Последним этапом военных действий в Адиатике стали операции в Иллирике. Здесь продолжали действовать остатки флота Помпея, опиравшиеся на местные племена. Еще в 48 г. Цезарь послал в провинцию квестора Кв. Корнифиция с 2 легионами. Корнифиций достаточно успешно действовал против местных повстанцев и флота Октавия (В. Alex., 42). Впрочем, положение оставалось серьезным, и Цезарь распорядился направить подкрепления из новобранцев во главе с Габинием (Ibid., 43). На сей раз опыт и энергия не помогли этому, в общем, способному военачальнику. Армия Габиния терпела неудачи, в одном из сражений он потерял около 2 000 солдат и с трудом добрался до Салон, сохранявших неизменную верность Помпею, где через несколько месяцев умер от болезни (Ibid.).

Октавий активизировался. Он заключил союз с мятежными иллирийцами и попытался захватить провинцию. Некоторые города, прежде всего, город Исса, поддержали помпеянцев. Октавий осадил Эпидавр и в это время Корнифиций обратился за помощью к консулу Публию Ватинию (Ibid., 44; 47).

Действия Ватиния были обусловлены крайней нехваткой солдат и кораблей. Ядром его войска стали собранные в Брундизии находившиеся на лечении ветераны Цезаря, а большая часть кораблей представляла собой переделанные на военный лад обычные весельные суда. Создав этот флот, Ватиний начал освобождать города Далмации. Ватиний заставил Октавия снять осаду Эпидавра (В. Alex., 4). Возле острова Тавриды произошло морское сражение, в котором флот помпеянцев был разгромлен. Как это часто бывает в военной истории, победа на море была одержана благодаря абордажному бою. Только захваченных кораблей было около 10 (Ibid., 45–47). После победы Ватиний подошел к главному форпосту противника, городу Иссе, который вскоре сдался (Ibid., 47). Остатки флота Октавия ушли в Грецию, а оттуда через Сицилию — в Африку, где приняли участие в Африканской войне конца 47–46 гг., а Ватиний вернулся в Брундизий.

Если положение на западе сумели восстановить легаты Цезаря, то в восточных провинциях началась новая война. Примечательно, что именно Цезарю было суждено завершить Митридатовы войны. На востоке находились главные противники Рима, Парфия и Понтийское царство. Они не приняли участия в войне на стороне Помпея, хотя последний обращался к обоим, однако и те и другие воспользовались внутренним положением Рима для решения своих территориальных вопросов. Сын Митридата, Фарнак II, пришедший к власти в 63 г. в результате свержения и убийства отца, долгое время был лояльным союзником Рима. Царство Фарнака было ограничено Боспором, и царь даже отказал Помпею в помощи, однако после ухода римских войск, как и Птолемей, решил изменить модель отношений с Римом и, насколько это возможно, восстановить царство своего отца Митридата.

После Фарсала Цезарь поручил управление Азией Гн. Домицию Кальвину, ставшему фактически ответственным за политику Рима на востоке. Впрочем, главной задачей Кальвина стало обеспечение помощи и снабжения армии Цезаря в Александрии. Кальвин имел в своем распоряжении 2 легиона из бывших помпеянцев, один из которых (37-ой) он отправил в Александрию. Как раз в это время начинается вторжение понтийцев в Малую Армению и Каппадокию. Каппадокией управлял Ариобарзан III Благочестивый Филоромей (54–42 гг.) из относительно недавно (с 96 г.) установившей свою власть династии Ариобарзанидов. В Галатии правил Дейотар, активный сторонник Рима, фактически создавший из разрозненных княжеств Галатское или Галлогреческое царство. Лукулл и Помпей дали ему царский титул и расширили владения (Cic. Deiot, 5, 13; 37; Phil., II, 37, 94; В. Alex., 68). Малая Армения стала частью царства Дейотара. В 51–50 гг. он оказал Риму помощь против парфян, а в 49–48 гг. (это прекрасно учитывал Фарнак) оба царя были союзниками Помпея. Ариобарзан дал 500 всадников, Дейотар — 600, еще 300 привел его зять Таркондарий Кастор (Caes. В. С., III, 4). Впрочем, теперь и Дейотар, и Ариобарзан обратились за помощью к цезарианскому наместнику.

