гремят выстрелы, где горят сёла и города, где гибнут люди. Вы собрались там, где наша армия, исполняя свой долг, борется с бандитами, взрывающими дома и убивающими мирных жителей, пытающимися расчленить Отечество, отторгая от него земли, входящие в наше государство десятки и сотни лет. Эти бандиты похищают женщин, детей и стариков, граждан нашей страны и иностранцев. Они пытают и убивают ни в чём не повинных людей. Они превратили землю Чечни в средоточие средневекового вандализма, в темницу, куда пытаются заключить весь чеченский народ, всех людей, попадающихся им на пути. На территории нашей страны нет противостояния Православия и ислама. Однако новоявленные варвары решили прикрыть свою разбойничью деятельность религиозными лозунгами. Очаг бандитизма, безусловно, должен быть потушен... Русские писатели, как и русские воины, считали жертвенность служения стране и народу естественным условием жизни... Будем помнить, что армия сегодня сражается не с чеченским народом, а с бандитами, и это должен понять каждый солдат, каждый офицер и каждый житель Северного Кавказа... Верю, что писатели достойно продолжат традиции уважения и взаимопонимания между народами, принесут слово мира и надежды на Северный Кавказ и многострадальная чеченская земля снова будет цвести и плодоносить на благо всех людей, её населяющих.

Автор этой книги был участником того знаменитого пленума, выступал перед бойцами в Урус-Мартане, вместе с писателем Николаем Переясловым помогал священнику Ярославу Шипову крестить солдат и офицеров. И я помню, с каким трепетом мы слушали эти вдохновенные строки патриаршего послания.

В те же дни, когда проводился пленум, Шамиль Басаев, выводя своих головорезов из Грозного, нарвался на мину и ему оторвало ногу. В феврале успешное наступление Российской армии продолжилось, после взятия Грозного, Сержень-Юрта, Итум-Кале и Шатоя полномасштабная войсковая операция закончилась, началось добивание разрозненных банд. 29 февраля — 1 марта совершила свой беспримерный подвиг рота псковских десантников. В Аргунском ущелье девяносто солдат и офицеров противостояли двум с половиной тысячам боевиков и уничтожили полтысячи, но сами погибли почти все, выжило только шестеро. В марте после разгрома группировки боевиков в селе Комсомольское фактически завершилась активная боевая фаза Второй чеченской войны. В этих событиях виделся залог окончания многолетнего чеченского кошмара.

Предстоятель следил за ходом событий на Кавказе, продолжая заниматься своими непосредственными делами. Тем временем подошли президентские выборы. В победе Путина мало кто сомневался. 24 марта Патриарх Московский и всея Руси Алексий II выступил с телевизионным обращением, призвав идти на голосование.

Вскоре Предстоятель и новоизбранный президент вместе поздравляли с девяностолетием старца. Иоанна (Крестьянкина), архимандрита Псково-Печерского монастыря. А 17 апреля Патриарх откликнулся на просьбу журнала «Российская Федерация сегодня» и в статье «Надеюсь на возрождение России» высказал мысли в связи с избранием Путина: «Сейчас, когда мы входим в новый век и новое тысячелетие, наш народ заслуживает лучшей доли. Без достойной жизни сегодня страна не сможет построить лучшее будущее. Думаю, что это ныне понимают большинство людей разных поколений и призваний. Народ доверил Владимиру Владимировичу Путину стать главой Российского государства на рубеже столетий в момент, который естественно воспринимается людьми как поворотный и судьбоносный. Убеждён, что у новоизбранного Президента есть прекрасные Богом данные качества, необходимые лидеру великой страны. Это и решительность, и ответственность, и здравомыслие, и умение прислушаться к чужому мнению. Господь наделил его добрым сердцем, способным сострадать и проявлять искреннее участие. Надеюсь на успешность трудов Владимира Владимировича. Пусть они принесут благо Отчизне и её народу».

Особой стала и инаугурация нового президента страны. Во-первых, она проходила в воскресенье Светлой Пасхальной седмицы, а во-вторых, Путин лично обратился к Патриарху, чтобы тот торжественно благословил его не только в Большом Кремлёвском дворце, но и в Богоявленском соборе. 7 мая Предстоятель благословил в Богоявленском Елоховском соборе Владимира Владимировича и его супругу Людмилу Александровну образом святого благоверного князя Александра Невского, передал мозаичные образы Спасителя и Николая Мирликийского для Спасской и Никольской башен Кремля и произнёс слово напутствия. Впервые после 1917 года главу государства благословлял перед вступлением в должность Предстоятель Русской Православной Церкви. И впервые после 1682 года — Патриарх Московский и всея Руси. В 1682 году Патриарх Адриан благословлял Петра I и брата его Иоанна V, затем при Петре патриаршество было отменено и государей венчали на царство митрополиты.

Вскоре после вступления в должность нового президента Патриарх Алексий II отправился в Японию, по пути посетив Приморье. Это была для него в какой-то степени юбилейная поездка, поскольку Владивостокская епархия — семидесятая, которую ему довелось посетить за годы патриаршего служения. 14 мая Его Святейшество совершил возведение в сан митрополита Токийского и всея Японии епископа Киотоского Даниила (Наширо). 16 мая Патриарх побывал в Киото и с вокзала направился в Благовещенский храм, хранящий живую память о