Статья 23 предусматривала посредничество Наполеона в русско-турецких мирных переговорах.

Статья 24 в какой-то мере дезавуирует статью 22 и ряд других. В ней говориться, что сроки вывода войск, «равно как и способы выполнения других статей, входящих в настоящий договор, будут установлены особым договором».

Согласно секретным статьям русские должны были передать французам район Котора. Ионические острова должны перейти «в полную собственность и державное обладание» Наполеона. Александр I «обязуется признать Е. В. Короля Неаполитанского Жозефа-Наполеона Королем Сицилии непосредственно после того, как Король Фердинанд IV получит в вознаграждение Балеарские острова или остров Кандию, или что-либо иное такого же значения». То есть Александр I признавал оккупацию Наполеоном Южной Италии, заранее одобряя вторжение французов в Сицилию.

В итоге Россия была принуждена заключить унизительный договор с Турцией. Русская армия и флот должны были отдать свои базы на Ионических островах французам и убираться из Средиземного моря. Население Ионических островов, принявшее русское подданство, вероломно выдавалось французам. Вот во что обошлось вмешательство Александра в германские дела.

Победители турок при Афоне не только должны были все бросить и уйти. Тильзит сделал последних союзников Сенявина — Англию и Фердинанда IV — врагами.

Ни Александр I, ни его приближенные в Петербурге даже не пытались понять ситуацию на Средиземном море. 28 июня царь подписал указ Сенявину: судам, числящимся в Балтийском флоте, идти в Кронштадт, а судам, числящимся в Черноморском флоте, идти в Севастополь. Причем указ, благодаря петербургским бюрократам, дошел до Сенявина аж 23 августа. Царь и не думал о штормах и бурях в Средиземном море и Атлантике в осенний и зимний период.

К этому времени русский флот на Средиземной море был разделен на две эскадры. Большая эскадра непосредственно под командованием Сенявина находилась в Эгейском море, а эскадра капитана-командора И. А. Баратынского вела боевые действия против французов в Адриатике. В ее составе были корабли «Св. Петр», «Москва», трофейный корабль «Сед-эль-Бахри», фрегат «Михаил» и ряд малых судов.

19 сентября 1807 г. Сенявин вышел из Корфу и направился к Гибралтарскому проливу. Вместе с ним шли 9 кораблей («Рафаил», «Мощный», «Сильный», «Скорый», «Селафаил», «Ретвизан», «Св. Елена», «Твердый», «Ярослав») и фрегат «Кильдюин». Сенявин планировал пройти из Корфу до Копенгагена (свыше 3000 миль) без захода в порты, что до него не делала ни одна русская эскадра. Но после прохода Гибралтара русская эскадра встретилась с сильным противным ветром, не прекращавшимся в течение 20 суток. Из-за повреждений кораблей эскадра была вынуждена 30 октября 1807 г. зайти в Лиссабон. Португальская королева приветливо и доброжелательно встретила русских и обещала помочь в ремонте. Но в это время наполеоновские войска вторглись в Португалию. 18 ноября войска генерала Жюно заняли Лиссабон.

Между тем в октябре 1807 г. Александр I объявил войну Англии. 11 августа 1807 г. фрегат «Спешный», командир которого не был в курсе внешнеполитических зигзагов царя, прибыл в Англию. На его борту были деньги для эскадры Сенявина: в бочонках хранилось 601 167 испанских пиастров и 140 197 гульденов. Англичане задержали отправку фрегата, а затем захватили его вместе с грузом. Командир «Спешного» капитан-лейтенант Ховрин с горя лишился рассудка.

Поначалу Александр I по просьбе Наполеона подчинил русскую эскадру в Лиссабоне русскому послу в Париже Толстому. А 1 марта 1808 г. и вовсе подчинил Сенявина Наполеону. Этот указ был вручен Сенявину 8 апреля 1808 г. К этому времени англичане начали теснить французов на Пиренейском полуострове. Генерал Жюно несколько раз предлагал Сенявину принять участие в боевых действиях против англичан, но каждый раз получал вежливый отказ.

