В начале января 1807 г. из Севастополя были высланы два отряда судов. Первый отряд обстрелял Трапезунд и потопил два купеческих судна, а второй крейсировал между Варной и Босфором.

8 апреля 1807 г. эскадра контр-адмирала С. А. Пустошкина вышла из Севастополя к Анапе. В ее составе были все шесть кораблей Черноморского флота. Однако из-за повреждений во время шторма эскадра 13 апреля вернулась в Севастополь. Корабли «Победа» и «Правый» встали на ремонт и остались в Севастополе, а остальная эскадра 21 апреля вновь двинулась к Анапе.

27 апреля русская эскадра в составе четырех кораблей, четырех фрегатов, двух бригов, четырех канонерских лодок и одного брандера подошла к Анапе. После двухдневной бомбардировки был высажен десант, который овладел крепостью. В Анапе было захвачено 98 орудий и два малых судна. Анапу решено было разрушить.

По возвращении в Севастополь Пустошин с эскадрой, количество судов в которой было увеличено (4 корабля, 5 фрегатов, 5 канонерских лодок, 2 бомбардирские лодки, 6 малых судов и 8 транспортов) был отправлен в Трапезунд с целью овладеть городом.

31 мая 1807 г. русская эскадра подошла к Трапезунду. Пустошин приказал бомбардировать соседний с Трапезундом городок Платану. Там русские захватили одно купеческое судно и одно потопили. Однако попытка высадить десант не удалась. Стоянка у Платаны оказалась неудачной, а погода штормовой. В итоге в середине июля Пустошин с эскадрой вернулся в Севастополь, чем и навлек на себя «особенное неудовольствие» начальства.

С весны 1808 г. Черноморский флот под началом контр-адмирала Трескина находился в постоянной готовности к выходу в море. В боевом составе флота произошли изменения. Летом 1807 г из Херсона в Севастополь перешел новопостроенный 36-пушечный фрегат «Лилия», а летом следующего года — 74-пушечный фрегат «Анапа». Фрегат же «Поспешный» был переведен из корабельной эскадры в севастопольскую брандвахту. Корабль «Исидор», спущенный в 1795 г., остался в боевом составе, но после 1807 г. в море не выходил.

В связи с перемирием весь 1808 год эскадра простояла в Севастополе. Лишь малые суда высылались в море в крейсерство к сулинским гирлам Дуная. Во время перемирия крепость Анапа была вновь занята турками. В начале июня 1809 г. отряд судов под командой капитан-лейтенанта Перхурова был направлен к Анапе. В его составе были: корабль «Победа», два фрегата, бомбардирское судно, транспорт и требака (гребное судно). На судах было 1150 человек десанта. 15 июня крепость была занята без сопротивления. В Анапе остались русский гарнизон и бомбардирское судно. После занятия Анапы «Победа» и «Лилия» 23 июня вернулись в Севастополь, а оставшиеся суда еще некоторое время крейсировали у восточного берега Черного моря, блокируя Суджук-Кале.

В связи с занятием наличными сухопутными войсками прибрежных городов Кюстенжи и Мангалии к румелийскому берегу были посланы три фрегата и бриг под начальством капитан-лейтенанта Стули, которому предписывалось «прикрывать берега, занятые нашими войсками, наносить по всей возможности вред неприятелям, истреблять их суда и распространять страх на них около самой Варны». Но, к сожалению, энергичная деятельность ограничилась только предписанием. Увидев турецкую эскадру, состоящую из 33 судов (1 корабль, 2 фрегата, 1 корвет и 29 малых судов), Стули отправил в Севастополь бриг с донесением о появлении турок, а сам продолжал держаться около Варны, где встретил неприятельский отряд из пяти кораблей, в числе которых было два 100-пушечных. Но турки почему-то на наши суда не обратили внимания и к вечеру скрылись из виду.

