Кризис в отношениях был неизбежен, весной 1943 года подоспел «удобный случай». 13 марта Берлин распространил сообщение о том, что в Катынском лесу под Смоленском обнаружены массовые захоронения польских граждан, якобы расстрелянных органами НКВД весной 1940 года. Польское правительство в эмиграции 20 марта 1943 года, одновременно с германским правительством, обратилось в Международный комитет Красного Креста с просьбой о расследовании данного факта. В ответ правительство СССР обвинило польское правительство в сотрудничестве с Гитлером и 25 апреля разорвало с ним дипломатические отношения.

Сталин указывал Черчиллю в письме от 21 апреля 1943 года: «…Враждебная Советскому Союзу клеветническая кампания, начатая немецкими фашистами по поводу ими же убитых офицеров в районе Смоленска, на оккупированной германскими войсками территории, была сразу же подхвачена правительством г. Сикорского и всячески разжигается польской официальной печатью. Правительство г. Сикорского не только не дало отпора подлой фашистской клевете на СССР, но даже не сочло нужным обратиться к Советскому Правительству с какими-либо вопросами или разъяснениями по этому поводу…»

Союзники по антигитлеровской коалиции в то время, когда все усилия были направлены на разгром Германии и ее сателлитов, не хотели осложнять отношения с Кремлем и раздувать скандал, который играл на руку немцам. Более того, на Тегеранской конференции они фактически признали довоенные советские территориальные приобретения и право СССР иметь своим соседом не суверенное, а «дружественное государство».

Исторический опыт показывает, что другом советских коммунистов могли быть только коммунисты, причем чутко прислушивающиеся к голосу Москвы. Например, Тито или Мао оказались хуже врагов — они были «неправильные» коммунисты и строили «неправильный» коммунизм. Сталин не мог пустить столь важное дело на самотек. В 1942 году, как преемница им же разгромленной в 1938-м Коммунистической партии Польши, была создана Польская Рабочая партия, которая 1 января 1944 года объявила об образовании Крайовой Рады Народовой во главе с Болеславом Берутом со своей «народной военной организацией» — Армией Людовой, действовавшей на оккупированных территориях. Одновременно в Советском Союзе из «надежных» поляков была сформирована дивизия имени Тадеуша Костюшко, а затем 1-я польская армия под командованием генерала Зигмунда Берлинга, одного из немногих офицеров, отказавшихся последовать за Андерсом. Для еще большей надежности в ее составе было немало советских граждан польской национальности, агентов бдящих «органов» и кадровых советских офицеров. К примеру, членом Военного совета армии был Кароль Сверчевский, о котором Рокоссовский пишет: «Он прошел службу от рядового до генерала у нас, в Красной Гвардии и Красной Армии, командовал интернациональной бригадой в республиканской Испании». Офицером Красной Армии, сменившим по приказу партии фуражку на конфедератку, был и командир 3-й дивизии бригадный генерал Станислав Галицкий. Всего в Войске Польском набиралось до 20 тысяч советских офицеров. Да и сам Рокоссовский вскоре станет Маршалом «независимой» Польши.

От сотрудничества с Армией Крайовой было приказано перейти к открытой конфронтации: отряды польских повстанцев разоружать, их командиров расстреливать. Одним из последствий этого решения стал вынужденный уход в начале 1944 года советских партизан из ряда областей Западной Белоруссии — местное население отказало им в своей поддержке.

21 июля 1944 года был образован Польский комитет национального освобождения (ПКНО) во главе с председателем Эдвардом Болеславом Осубка-Моравским. Тогда же Рада взяла на себя руководство 1-й польской армией и приняла решение объединить ее с Армией Людовой в единое Войско Польское. Главнокомандующим был назначен генерал Михайл Роля-Жимерский. Едва 22 июля войска 69-й армии освободили польский город Хелм, как ПКНО опубликовал манифест, в котором первым делом польское правительство в эмиграции объявлялось незаконным и провозглашалась «народная власть». Четыре дня спустя в Москве было подписано «Соглашение между правительством Союза Советских Социалистических Республик и Польским комитетом национального освобождения об отношениях между советским Главнокомандующим и польской администрацией после вступления советских войск в Польшу».

Фактически советское правительство уже официально признало марионеточное прокоммунистическое правительство Польши. В эти дни Сталин не без иронии писал британскому премьеру:

«Мы не хотим и не будем создавать своей администрации в Польше, ибо мы не хотим вмешиваться во внутренние дела Польши. Это должны сделать сами поляки… Польский Комитет Национального Освобождения намерен взяться за создание администрации на польской территории, и это будет, я надеюсь, осуществлено. В Польше мы не нашли каких-либо других сил, которые могли бы создать польскую администрацию. Так называемые подпольные организации, руководимые Польским Правительством в Лондоне, оказались эфемерными, лишенными влияния…»

Уничтожение и пленение более 300 тысяч членов этих «эфемерных» организаций стало одной из насущных задач Красной Армии и органов госбезопасности.

«В первые дни обстановка в Польше оставалась сложной, — вспоминает ЧВС 1-го Украинского фронта генерал Крайнюков. — Донесения, поступавшие от военных советов армий, от командиров, политорганов и комендатур, свидетельствовали о том, что так называемые «полномочные представители» польского эмигрантского правительства в Лондоне кое-где норовили самочинно захватить органы местного самоуправления, стремясь оттеснить подлинных представителей народной власти. Имели место вылазки и провокации со стороны чуждых элементов».

На проведенном в начале августа заседании ГКО Верховный разъяснил специально приглашенным членам Военных советов фронтов политическую линию. «Председатель ГКО заявил, — вспоминает ЧВС 1-го Украинского фронта генерал Крайнюков, — что мы никакой своей администрации на территории Польши создавать не будем и своих порядков устанавливать тоже не станем. Нам не следует вмешиваться во внутренние дела освобождаемой страны. Это суверенное право самих поляков. Образован Польский комитет национального освобождения. Он и создаст свою администрацию. С ПКНО следует поддерживать тесную связь, никакой иной власти не признавать.

— Повторяю, никакой другой власти, кроме Польского комитета национального освобождения, не признавать!»

В третий раз Красная Армия пришла в Польшу под лозунгами «избавления польского народа от гитлеровского ига, от национального унижения, от рабства» и восстановления «независимой, сильной и демократической Польши». Идеи классовой борьбы и революции были отложены на послевоенное время.

Свою штаб-квартиру Комитет разместил в Люблине. Декреты комитета, диктовавшиеся из Кремля, подкреплялись всем «авторитетом» советских военных комендатур.

Между тем в Польше и Западной Белоруссии существовало хорошо организованное и широко распространенное подполье, руководимое из Лондона. Наиболее массовой и авторитетной организацией была Армия Крайова под командованием генерала Тадеуша Бур-Комаровского. С приходом Красной Армии в западные районы Белоруссии действовавшие там отряды АК были уничтожены или взяты в плен. Еще 20 июля штаб войск НКВД по охране тыла 3-го Белорусского фронта издал приказ о задержании лиц, принадлежащих к вооруженным формированиям эмигрантского правительства. В этом приказе обобщался опыт операции, проведенной двумя днями раньше, когда были окружены и захвачены бойцы объединенной группировки Виленского и Новогрудского округов Армии Крайовой, активно участвовавшие вместе с войсками Черняховского в освобождении от немцев Вильнюса. Они были разоружены и под конвоем 86-го пограничного полка препровождены в местечко Медники, а затем отправлены в глубь СССР.