П. Коллинсон соглашается с высказывавшейся исследователями мыслью о том, что немалым достижением епископата времён правления Елизаветы было утверждение в обществе понятия о том, что духовенство может заключать браки. Обращает на себя внимание то, что после Мэтью Паркера, первого архиепископа при Елизавете, имевшего семью, следующий женатый архиепископ Кентерберийский появился только после «Славной революции» 1688 г. Елизавета очень прохладно относилась к женатым епископам, но из 76 епископов времён Елизаветы по крайней мере 55 были женаты, 11 вступали во второй брак, один епископ делал это трижды. Под влиянием Реформации во второй половине XVI в. социальный статус епископов понизился — ни один епископ времен Елизаветы не вступил в родство со светской знатью.

П. Коллинсон не соглашается с характеристикой епископов времен Елизаветы лишь как государственных служащих, о чём писали М. Баукер применительно к 1530-м гг. и X. Р. Тревор-Роупер применительно к 1620-м гг. Епископы, как он считает, к концу XVI в. обретали возможности защищаться от светского давления, сохранили земельную собственность епархий, что уже давало статус скорее земельного собственника, а не подчиненный статус функционера на государственной службе, который зависел от жалованья, как это было в случае с лютеранскими суперинтендантами, и присоединяется к мнению Ф. Хил, согласно которому финансовое положение епископов при Елизавете было «не финансовым кризисом, а относительными финансовыми трудностями, а при Якове I материальное состояние епископов уже возрастало, опять стали повышаться социальный статус и репутация епископов.

П. Коллинсон считает, что для епископов в правление Елизаветы были возможны две стратегии поведения: или приспособиться к существовавшим порядкам, сотрудничая со светскими лицами, признавая их большое влияние (такую линию проводил, например, архиепископ Кентерберийский Эдмунд Гриндел (1575–1583), и она импонирует Коллинсону с его леволиберальными убеждениями), или же епископы могли попытаться изменить ситуацию к лучшему и укрепить церковь как корпорацию в финансовом и политическом отношении — курс в этом направлении взяли архиепископы Кентерберийские Джон Уитгифт (1583–1604), Ричард Бэнкрофт (1604–1610) и особенно Уильям Лод (1633–1645).

П. Коллинсон рассматривал также деятельность эпизодически создававшихся во второй половине XVI в. дополнительных административных органов в епархиях. Нередко епископу для установления порядка в епархии было недостаточно ординарных полномочий, и в этом случае приходилось добиваться создания специальной комиссии, расширенные полномочия которой подтверждались документом, скрепленным Большой печатью королевства, что давало возможность подкрепить действия духовной власти авторитетом светской власти и создать совместный судебный трибунал, который мог принуждать к уплате штрафа и к тюремному заключению. Эти комиссии создавались в отдельных епархиях, но их деятельность недостаточно документирована, как и деятельность главного Суда Высокой комиссии южной церковной провинции, хотя эти вопросы затрагивались в работе Р.Г. Ашера «Подъем и падение Высокой комиссии» (1913). Существуют публикации источников и исследования об этих комиссиях.

Такие специальные комиссии в епархиях, как считает П. Коллинсон, в некоторой мере достигли своих целей только в борьбе с католиками, а в 1580-е гг. из-за преследований Уитгифтом пуританских проповедников епархиальным комиссиям перестали помогать те светские лица, которые симпатизировали пуританам. Р. Мэннинг высказывает мнение, что как раз в связи с тем, что эти епархиальные комиссии перестали эффективно работать, епископам недоставало средств для эффективного воздействия на нарушителей, и это побудило сформулировать в конце 1580-х гг. принцип божественного происхождения епископата (hire divino).

