Пока мистер Джонс качался на волнах, его старший брат разбогател. В Вирджинии ему уже принадлежала небольшая ферма с плантацией, и Уильям с радостью хотел, чтобы младший брат взял ее в свои руки. Может быть, именно так и сложилась бы дальнейшая судьба сбежавшего капитана, но именно в это время Североамериканская колония решила требовать от метрополии политической независимости. Это было гораздо веселее, чем разводить коров, и Джон Джонс с головой кинулся в политику. В это время он встречается и ведет переписку с Джорджем Вашингтоном, Томасом Джефферсоном, Джеральдом Адамсом и Артуром Ли. «Обстоятельства позволили мне, — писал он тогда в одном из своих писем, — заверить полковника Вашингтона, мистера Джефферсона и других, что в случае начала войны с Англией я полностью отдам себя в распоряжение восставших колоний».

Плантатором Джонс пробыл недолго — в 1775 году начиналась Война за независимость североамериканских штатов. Долго Джон Джонс не раздумывал и скоро становится лейтенантом еще существующего американского военно-морского флота. Большой опыт морской службы и небольшой (но все же опыт!) службы на военных кораблях, а главное, наличие патента на мичманский чин королевского флота, сделали свое дело. Королевских офицеров у американских поселенцев почти не было, а потому каждый, кто имел хоть какой-то боевой опыт, был на особом счету. Так Джон Джонс стал первым лейтенантом наскоро вооруженного брига «Альфред». Кстати, ряд историков пишет, что на тот момент, когда конгресс США обратился к Полю Джонсу с официальной просьбой оказывать поддержку в борьбе против Англии, на счету у Джона Джонса было уже пятнадцать захваченных по собственной инициативе английских судов. Считается, что Джон Джонс был одним из первых, кто откликнулся на призыв взяться за оружие во имя свободы.

На тот момент кроме Джонса в американском флоте было всего шесть профессиональных моряков. Мичманский чин же и вовсе имел только он один. Поэтому в должности первого лейтенанта на «Альфреде» Джонс долго не задержался. Едва колонисты вооружили еще одно судно, как он был определен на него капитаном. Это был 12-пушечный шлюп «Провиденс». К этому времени в Северную Америку начинают прибывать британские войска. Полупартизанская армия Вашингтона ведет тяжелые оборонительные бои. В этих не простых условиях Джонс проявляет себя с наилучшей стороны. За дерзкие рейды на выручку войск Вашингтона, осажденных в Нью-Йорке, Поль Джонс первым получает от конгресса чин капитана флота США.

— Благодарю за доверие, но я не привык оставаться в долгу! — ответил Джонс конгрессменам. Вскоре его «Провиденс» прорвался сквозь морскую блокаду на просторы Атлантики, где устроил настоящий погром на британских коммуникациях. Англичане, считая, что колонисты не имеют флота, вели себя в Атлантике столь беззаботно, что Джонс просто физически не успевал топить идущие ему в руки суда. Несколько раз пришлось «Провиденсу» вступать в перестрелки и с английскими фрегатами, причем всякий раз он с честью выходит из них. За четыре месяца непрерывных сражений Джонс захватывает шестнадцать британских судов. Часть из них он раздает американским рыбакам. Но главный удар для Лондона был вовсе не в этом. На одном из захваченных судов Джонса ожидал большой сюрприз — миллион фунтов стерлингов — содержание всей британской колониальной армии. Сумма по тем временам фантастическая! Это был поразительный успех. Имя Джонса становится известно в Англии.

За голову «Черного корсара» была сразу же объявлена большая премия. Первый лорд адмиралтейства публично заявил:

— Тот, кто уничтожит пирата Джонса, будет произведен в следующий чин вне линии!

Факт сам по себе уникальный для британского флота. С этого момента англичане начинают настоящую охоту на американского корсара.

Крейсерство небольшого брига отозвалось в Европе большими политическими последствиями. Людовик XVI, король Франции, никак не мог решиться объявить войну Англии, хотя и хотел этого. Английский посол в Версале лорд Стромонт всячески старался не допустить вступления Франции в войну и всячески отговаривал короля от столь опрометчивого шага, а американский посол Бенджамин Франклин Людовика, наоборот, к войне подталкивал. После успеха Поля Джонса Людовик стал больше прислушиваться к Франклину.

— Если уж американские шкиперы громят англичан по всему океану, то что сделают с ними мои адмиралы! — не раз говорил он своим министрам.

Воодушевленный успехами «Черного корсара», маркиз де Лафайет снарядил на свои деньги судно и отправился в компании четырнадцати других офицеров-французов в Америку бить англичан. Французские военные корабли сопровождали американские транспорты с оружием и провиантом для восставших. Медленно, но неотвратимо Франция втягивалась в очередную войну за передел мира.

Тем временем, по поручению конгресса, Джонс строит в Амстердаме новый флагман американского флота «Индеец» и приводит его в США. Во Франции, куда его затем направляет конгресс, Джонс изучает морскую тактику, а заодно ведет активную разведку, составив полный и подробный список всех военных кораблей Англии с их характеристиками и фамилиями капитанов.

14 июля 1777 года конгресс США принимает две резолюции:

«1. Постановить, что флаг тринадцати Соединенных Штатов Америки должен состоять из тринадцати чередующихся красных и белых полос, а их союз символизироваться тринадцатью звездами на синем фоне, олицетворяющими как бы появление нового созвездия.

2. Назначить капитана 1-го ранга Джона Пола Джонса командиром корабля „Рейнджер“».

Позднее это даст повод Джонсу говорить:

— Наш флаг и я — близнецы. Мы родились в один час, у нас общая судьба. Поэтому в жизни и в смерти мы неотделимы друг от друга. Пока плаваем, будем плавать вместе. Если суждено погибнуть, погибнем вместе!

Пройдет несколько дней, и Джонс первым в американском флоте поднимет новый флаг.

На поимку дерзкого корсара высылались эскадра за эскадрой, но Джонс оставался неуловим. Его «Рейнджер» рыскал под самым носом у англичан. Поль Джонс захватывал и топил их суда в Ла-Манше, у берегов Шотландии, в Ирландском и Северном морях. Затем он решает навести погром вдоль побережья Англии. Это был уже настоящий вызов британской короне, на который никто до «Черного корсара» не решался. Своей первой целью Джонс выбрал порт Уайтхевен. Когда-то именно отсюда он юнгой впервые отправился в Америку. И вот теперь вернулся. Появление американского корсара было столь внезапным, что никто не оказал никакого сопротивления. В результате все находившиеся на тот момент в порту английские суда были сожжены. Не довольствуясь лишь захватом торговых судов, он берет приступом несколько прибрежных замков и накладывает контрибуцию на Камберлендский порт. Следующим подвигом, принесшим ему немалую славу, хотя и несколько иного рода, был дерзкий рейд «Черного корсара» на Сент-Мери. На этом острове находилось имение графа Селкирка, близкого друга и советника короля Георга. Поль Джонс решил захватить его в заложники с тем, чтобы впоследствии обменять на американских военнопленных. Рейд прошел вполне удачно, за исключением сущей мелочи: лорда не оказалось дома. Соратникам Поля Джонса досталось в утешение лишь его фамильное серебро. Графине Селкирк, пребывавшей в полуобморочном состоянии, Джонс заявил: