Эта противоречивость привела к двусмысленной реакции Лейденского университета на издание в 1654 г. «Clavis Philosophiae» де Рая, книги, посвященной университетским кураторам, в которой автор утверждал, что Декарт был родоначальником новой философии и героем свободы, но также, что разница между новой философией и аристотелианством была не настолько велика, как предполагали оппоненты Декарта. Кураторы вначале приняли посвящение де Рая и наградили его денежной премией, но затем, по зрелом размышлении, потребовали от него убрать имя Декарта с титульных страниц еще не проданных экземпляров своей книги. Именно в 1653 г., в самый разгар борьбы, когда авторитет Аристотеля был наполовину развенчан, Рембрандт написал свою знаменитую картину с изображением Аристотеля, погруженного в размышления над бюстом Гомера — возможно, намек на относительность философской истины.

Центральное место, которое занял этот конфликт в нидерландской жизни и культуре, было вызвано утверждением Воэция, что картезианство подрывает всю существующую религию, философию и науку. Именно это отрицали все нидерландские картезианцы, представлявшие академическую науку, — Хейдан, Регий, Виттихий и Тобиас. Они были искренне верующими прихожанами государственной Церкви и считали, что Декарт отделил философию от теологии, оставив здание веры и теологической доктрины нетронутым. Андреа в своем труде, написанном в защиту Декарта в 1653 г., навлек на себя гнев воэцианцев тем, что назвал их «детьми тьмы».

Воэцианцы обвиняли профессоров-картезианцев в распространении тлетворной доктрины на латыни, а Велтхёйзена — в распространении порочных идей на нидерландском языке. «Мало того, что эти новые философы пропагандируют свои новые идеи в университетах и среди студентов, — бушевал антикартезианский проповедник в Лейдене, — они еще стремятся обратить в картезианство простых людей». Этот пункт действительно вызывал особые опасения у воэцианцев; ведь в 1656 г. появилось первое издание трудов Декарта на нидерландском, переведенное амстердамским анабаптистом Яном Хендриком Глаземакером (ок. 1619-82 гг.), который впоследствии также перевел сочинения Спинозы. В этом году на нидерландском языке вышли декартовы «Discours», «Meditationes» и «Passions de l'ame»; в следующем настал черед «Principia Philosophica». Также в 1656 г. в Утрехте был опубликован ответ ван Велтхёйзена (на нидерландском языке) на антикартезианскую атаку; в нем автор заверял читательскую аудиторию, что ни принципы Декарта, ни (все более становившаяся предметом споров) доктрина о том, что Земля вращается вокруг солнца, не противоречат «слову Божьему», и что различные знаменитые профессора Утрехтского, Хардевейкского и Гронингенского университетов, а также профессор Виттихий в Неймегенской академии, одобряют картезианство.

Утверждение картезианцев, которое больше всего взбесило воэцианцев, было именно тем, которое образовало связующее звено между картезианством и кокцеянской теологией: утверждение, что определенные части Писания не следует воспринимать буквально, а интерпретировать в переносном смысле и в условиях исторического контекста. Так как чудеса выходили за рамки математических законов природы, установленных Декартом, картезианцы придерживались скептического отношения к чудесам, о которых говорилось в Писании, что вызывало большие разногласия. Воэцианские проповедники жаловались, что обычные, необразованные люди теперь у себя дома и в тавернах с жаром обсуждали, действительно ли Земля вращается вокруг солнца, действительно ли Бог превратил посох Моисея в змею, и действительно ли по молитве Иисуса Навина он заставил солнце на час остановиться в небе.

В классисах и синодах реформатской Церкви в середине 1650-х гг. возникла сильная реакция. Классис Гааги подал пример, призвав на синоде в апреле 1656 г. убедить Штаты Голландии прекратить подрыв авторитета Писания и разногласия среди профессоров и студентов в «разных университетах». Демарш Южноголландского синода сильно встревожил Хейдана, который апеллировал к де Витту и верхушке партии-фракции Штатов.