Один только 36-пушечный фрегат «Назарет», входивший в отряд Стули, не разобрав сделанного начальником отряда сигнала о повороте, отделился от отряда и с рассветом 4 октября оказался среди неприятельских судов. Два корабля, 100-пушечный и двухдечный, пройдя с подветренной стороны фрегата, сделали по нему несколько выстрелов, но, не продолжая боя, дали ему возможность удалиться. В донесении командира «Назарета» лейтенанта Ланге этот случай представлен таким подвигом, каким впоследствии прославился бриг «Меркурий». На самом же деле раскрытые следствием подробности этого случая доказали растерянность командира и готовность его сдаться противнику, отсутствие на фрегате должной дисциплины, ссоры и интриги, бывшие между Ланге, начальником отряда Стули и также между офицерами фрегата. После разбора дела генерал-аудиториат присудил командира и четырех офицеров разжаловать в матросы, но впоследствии офицеры были помилованы, и разжалован только один командир.

Отряд из Севастополя, прибывший на помощь Стули, не решился атаковать в Варне превосходящую его по силам турецкую эскадру. Дело затянулось. Из Севастополя был послан к Варне еще отряд, который, не найдя ни турок, ни первого отряда, возвратился в Севастополь.

В 1809 г. из Херсона в Севастополь перешли новопостроенные корабли; 110-пушечный «Полтава» и 74-пушечный «Мария».

В конце 1809 г. у большого начальства вновь появилась мысль о высадке десанта в Босфор в начале 1810 г. Но дальше болтовни и пустой переписки дело не пошло. Мало того, в начале 1810 г. в верхах возникли слухи о возможном проходе британского флота через Проливы, что вызвало у начальства «неспокойное состояние духа». Откуда взялся слух, установить не удалось, но турки вовсе не собирались пропускать англичан.

Действия русских войск против турок на Кавказе не имели принципиального значения в ходе войны, поэтому мы их не выделяем в отдельную главу, а скажем лишь несколько слов. В 1806 г. Александр I назначил командующим Кавказской армией престарелого графа И. В. Гудовича (1741—1820). Гудович в основном воевал с чумой и персами, а боевые действия с турками ограничивались незначительными столкновениями. Весной 1809 г. Гудович был смещен и отправлен главнокомандующим в Москву с производством в генерал-фельдмаршалы. Командующим на Кавказе был назначен генерал Тормасов. К этому времени Кавказская армия состояла из двух пехотных дивизий, четырех гарнизонных, пяти драгунских и двенадцати Донских казачьих полков, общей численностью 43 тысячи человек при 100 орудиях. Большая часть этих войск находилась на Северном Кавказе и занималась усмирением горцев, а меньшая — в Закавказье: в Грузии и в отбитых у персов частях Азербайджана и Армении. В таких условиях Тормасов вынужден был придерживаться обороны. Исключение представило собой занятие крепости Поти. В начале 1810г. Тормасову удалось уговорить владетельного князя Абхазии Келешбея Шервашидзе принять подданство России. Однако его сын Арслан-бей подбил часть абхазов на мятеж, убил своего отца и овладел крепостью Сухум. Второй сын Сефер-бей остался верен России и выступил против брата.

На подавление восстания 19 июня 1810 г. из Севастополя вышел отряд кораблей под началом капитан-лейтенанта Додта. В составе отряда были 66-пушечный корабль «Варахаил», два фрегата, требака и две канонерские лодки. На корабли был посажен батальон морской пехоты. 9 июля отряд подошел к Сухумской крепости на ружейный выстрел, стал на якорь и открыл огонь. После двухдневной бомбардировки крепость была разрушена и занята русским десантом. В ходе кровопролитного боя в городе и крепости русские потеряли убитыми и ранеными 109 человек. В крепости было взято 62 пушки и более тысячи пудов пороха. Затем отряд кораблей Додта двинулся к укреплению Суджук-Кале и овладел им. 5 августа 1810 г. отряд вернулся в Севастополь. Таким образом, турки были вытеснены со всего побережья Черного моря от Керченского пролива до Поти.