9 сентября 1808 г. Жюно потерпел поражение в битве у Веми-Эйро и капитулировал. По условиям капитуляции остатки войск Жюно на английских транспортах были перевезены во Францию, Там же было сказано, что порт Лиссабон остается нейтральным для русской эскадры. Но командующий английской эскадрой, блокировавшей Лиссабон, адмирал Коттон, отказался признать условия капитуляции и потребовал сдачи русских кораблей. Заметим, что англичане всегда соблюдали лишь те договоры и соглашения, которые устраивали их, вспомним поведение Нельсона в Неаполе.

Русские корабли стояли на реке Тахо в Лиссабоне Англичане захватили оба ее берега. В море русских ждали 15 английских кораблей и 10 фрегатов. Сенявин мог выйти лишь на семи кораблях и одном фрегате, так как корабли «Рафаил» и «Ярослав» имели течь и могли потонуть, едва только показавшись в море.

В такой ситуации Сенявин 25 августа 1808 г. подписал договор о передаче русских кораблей на хранение английскому правительству. Под конвоем английской эскадры семь русских кораблей и фрегат «Кильдюин» 15 сентября 1808 г. были доставлены в Портсмут. «Рафаил» и «Ярослав» «за ветхостью» были оставлены в Лиссабоне, где их захватили англичане.

Экипажи кораблей, пришедших в Портсмут, в 1809 г. были отправлены в Ригу на английских транспортах. Сами же корабли остались в Англии. Лишь в 1813 г. в Россию вернулись «Мощный» и «Скорый». Остальные корабли были негодны к переходу в Россию, они так и остались в Англии.

Не лучше сложилась судьба и остальных кораблей русского Средиземноморского флота. По царскому указу эскадра капитана-командора Салтанова, состоявшая из судов Черноморского флота, должна была идти в Севастополь. В ее составе было пять кораблей, четыре фрегата, четыре корвета, четыре брига и двадцать призовых судов. Но турки отказались пропустить их через Проливы.

Корабли «Москва» и «Св. Петр» 2 октября 180? г. вышли из Корфу и двинулись к Гибралтару в надежде прорваться в Россию. Но 9 октября между Сицилией и Сардинией они попали в сильнейший шторм и из-за повреждений были вынуждены зайти в порт Ферайо на острове Эльба. Французы не пустили их дальше. В начале 1808 г. оба корабля перешли в Тулон, где и простояли 22 месяца под русским флагом. 27 сентября 1809 г. поступило Высочайшее Повеление продать корабли Франции.

Фрегат «Венус» был в декабре 1807 г. блокирован англичанами в Палермо, и его командир выбрал меньшее зло — сдал корабль правительству Фердинанда IV.

Фрегат «Григорий Великий Армении» и старый корабль «Св. Михаил» за ветхостью были в 1809 г. проданы в Корфу.

А остальные корабли и суда Средиземноморского флота собрались в Триесте, где в сентябре 1809 г. были сданы французам. Среди них были корабли «Азия», «Уриил», «Св. Параскева», «Сед-эль-Бах-ри» (бывший турецкий); фрегаты «Легкий» и «Михаил»; корветы «Дерзкий», «Версона» и «Павел»; бриги «Феникс», «Богоявленск» и другие суда.

Как уже говорилось, Черноморский флот должен был провести Босфорскую операцию, но она была прекращена на стадии планирования.

К началу боевых действий в составе действующих кораблей Черноморского флота было 6 кораблей: 110-пушечные «Ягудиил» и «Ратный»; 74-пушечные «Исидор» и «Правый»; 66-пушечные «Варахаил» и «Победа»; 4 фрегата: «Поспешный» (36-пушечный), «Назарет» (44-пушечный), «Крепкий» (54-пушечный) и «Воин» (32-пушечный) и 10 малых судов. 74-пушечный корабль «Мария Магдалина» вторая и 20-пушечный фрегат «Николай Беломорский» были вооружены, но использовались как брандвахты.