Во второй половине XVI в. в церкви Англии ярко проявилась характерная для протестантских церквей особенность — стремление к повышению образовательного и профессионального уровня приходского духовенства, что особенно отличало пуритан. По мнению П. Коллинсона, надо видеть, что к тому же стремились королевская власть и церковная администрация. После подавления в середине 1570-х гг. собраний протестантского духовенства, созданных для профессионального совершенствования — «пророчеств», которые казались Елизавете опасными и подрывными, церковные власти всё же признавали необходимость существования определенных форм профессионального совершенствования священников, и конвокация 1587 г. предусмотрела создание групп профессионального совершенствования священников из 6–7 человек под руководством более образованного и опытного священника в рамках епархий и архидиаконств.

В то же время, отмечает П. Коллинсон, во второй половине XVI в. в среде духовных лиц распространилось сутяжничество, которое ранее не было в такой степени характерно, когда, например, слушались судебные дела о том, должен ли священник за свой счёт кормить церковный хор завтраком на Пасху и Рождество. Наряду с влиянием на возникновение таких казусов сложного материального положения многих священников, современники объясняли возросшую щепетильность духовных лиц влиянием Реформации. Более острой стала критика священниками прегрешений и моральных проступков прихожан, чем особенно отличались пуритане, нередко создавая напряженность в приходах. При этом П. Коллинсон полагает, что проповеди пуританских священников не всегда только лишь раскалывали приходы — пуританские священники иногда бывали миротворцами. Исполнение миротворческих функций, возможно, было одной из важнейших задач священников в приходе в XIV–XVII вв..

Важной работой П. Коллинсона стало написание современной биографии архиепископа Кентерберийского Эдмунда Гриндела (1575–1583), в которой проявились симпатии либерального британского историка к умеренным пуританам, стремившимся во второй половине XVI в. к дальнейшим реформам в церкви Англии с тем, чтобы приблизить её распорядки к швейцарским реформированным церквам. Относительно Гриндела в английской исторической литературе высказывалось мнение, что он был слабым администратором и его назначение было ошибкой для церкви. Коллинсон же, отмечая, что деятельность Гриндела была предметом полемики среди историков, решительно возражает мнению, что Гриндел был человеком слабым и податливым, но не соглашается также с безоговорочным причислением Гриндела к пуританам, о чем писал историк начала XX в. У.Х. Фрер. По словам Коллинсона, «Гриндел был образцовым деятелем английской Реформации в её самой творческой фазе. Он стремился сочетать опыт европейских реформированных церквей с традиционными структурами и институтами формирующейся англиканской церкви, при этом сдерживая спонтанные проявления намерений радикалов. Он стремился раскрыть потенциал англиканской церкви». Восприимчивость Гриндела ко всему конструктивному, что могло исходить от радикалов, П. Коллинсон объясняет тем, что самое большое влияние при формировании его религиозных взглядов оказал на будущего архиепископа страсбургский реформатор Мартин Буцер, занимавший при Эдуарде VI кафедру богословия в Кембридже. Сам Гриндел во время пребывания в эмиграции многое видел в Европе, что давало материал для размышлений, сопоставлений и выбора лучшего из опыта европейских протестантских церквей.

В 70–80-е гг. XVI в. пуританизм стал приобретать черты институционального оформления в рамках церкви Англии посредством использования особых собраний духовенства, преимущественно пуритански ориентированного, под названием «пророчества». Практика «пророчеств» исходила из примера европейских реформированных церквей, а в конечном счете восходила к тексту апостола Павла: «И пророки пусть говорят двое или трое, а прочие пусть рассуждают… Ибо все один за другим можете пророчествовать, чтобы всем поучаться и всем получать утешение» (Первое Послание к Коринфянам, 14:29,31). Впервые эта практика стала использоваться в Цюрихе, где «пророчества» стали частью подготовки священников, что восприняли также кальвинисты. Исследователи отмечают появление «пророчеств» в Англии ещё в период правления Эдуарда VI. В правление Елизаветы они в начале 1560-х гг. возродились в Лондоне и стали распространяться по графствам, так что в них иногда принимали участие епископы и, что стало английской особенностью этого института, интересовавшиеся богословием пуритански настроенные светские лица.