Де Витт воспринял угрозу со всей серьезностью, уделив много внимания этому вопросу на протяжении следующих месяцев. Он полностью осознавал, что новая философия и наука вызывали большие раздоры в государственной Церкви и обществе, способные возыметь также политические последствия, и что в интересах Штатов Голландии необходимо было найти какие-то меры, чтобы смягчить раскол в профессорской среде и раздражение, накопившееся в синодах.

Проблема картезианства уже вышла за рамки собственно Нидерландов. На собрании синодов Клеве, Марка, Юлиха и Берга в июле 1656 г. немецкие кальвинистские церкви нижнего Рейна осудили картезианство как учение, представлявшее опасность для веры обычных людей, договорившись следовать любым действиям, которые предпримут нидерландские реформатские синоды. Хейдан надеялся, что де Витт убедит Штаты Голландии вмешаться и запретить Южноголландскому синоду принять резолюцию, осуждавшую картезианскую философию и науку, утверждая, что философия не входит в компетенцию провинциального синода, будучи национальной и интернациональной по своему масштабу областью знания. Чтобы склонить де Витта, большого поклонника картезианской математики, на сторону картезианства, Хейдан отправил ему экземпляр своих «Bedenckingen» (1656 г.), или размышлений о картезианской философии; де Витт ответил, что сразу прочитает книгу, чтобы заранее вкратце ознакомиться с сутью спора.

Главной заботой де Витта, как показывают его письма, было смягчение интеллектуальных трений и поиск «мирного» решения проблемы. Но, действуя в рамках этого контекста, он проводил в основе своей «картезианскую» стратегию, тесно сотрудничая с Хейданом на протяжении всего рассматриваемого периода. Картезианцы на данное время находились в сравнительно сильной позиции. Южноголландский синод оказался расколот, некоторые его члены были «умеренными», пользуясь излюбленным теологическим термином де Витта, или, по крайней мере, восприимчивы к «умеренным» аргументам. Более того, кураторы Лейденского университета поддержали Хейдана, опровергнув утверждение гаагского классиса, что профессора безнадежно разошлись во мнениях по поводу картезианства, или что в Лейденском университете теология отныне была служанкой философии — а не наоборот, как в прошлом. Хейдан также заручился поддержкой своего коллеги Кокцеюса, понимавшего, что воэцианская атака на картезианскую философию была тесно связана с наступлением против кокцеянской теологии. Де Витт желал защитить свободу философских исследований и самих философов от цензуры проповедников и синодов; но придерживался точки зрения, что для достижения этой цели Штатам нужно принудительно разделить философию и теологию, подразумевавшиеся в картезианском учении.

Тогда как Хейдан и Кокцеюс, вместе с де Виттом, желали, чтобы Штаты Голландии своим эдиктом отделили теологию от философии, третий профессор теологии Лейденского университета, Иоганн Хорнбек (1617-66 гг.) яростно противился этому, настаивая, что в Лейдене следует преподавать только аристотелевскую философию и науку. Но, к немалому облегчению де Витта и Хейдана, Хорнбека убедили формально не противоречить общему решению лейденского факультета теологии, так что Штаты Голландии смогли издать постановление в соответствии с «рекомендацией» всего университета. Все голландские городские советы одобрили проект эдикта, за исключением оранжистского Лейдена, который энергично выразил свой протест, несмотря на то, что де Витт тактично описал текст эдикта в письме к лейденскому бургомистру как направленный на «пресечение нарушения свободы философских исследований в ущерб истинной теологии и Святому Писанию». Эдикт, принятый в октябре, объявлял, что философия и теология являются отдельными отраслями науки, но в тех случаях, когда их сферы пересекаются и между теологической и философской истиной возникают очевидные расхождения, профессора философии должны проявлять уважение к теологии и воздерживаться от спорной интерпретации Писания «согласно своим принципам». Южноголландский синод принял формулировку де Витта в качестве способа сохранения единства в университетах и Церкви и предотвращения пагубных расколов, хотя Хорнбек и многие другие считали, что указ лишь для вида подчинял философию теологии, и что основным его пунктом было отделение и, следовательно, освобождение философии от «опеки» над ней теологии.