Домиций поддержал царей и, потребовав от Фарнака очистить Каппадокию и Малую Армению, начал собирать войска. Ядром армии Домиция были три легиона, из которых остался один (36-ой). 37 легион был послан в Александрию морем, третий легион (номер неизвестен) шел в Египет через Сирию, но прибыл лишь к концу войны (видимо, после армии Митридата Пергамского). Чтобы усилить армию, Домиций включил в нее два так называемых легиона, которые набрал Дейотар, «вооружив их и обучив по римскому образцу» (В. Alex., 34). Ариобарзан и Дейотар дали по 100 всадников (дать больше они просто не могли). Легат П. Сестий набрал в Понте еще один легион, видимо, состоящий из местных уроженцев, небольшие подкрепления пришли из Киликии (Ibid.).

Узнав о планах Домиция, Фарнак очистил Каппадокию, но отказался уходить из Малой Армении. Впрочем, его планы изменились, когда он выяснил, что лучшая часть армии ушла к Цезарю. Вместе с тем, Фарнак боялся столкновения с римлянами и предложил отложить вопрос до прибытия Цезаря, однако Домиций выступил из Коман, вошел в Каппадокию и, двигаясь по лесистым дорогам этой горной страны, дошел до Никополя в Малой Армении (В. Alex., 35–36).

Подойдя к Никополю, Домиций расположился в 7 милях от города. Продолжая уверения в желании мира, Фарнак стал готовиться к бою. На перевале, через который проходила римская армия, была устроена засада из конницы и отборной пехоты, а в ущелье царь направил большое количество мирных жителей и скота. Домиций выдержал паузу, не покидая лагеря. Фарнак увел засаду и разбил лагерь у города. Туда и подошла армия римлян (В. Alex., 36–7). Именно в это время Домиций получил послание Цезаря с требованием немедленно идти к нему на помощь в Александрию (Ibid., 38). Гонцы были перехвачены Фарнаком, и царь также узнал о ситуации.

Фарнак расположил войска между двумя глубокими рвами глубокими боевыми порядками по изобретенной им самим схеме. Позиция его была защищена с флангов. Фронт понтийцев представлял прямую линию, за которой в центре и с обоих флангов стояли резервы в три прерывистых линии (В. Alex., 37–8). Домиций, поставленный перед необходимостью вступить в сражение, также выстроил свои войска: 36 легион стоял на правом фланге, «понтийский легион» на левом, в центре находились войска Дейотара (В. Alex., 39).

Сражение при Никополе (декабрь 48 г.) закончилось поражением римлян. 36 легион атаковал царскую конницу, стоящую вне рва, отбросил ее, обошел боевые порядки понтийцев, перешел ров и ударил с тыла. Видимо, аналогичный маневр должен был осуществить понтийский легион, однако при переправе через ров он был почти целиком уничтожен. Основная масса понтийцев обрушилась на «легионы» Дейотара, отошедшие с большими потерями (В. Alex., 40), а затем — на победивший 36 легион, который, отбиваясь, отступил к подножию гор (В. Alex., 40). После поражения, Домиций с остатками армии через Каппадокию ушел в Азию.

«Побывав почти во всех более значительных городах, Цезарь определил людям, оказавшим ему услуги, награды от имени государства и от себя лично, произвел расследование и вынес приговоры по прежним местным тяжбам; соседним с провинцией царям, тиранам и династам, которые все поспешили к нему, он обещал свое покровительство, возложив на них обязанность охранять и защищать провинцию, и они простились с ним, полные дружественных к нему и к римскому народу чувств» (В. Alex., 65). Последнее замечание весьма показательно, у правительства было слишком мало сил.